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万見
- PDB-5j97: Dimerization domain of cytoplasmic activation/proliferation-assoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j97
タイトルDimerization domain of cytoplasmic activation/proliferation-associated protein-2 (caprin-2)
要素Caprin-2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / all alpha helical
機能・相同性
機能・相同性情報


dorsal/ventral axis specification / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / positive regulation of dendrite morphogenesis / negative regulation of cell growth / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell differentiation / receptor complex / negative regulation of translation / signaling receptor binding / centrosome ...dorsal/ventral axis specification / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / positive regulation of dendrite morphogenesis / negative regulation of cell growth / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell differentiation / receptor complex / negative regulation of translation / signaling receptor binding / centrosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic activation/proliferation-associated protein-1 C term / Cytoplasmic activation/proliferation-associated protein-1 C term / Caprin / Caprin-1 dimerization domain / Caprin-1 dimerization domain / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Wu, Y. / Zhu, J. / Huang, X. / Du, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dimerization domain of cytoplasmic activation/proliferation-associated protein-2 (caprin-2)
著者: Du, Z. / Wu, Y. / Zhu, J. / Huang, X.
履歴
登録2016年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年4月13日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caprin-2
B: Caprin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6322
ポリマ－31,6322
非ポリマー00
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.020, 71.020, 133.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A
211CHAIN B

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要素

#1: タンパク質 Caprin-2 / C1q domain-containing protein 1 / Cytoplasmic activation/proliferation-associated protein 2 / ...C1q domain-containing protein 1 / Cytoplasmic activation/proliferation-associated protein 2 / Gastric cancer multidrug resistance-associated protein / Protein EEG-1 / RNA granule protein 140


分子量: 15815.776 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 199-329 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPRIN2, C1QDC1, EEG1, KIAA1873, RNG140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6IMN6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG8000, 0.1 M Tris (pH8.0), 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→40.158 Å / Num. obs: 11231 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 10.4 % / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル最高解像度: 2.55 Å

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHENIX1.8.2_1309位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.55→40.16 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 1094 9.97 %
Rwork0.211 --
obs0.214 10974 93.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→40.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2013 0 0 77 2090
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.992758
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.787794
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005348
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11A1129X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1129X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5502-2.66620.32821270.27831137X-RAY DIFFRACTION88
2.6662-2.80670.35071260.26661166X-RAY DIFFRACTION90
2.8067-2.98250.29151300.25131192X-RAY DIFFRACTION92
2.9825-3.21270.32611370.25151216X-RAY DIFFRACTION94
3.2127-3.53590.29871370.22221247X-RAY DIFFRACTION95
3.5359-4.04710.23761380.19031252X-RAY DIFFRACTION96
4.0471-5.09730.19571460.17591300X-RAY DIFFRACTION96
5.0973-40.1630.19531530.20151370X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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