[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5jcn: Structure and catalytic mechanism of monodehydroascorbate reducta... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jcn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure and catalytic mechanism of monodehydroascorbate reductase, MDHAR, from Oryza sativa L. japonica | ||||||
![]() | Os09g0567300 protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | ![]() monodehydroascorbate reductase (NADH) / monodehydroascorbate reductase (NADH) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / cellular oxidant detoxification / peroxisomal matrix / flavin adenine dinucleotide binding / mRNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Park, A.K. / Kim, H.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure and catalytic mechanism of monodehydroascorbate reductase, MDHAR, from Oryza sativa L. japonica Authors: Park, A.K. / Kim, I.S. / Do, H. / Jeon, B.W. / Lee, C.W. / Roh, S.J. / Shin, S.C. / Park, H. / Kim, Y.S. / Kim, Y.H. / Yoon, H.S. / Lee, J.H. / Kim, H.W. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 184.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 143.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5jciC ![]() 5jckC ![]() 5jclC ![]() 5jcmC ![]() 4h4qS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 48619.055 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 4-435 / Mutation: Y349F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: Os09g0567300, Os09g0567300, OJ1155_H10.27, OSNPB_090567300 Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Sugar | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.93 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Tris, ammonium acetate, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.29→71.76 Å / Num. obs: 41172 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 2.759 / Net I/av σ(I): 56.912 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 571023 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4H4Q Resolution: 2.29→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 8.799 / SU ML: 0.207 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.256 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 173.23 Å2 / Biso mean: 75.271 Å2 / Biso min: 17.73 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.29→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.292→2.352 Å / Total num. of bins used: 20
|