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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jb1 | |||||||||
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タイトル | Pseudo-atomic structure of Human Papillomavirus Type 59 L1 Virus-like Particle | |||||||||
要素 | Major capsid protein L1 | |||||||||
キーワード | VIRUS / Capsid / T=7 icosahedral / Virus-like Particle | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human papillomavirus type 59 (パピローマウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å | |||||||||
データ登録者 | Li, Z.H. / Yan, X.D. / Yu, H. / Zheng, Q.B. / Gu, Y. / Li, S.W. | |||||||||
資金援助 | 中国, 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: The C-Terminal Arm of the Human Papillomavirus Major Capsid Protein Is Immunogenic and Involved in Virus-Host Interaction. 著者: Zhihai Li / Xiaodong Yan / Hai Yu / Daning Wang / Shuo Song / Yunbing Li / Maozhou He / Qiyang Hong / Qingbing Zheng / Qinjian Zhao / Ying Gu / Jun Zhang / Mandy E W Janssen / Giovanni ...著者: Zhihai Li / Xiaodong Yan / Hai Yu / Daning Wang / Shuo Song / Yunbing Li / Maozhou He / Qiyang Hong / Qingbing Zheng / Qinjian Zhao / Ying Gu / Jun Zhang / Mandy E W Janssen / Giovanni Cardone / Norman H Olson / Timothy S Baker / Shaowei Li / Ningshao Xia / 要旨: Cervical cancer is the second most prevalent malignant tumor among women worldwide. High-risk human papillomaviruses (HPVs) are believed to be the major causative pathogens of mucosal epithelial ...Cervical cancer is the second most prevalent malignant tumor among women worldwide. High-risk human papillomaviruses (HPVs) are believed to be the major causative pathogens of mucosal epithelial cancers including cervical cancer. The HPV capsid is made up of 360 copies of major (L1) and 72 copies of minor (L2) capsid proteins. To date, limited high-resolution structural information about the HPV capsid has hindered attempts to understand details concerning the mechanisms by which HPV assembles and infects cells. In this study, we have constructed a pseudo-atomic model of the HPV59 L1-only capsid and demonstrate that the C-terminal arm of L1 participates in virus-host interactions. Moreover, when conjugated to a scaffold protein, keyhole limpet hemocyanin (KLH), this arm is immunogenic in vivo. These results provide new insights that will help elucidate HPV biology, and hence pave a way for the design of next-generation HPV vaccines. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jb1.cif.gz | 493.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jb1.ent.gz | 377.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jb1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/5jb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/5jb1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55978.418 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 10-508 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human papillomavirus type 59 (パピローマウイルス) 遺伝子: ORF putative L1, L1 / プラスミド: pTO-T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q81971 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human papillomavirus type 59 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 19.8 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Human papillomavirus type 59 (パピローマウイルス) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: ER2566 / プラスミド: pTO-T7 | |||||||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | |||||||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens | |||||||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 名称: Capsid / 直径: 580 nm / 三角数 (T数): 7 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.3 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 3100 詳細: The effective resolution was estimated based on the 0.5 criteria of FSC between the cryoEM structure and the final model derived from the density map. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient |