PDB-5ja9: Crystal structure of the HigB2 toxin in complex with Nb6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ja9

タイトル

Crystal structure of the HigB2 toxin in complex with Nb6

要素

Nanobody 6
Toxin HigB-2

キーワード

TOXIN / toxin-antitoxin system

機能・相同性

Toxin HigB-2 / RelE toxin of RelE / RelB toxin-antitoxin system / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Toxin HigB-2

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.849 Å

データ登録者

Hadzi, S. / Loris, R.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Ribosome-dependent Vibrio cholerae mRNAse HigB2 is regulated by a beta-strand sliding mechanism.
著者: Hadzi, S. / Garcia-Pino, A. / Haesaerts, S. / Jurenas, D. / Gerdes, K. / Lah, J. / Loris, R.

履歴

登録	2016年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月17日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ja9.cif.gz	195.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ja9.ent.gz	163 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ja9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ja9_validation.pdf.gz	480 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ja9_full_validation.pdf.gz	489.5 KB	表示
XML形式データ	5ja9_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	5ja9_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/5ja9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/5ja9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j9iC 5ja8C 5jaaC 5mjeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qdi-d 1uyx-d 4g4k-d 3lwj-d 1uyz-d 4y18-6 1uy0-d 3rur-6 4jlu-d 1oog-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Toxin HigB-2

D: Toxin HigB-2

A: Nanobody 6

B: Nanobody 6

ヘテロ分子

53.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Toxin HigB-2

A: Nanobody 6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Toxin HigB-2

B: Nanobody 6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.760, 60.400, 88.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.260, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid A
2	1	chain B and segid B
1	2	chain C and segid C
2	2	chain D and segid D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	chain A and segid A	A
2	1	1	chain B and segid B	B
1	1	2	chain C and segid C	C
2	1	2	chain D and segid D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Toxin HigB-2 分子量: 13025.962 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: higB-2, VC_A0468 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KMA6
#2: 抗体	Nanobody 6 分子量: 13528.946 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 10% (w/v) PEG8000, 8% (w/v) Ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97903 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.97903	1

反射

解像度: 1.849→49.404 Å / Num. obs: 38530 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.44 % / B_iso Wilson estimate: 26.46 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10.27

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.96	0.95	0.93	1	77.4
1.96-2.1	0.506	1.98	1	97.1
2.1-2.26	0.344	3.51	1	99.9
2.26-2.48	0.246	4.81	1	99.9
2.48-2.77	0.142	7.69	1	99.8
2.77-3.2	0.082	13.34	1	99.7
3.2-3.91	0.043	24.89	1	99.7
3.91-5.52	0.031	35.34	1	99.8
5.52-49.404	0.025	35.77	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.849→44.35 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2405	1916	4.99 %
R_work	0.1952	-	-
obs	0.1975	38387	95.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 156.8 Å² / B_iso mean: 53.2997 Å² / B_iso min: 17.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.849→44.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3522	0	45	154	3721
B_iso mean	-	-	107.06	46.02	-
残基数	-	-	-	-	446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3722
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.022	5037
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	529
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	654
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.735	1328

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1056	X-RAY DIFFRACTION	9.622	TORSIONAL
1	2	B	1056	X-RAY DIFFRACTION	9.622	TORSIONAL
2	1	C	917	X-RAY DIFFRACTION	9.622	TORSIONAL
2	2	D	917	X-RAY DIFFRACTION	9.622	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8489-1.8951	0.3698	99	0.3937	1896	1995	70
1.8951-1.9464	0.3626	114	0.3469	2205	2319	82
1.9464-2.0036	0.3	130	0.296	2459	2589	91
2.0036-2.0683	0.3091	142	0.2716	2689	2831	99
2.0683-2.1422	0.2436	142	0.2503	2689	2831	99
2.1422-2.228	0.3051	143	0.2205	2714	2857	100
2.228-2.3294	0.2801	142	0.2096	2703	2845	100
2.3294-2.4522	0.2753	142	0.2136	2698	2840	100
2.4522-2.6058	0.2431	142	0.2089	2713	2855	99
2.6058-2.807	0.2709	142	0.2038	2709	2851	99
2.807-3.0894	0.2603	143	0.1944	2722	2865	100
3.0894-3.5363	0.2374	144	0.1763	2741	2885	100
3.5363-4.4547	0.1919	145	0.1494	2751	2896	100
4.4547-44.3628	0.1955	146	0.1604	2782	2928	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4309	1.6523	-0.8744	4.0863	-2.0313	7.002	-0.0889	1.1055	0.0056	-0.3728	-0.0891	-0.5092	-0.3007	0.8646	0.0893	0.4408	-0.05	0.0364	0.6457	0.043	0.3215	-0.2678	32.7941	-31.4919
2	6.5404	1.0849	-0.0725	3.877	-1.7785	2.2611	-0.3173	0.7603	0.0912	-0.3413	-0.0346	-0.4471	-0.3492	0.368	0.2816	0.5099	-0.0481	0.0291	0.6754	-0.0372	0.319	0.7431	2.9851	-32.6512
3	3.6447	1.1147	-0.1144	1.2926	0.1529	1.8654	-0.0389	0.0508	0.0654	-0.0799	-0.0254	0.1305	-0.0657	-0.053	0.0599	0.2874	0.0121	0.0081	0.0835	-0.0062	0.2749	-14.3364	28.6783	-8.2417
4	3.5301	0.7061	0.2977	2.1141	-0.4206	1.5394	-0.012	0.1516	-0.1744	-0.0689	0.122	0.0352	0.1	-0.0162	-0.0952	0.3015	0.0462	0.0136	0.1186	-0.0258	0.2787	-12.8517	-0.7143	-10.0424

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 2 through 109 )	C	2 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 2 through 109 )	D	2 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 2 through 124 )	A	2 - 124
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 124 )	B	2 - 124

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新型コロナ情報

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