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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jd3
タイトルCrystal structure of LAE5, an alpha/beta hydrolase enzyme from the metagenome of Lake Arreo, Spain
要素LAE5
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / esterase / metagenome
機能・相同性SGNH hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Xu, X. / Nocek, B. / Cui, H. / Yim, V. / Martinez-Martinez, M. / Alcaide, M. / Ferrer, M. / Savchenko, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be published
著者: Martinez-Martinez, M.
履歴
登録2016年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LAE5
B: LAE5
C: LAE5
D: LAE5
E: LAE5
F: LAE5
G: LAE5
H: LAE5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,78215
ポリマ-214,3318
非ポリマー4507
27,9411551
1
A: LAE5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0294
ポリマ-26,7911
非ポリマー2383
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LAE5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8982
ポリマ-26,7911
非ポリマー1061
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: LAE5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8272
ポリマ-26,7911
非ポリマー351
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: LAE5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7911
ポリマ-26,7911
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
5
E: LAE5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8272
ポリマ-26,7911
非ポリマー351
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
6
F: LAE5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7911
ポリマ-26,7911
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
7
G: LAE5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7911
ポリマ-26,7911
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
8
H: LAE5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8272
ポリマ-26,7911
非ポリマー351
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
9
A: LAE5
D: LAE5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8215
ポリマ-53,5832
非ポリマー2383
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17360 Å2
手法PISA
10
B: LAE5
C: LAE5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7244
ポリマ-53,5832
非ポリマー1422
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area17520 Å2
手法PISA
11
E: LAE5
H: LAE5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6544
ポリマ-53,5832
非ポリマー712
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area17650 Å2
手法PISA
12
F: LAE5

G: LAE5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5832
ポリマ-53,5832
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area2270 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.591, 129.452, 129.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
LAE5


分子量: 26791.436 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1551 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M ammonium sulfate, 25% (w/v) PEG3350, 1/70 chymotrypsin

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.725 Å / Num. obs: 93738 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 9.86
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RJT
解像度: 2.3→29.725 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.89
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2359 4375 5.03 %Random
Rwork0.1838 ---
obs0.1864 86908 89.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.725 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13716 0 23 1551 15290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68419029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6855139
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032033
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.32250.28061240.22412070X-RAY DIFFRACTION68
2.3225-2.34980.29081150.22832394X-RAY DIFFRACTION78
2.3498-2.37850.30021170.22052413X-RAY DIFFRACTION77
2.3785-2.40860.25341120.21972448X-RAY DIFFRACTION81
2.4086-2.44020.25951400.22672426X-RAY DIFFRACTION80
2.4402-2.47360.29961430.23222434X-RAY DIFFRACTION79
2.4736-2.5090.31481250.22822456X-RAY DIFFRACTION80
2.509-2.54640.27831240.21762487X-RAY DIFFRACTION80
2.5464-2.58620.30181210.22252444X-RAY DIFFRACTION81
2.5862-2.62850.25061270.22462502X-RAY DIFFRACTION81
2.6285-2.67380.28551350.20992518X-RAY DIFFRACTION82
2.6738-2.72240.27271320.23062552X-RAY DIFFRACTION84
2.7224-2.77470.26121530.22662610X-RAY DIFFRACTION84
2.7747-2.83130.25371420.222716X-RAY DIFFRACTION89
2.8313-2.89290.31581570.23062787X-RAY DIFFRACTION90
2.8929-2.96010.2921540.22482844X-RAY DIFFRACTION93
2.9601-3.0340.2491640.20552918X-RAY DIFFRACTION94
3.034-3.1160.26491570.19172910X-RAY DIFFRACTION96
3.116-3.20760.24491900.18652956X-RAY DIFFRACTION97
3.2076-3.3110.2241570.18193062X-RAY DIFFRACTION99
3.311-3.42920.25421570.18673003X-RAY DIFFRACTION98
3.4292-3.56620.24781670.18333023X-RAY DIFFRACTION98
3.5662-3.72830.19341540.15613073X-RAY DIFFRACTION99
3.7283-3.92440.20231420.15533069X-RAY DIFFRACTION99
3.9244-4.16970.20181730.15373043X-RAY DIFFRACTION99
4.1697-4.49060.2111420.14143035X-RAY DIFFRACTION99
4.4906-4.94070.19781840.14263037X-RAY DIFFRACTION99
4.9407-5.65130.19261450.16133094X-RAY DIFFRACTION99
5.6513-7.1040.20771480.17383088X-RAY DIFFRACTION99
7.104-29.72750.21351740.1773121X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.42262.1264-2.3593.4438-3.33923.7321-0.069-0.1968-0.1175-0.0816-0.13910.05960.32420.40960.17260.28780.03110.02140.19170.01760.2959-4.0073-34.5853-5.6899
22.487-2.2322.0084.7686-1.7393.71290.0514-0.04-0.11770.0356-0.04610.25240.1336-0.2082-0.00990.20620.01540.04650.188-0.0330.1828-4.9723-33.1604-5.239
34.35944.6266-5.17337.4741-6.88087.6036-0.03260.18-0.14140.41020.0633-0.1613-0.4829-0.24040.00630.17480.0506-0.01870.1932-0.01750.1871-5.6838-17.9437-10.9884
45.29852.7594-1.07283.9639-0.97671.6462-0.20940.11080.0713-0.11840.09410.1838-0.1814-0.14650.12110.34990.06880.03510.1743-0.02450.1863-8.1899-15.4656-5.1547
58.78823.3795-5.72295.8956-4.72845.11660.24610.2579-0.42861.44220.0128-0.0015-0.8002-0.4292-0.40420.458-0.03240.06570.1929-0.06140.3112-11.7066-13.58741.0589
61.09880.5905-0.38830.8009-0.84011.0425-0.0437-0.16170.0387-0.0076-0.0392-0.03120.12640.04990.08780.33680.0005-0.00010.2168-0.01830.20485.4037-21.29141.3089
72.2358-1.97491.81816.8223-5.26557.72370.31450.1408-0.2898-0.5735-0.29520.39650.37990.5452-0.04520.21730.0217-0.00960.3183-0.05840.29941.7176-4.1228.5011
89.92923.47183.16783.9348-2.90447.2435-0.0149-1.08710.10261.12360.11570.2107-0.2263-0.0638-0.04970.4110.08150.06280.3137-0.00490.3468-3.3477.985733.7058
94.00421.8524-1.86943.8858-0.98673.93220.0243-0.1362-0.10420.32610.1145-0.1916-0.00780.1685-0.13040.20120.0452-0.00420.1792-0.04670.16692.708-0.793429.6845
104.9712-4.33442.97037.7118-7.28427.366-0.03970.05720.2929-0.0357-0.1509-0.4284-0.06590.46220.19060.2656-0.03390.02390.2282-0.08810.16079.3225.277812.4338
111.9189-0.13460.65510.0134-0.10923.16570.11050.2771-0.1857-0.0359-0.0387-0.04810.14270.2426-0.07770.34310.02310.03020.2322-0.04090.2520.4675-5.071511.2408
122.0213-1.7982-0.22741.8750.04162.88560.1094-0.0209-0.260.11190.01120.3326-0.21060.0975-0.14330.2453-0.02910.04410.197-0.03420.239-10.5318-2.700917.9566
134.84792.53482.72624.41393.65837.0560.1679-0.0233-0.10760.30240.057-0.18070.2818-0.2377-0.17840.18320.02870.04160.20630.04390.1407-28.1892-0.918127.2739
144.6076-1.5041-2.95932.73672.00485.8854-0.02880.27480.0055-0.07210.06650.09870.1339-0.2776-0.05510.2223-0.0217-0.0020.17070.04310.2134-26.5341.037726.0491
150.49530.83861.55341.77042.35556.4525-0.07830.1510.00610.0884-0.0110.2165-0.1819-0.19070.10960.2490.00960.05950.3430.01780.2829-33.58523.074538.5697
164.24821.07754.03482.33071.69855.177-0.0674-0.3512-0.07570.1075-0.07260.3568-0.062-0.63840.15210.2714-0.03690.0640.27020.05110.2107-36.9532-2.54740.5972
178.05071.98585.76471.31852.34085.75680.2467-0.0739-0.51060.1613-0.00660.08440.5693-0.2906-0.24830.4168-0.06920.06320.39110.06140.2997-31.7319-8.324547.5119
182.52492.25132.83582.86622.38645.69720.1134-0.1044-0.11880.1322-0.00460.03840.2998-0.053-0.11720.19360.02620.04230.18620.02240.1937-17.6765-6.627239.098
195.3062-2.1274-5.11872.74833.19245.67950.47050.49761.07081.0563-0.1017-0.7176-0.9947-1.9824-0.40760.4251-0.0195-0.04720.46250.0790.34725.0589-28.457310.7256
206.3769-0.86281.690.42721.06325.8067-0.1990.37990.4817-0.2397-0.1655-0.193-0.7456-0.02770.37170.3466-0.00140.06210.23860.05180.363423.5778-34.4461-7.0895
215.5416-0.9105-1.90246.8290.15071.2327-0.0211-0.18570.21670.49410.024-0.2529-0.12960.0529-0.02230.24470.026-0.05250.17450.03090.161318.2289-28.79621.9837
224.849-0.5461.72876.69494.07978.362-0.06960.23640.0974-0.50930.1737-0.6443-0.52130.7704-0.13210.2528-0.01950.10120.31270.08090.349933.5477-39.9918-4.2239
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
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32X-RAY DIFFRACTION32(chain F and resid 20:35)
33X-RAY DIFFRACTION33(chain F and resid 36:86)
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37X-RAY DIFFRACTION37(chain G and resid 1:10)
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43X-RAY DIFFRACTION43(chain H and resid 0:32)
44X-RAY DIFFRACTION44(chain H and resid 33:94)
45X-RAY DIFFRACTION45(chain H and resid 95:112)
46X-RAY DIFFRACTION46(chain H and resid 113:153)
47X-RAY DIFFRACTION47(chain H and resid 154:165)
48X-RAY DIFFRACTION48(chain H and resid 166:217)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る