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- PDB-5jad: Compound binding to Human Lipoprotein-Associated Phospholipase A2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jad
タイトルCompound binding to Human Lipoprotein-Associated Phospholipase A2 (Lp-PLA2)discovered through fragment screening
要素Platelet-activating factor acetylhydrolase
キーワードHYDROLASE / phospholipase / lipid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma lipoprotein particle oxidation / platelet activating factor catabolic process / calcium-independent phospholipase A2 activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / platelet activating factor metabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / lipid oxidation / phosphatidylcholine catabolic process / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle ...plasma lipoprotein particle oxidation / platelet activating factor catabolic process / calcium-independent phospholipase A2 activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / platelet activating factor metabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / lipid oxidation / phosphatidylcholine catabolic process / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of monocyte chemotaxis / peptide hormone processing / hydrolase activity, acting on ester bonds / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / phospholipid binding / positive regulation of inflammatory response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Platelet-activating factor acetylhydrolase, eucaryote / Platelet-activating factor acetylhydrolase, isoform II / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
benzenesulfonamide / Platelet-activating factor acetylhydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Day, P.J. / Woolford, A.J.-A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Exploitation of a Novel Binding Pocket in Human Lipoprotein-Associated Phospholipase A2 (Lp-PLA2) Discovered through X-ray Fragment Screening.
著者: Woolford, A.J. / Pero, J.E. / Aravapalli, S. / Berdini, V. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Dodson, A.M. / Grondin, P. / Holding, F.P. / Lee, L.Y. / Li, P. / Manas, E.S. / Marino, J. / Martin, A.C. ...著者: Woolford, A.J. / Pero, J.E. / Aravapalli, S. / Berdini, V. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Dodson, A.M. / Grondin, P. / Holding, F.P. / Lee, L.Y. / Li, P. / Manas, E.S. / Marino, J. / Martin, A.C. / McCleland, B.W. / McMenamin, R.L. / Murray, C.W. / Neipp, C.E. / Page, L.W. / Patel, V.K. / Potvain, F. / Rich, S. / Rivero, R.A. / Smith, K. / Somers, D.O. / Trottet, L. / Velagaleti, R. / Williams, G. / Xie, R.
履歴
登録2016年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22016年12月14日Group: Structure summary
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet-activating factor acetylhydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4985
ポリマ－44,2031
非ポリマー2954
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area450 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.970, 91.029, 51.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

MG

21A-718-

HOH

31A-725-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Platelet-activating factor acetylhydrolase / PAF acetylhydrolase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / 2-acetyl-1- ...PAF acetylhydrolase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / 2-acetyl-1-alkylglycerophosphocholine esterase / Group-VIIA phospholipase A2 / gVIIA-PLA2 / LDL-associated phospholipase A2 / LDL-PLA(2) / PAF 2-acylhydrolase


分子量: 44203.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G7, PAFAH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q13093, 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase

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非ポリマー , 5種, 147分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-FB2 / benzenesulfonamide / ベンゼンスルホンアミド


分子量: 157.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7NO2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 1.2M NaCl, 0.1M HEPES/NaOHpH=7.4, 28.8%w/v PEG 3350 / PH範囲: 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月15日 / 詳細: VariMax VHF Arc)Sec optic
放射モノクロメーター: VariMax VHF Arc)Sec optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→64 Å / Num. obs: 103331 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 28.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.07 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.05→32.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU R Cruickshank DPI: 0.248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.244 / SU Rfree Blow DPI: 0.212 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.215
詳細: Buster refinement was interspersed with rounds of rebuilding with COOT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 1303 5.09 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.247 25600 96.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.676 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.3006 Å20 Å2-1.7419 Å2
2--4.7839 Å20 Å2
3---0.5167 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→32.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2973 0 16 143 3132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0123070HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.084155HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1067SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes76HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes457HARMONIC16
X-RAY DIFFRACTIONt_it3070HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion7.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.45
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion392SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3692SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル最高解像度: 2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 127 5.04 %
Rwork0.324 2395 -
obs--85.06 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.0021 Å / Origin y: 14.7021 Å / Origin z: 0.8666 Å
111213212223313233
T-0.2971 Å20.0156 Å2-0.0338 Å2-0.0072 Å2-0.0384 Å2---0.0808 Å2
L3.4132 °20.3331 °20.6517 °2-1.2369 °2-0.0243 °2--1.2011 °2
S-0.0136 Å °0.0193 Å °0.1685 Å °0.0258 Å °-0.0308 Å °0.0964 Å °0.0065 Å °0.0518 Å °0.0444 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|55 - A|425 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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