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- PDB-5j92: Crystal structure of a putative alpha-ketoglutarate dependent 2,4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j92
タイトルCrystal structure of a putative alpha-ketoglutarate dependent 2,4-D dioxygenase from Burkholderia xenovorans
要素Putative alpha KG dependent 2,4-D dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Alpha KG dependent 2,4-D dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a putative alpha-ketoglutarate dependent 2,4-D dioxygenase from Burkholderia xenovorans
著者: Conrady, D.G. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative alpha KG dependent 2,4-D dioxygenase
B: Putative alpha KG dependent 2,4-D dioxygenase
C: Putative alpha KG dependent 2,4-D dioxygenase
D: Putative alpha KG dependent 2,4-D dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,3419
ポリマ－141,0594
非ポリマー2825
水20,0871115
1
A: Putative alpha KG dependent 2,4-D dioxygenase
D: Putative alpha KG dependent 2,4-D dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6414
ポリマ－70,5292
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative alpha KG dependent 2,4-D dioxygenase
C: Putative alpha KG dependent 2,4-D dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7005
ポリマ－70,5292
非ポリマー1713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.700, 77.880, 92.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 2 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 2 and (name N or name...
31(chain C and (resid 2:31 or resid 33:46 or resid...
41(chain D and (resid 2:22 or (resid 23 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 2 and (name N or name...A2
121(chain A and ((resid 2 and (name N or name...A1 - 291
131(chain A and ((resid 2 and (name N or name...A1 - 291
141(chain A and ((resid 2 and (name N or name...A1 - 291
151(chain A and ((resid 2 and (name N or name...A1 - 291
211(chain B and ((resid 2 and (name N or name...B2
221(chain B and ((resid 2 and (name N or name...B2 - 291
231(chain B and ((resid 2 and (name N or name...B2 - 291
241(chain B and ((resid 2 and (name N or name...B2 - 291
251(chain B and ((resid 2 and (name N or name...B2 - 291
311(chain C and (resid 2:31 or resid 33:46 or resid...C2 - 31
321(chain C and (resid 2:31 or resid 33:46 or resid...C33 - 46
331(chain C and (resid 2:31 or resid 33:46 or resid...C48 - 66
341(chain C and (resid 2:31 or resid 33:46 or resid...C102 - 103
351(chain C and (resid 2:31 or resid 33:46 or resid...C2 - 301
361(chain C and (resid 2:31 or resid 33:46 or resid...C2 - 301
371(chain C and (resid 2:31 or resid 33:46 or resid...C2 - 301
381(chain C and (resid 2:31 or resid 33:46 or resid...C2 - 301
411(chain D and (resid 2:22 or (resid 23 and (name...D2 - 22
421(chain D and (resid 2:22 or (resid 23 and (name...D23
431(chain D and (resid 2:22 or (resid 23 and (name...D2 - 290
441(chain D and (resid 2:22 or (resid 23 and (name...D2 - 290
451(chain D and (resid 2:22 or (resid 23 and (name...D2 - 290
461(chain D and (resid 2:22 or (resid 23 and (name...D2 - 290

-
要素

#1: タンパク質
Putative alpha KG dependent 2,4-D dioxygenase


分子量: 35264.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: Bxe_B2152 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q13Q05, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q13Q05, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Rigaku Reagents MCSG1 screen h3: 20% PEG 3350, 200mM LiCl; BuxeA.00024.e.B1 PS02518 at 19.1mg/ml, cryo protected in 80% mother liquor-20% ethylene glycol mix

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.121 Å / Num. obs: 85505 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.22 % / Biso Wilson estimate: 20.23 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 15.17
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.95-20.5112.79198.8
2-2.060.3594.03199.1
2.06-2.120.2924.93199.1
2.12-2.180.2565.56199.2
2.18-2.250.1728.58187.8
2.25-2.330.2236.68187
2.33-2.420.1638.41199.4
2.42-2.520.13110.2199.2
2.52-2.630.11211.87199.5
2.63-2.760.09314.12199.7
2.76-2.910.07317.12199.6
2.91-3.080.05820.91199.8
3.08-3.30.04625.49199.8
3.3-3.560.04128.44199.7
3.56-3.90.04130.9198.6
3.9-4.360.03236.36199.6
4.36-5.030.0337.82199.8
5.03-6.170.03134.991100
6.17-8.720.02837.441100
8.720.02243.5198

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXdev_2356精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PVJ

3pvj


解像度: 1.95→48.121 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2149 4153 4.86 %
Rwork0.1764 --
obs0.1782 85485 97.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.15 Å2 / Biso mean: 25.3388 Å2 / Biso min: 7.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→48.121 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8167 0 8 1136 9311
Biso mean--39 31.82 -
残基数----1032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068515
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82211614
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061527
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9115125
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4524X-RAY DIFFRACTION9.315TORSIONAL
12B4524X-RAY DIFFRACTION9.315TORSIONAL
13C4524X-RAY DIFFRACTION9.315TORSIONAL
14D4524X-RAY DIFFRACTION9.315TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.97210.34681540.28532704285899
1.9721-1.99530.27051500.22322694284498
1.9953-2.01960.24061430.203427652908100
2.0196-2.04520.26321370.19462734287199
2.0452-2.07210.22221370.18122704284199
2.0721-2.10050.2351410.17972709285099
2.1005-2.13050.23141490.1772756290599
2.1305-2.16230.25751460.17842734288099
2.1623-2.19610.23411420.199327272869100
2.1961-2.23210.50591200.36992136225677
2.2321-2.27060.50981320.45872427255989
2.2706-2.31190.37091300.2872352248285
2.3119-2.35630.24671520.18612748290099
2.3563-2.40440.24481420.173127202862100
2.4044-2.45670.20691380.16042750288899
2.4567-2.51380.20081510.16112745289699
2.5138-2.57670.27071090.164927752884100
2.5767-2.64640.20911360.16282756289299
2.6464-2.72420.22091210.169327752896100
2.7242-2.81220.22081230.171327912914100
2.8122-2.91260.2371070.171727812888100
2.9126-3.02920.20531330.160627862919100
3.0292-3.16710.18851220.154927912913100
3.1671-3.3340.16171460.156527442890100
3.334-3.54290.17091520.15227992951100
3.5429-3.81630.22861510.17592698284998
3.8163-4.20010.1481920.132715290799
4.2001-4.80740.12531330.117428192952100
4.8074-6.0550.16331290.135928442973100
6.055-48.13530.14781350.14992853298899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6888-1.13341.04761.813-2.37528.2443-0.2482-0.17880.3190.2014-0.2250.0127-0.29090.2610.42130.10740.0025-0.01560.15020.01410.190828.493511.435574.1496
22.9254-0.4186-0.9592.3097-0.81573.1892-0.1364-0.6136-0.01170.42990.1610.0272-0.0067-0.31020.01440.19630.001-0.01710.33570.00010.145420.48369.663583.8898
31.76650.29120.02870.68090.10961.63390.0187-0.2966-0.16840.11410.01750.08710.19-0.1882-0.04110.14050.01940.02680.19640.02310.178810.22445.866769.8569
43.002-0.1766-0.27731.79650.3732.15-0.0270.12080.29960.0842-0.00840.27780.0159-0.25180.0030.11190.0339-0.00440.1539-0.01980.16132.963114.548558.5068
51.8215-0.48630.57930.8547-0.06240.872-0.0205-0.1419-0.00970.07580.00910.171-0.0598-0.1140.01950.10450.01080.01660.12090.00430.15488.547713.318763.0904
62.4668-0.26650.21680.0407-0.16352.2460.1241-0.1326-0.39150.1891-0.15960.2370.5183-0.15550.00870.2611-0.0181-0.00660.23190.03220.231413.371-0.898566.9066
74.12130.22141.43611.5535-0.7014.8379-0.2255-0.67180.02570.4964-0.00780.1637-0.3787-0.78240.28380.24790.02760.06430.4261-0.01090.19888.970912.879881.1379
82.8195-0.7886-0.89332.30351.6022.91140.01230.21130.0683-0.2434-0.0350.0258-0.0541-0.05770.02720.1132-0.0054-0.01220.08640.01860.114734.46276.703242.9278
91.23530.20770.6981.5921-2.11613.77760.04520.0551-0.0374-0.1073-0.057-0.1770.23530.28470.02880.16490.03290.02820.1555-0.01820.202452.77626.56553.9329
100.70480.36930.332510.25730.9890.0323-0.0105-0.0550.0213-0.0403-0.08470.07170.10760.02680.10270.01240.01010.11070.01430.141147.163611.852660.0409
112.29311.4877-0.06447.6483-0.01011.3071-0.16750.20750.0555-0.61440.1967-0.1677-0.06190.0943-0.03650.1776-0.01730.02760.23120.00540.182747.914610.439842.8125
121.3803-0.671-0.22741.92840.48563.49790.0484-0.38480.00060.3037-0.01430.26680.1209-0.5204-0.05770.2878-0.01310.03580.3407-0.0240.120833.28527.745997.3614
130.8860.06460.05251.38670.12991.45040.0491-0.482-0.08920.6519-0.0018-0.06160.2172-0.1277-0.0230.3870.00140.00590.41170.02590.114241.72425.8702107.4176
141.90660.08310.21122.57860.57842.4529-0.162-0.34350.18230.4450.1985-0.0863-0.27660.0052-0.01920.31940.04290.00980.3031-0.02470.118544.805314.6726102.9745
150.0180.1822-0.29252.5265-4.53278.04270.1207-0.34270.13010.4294-0.2044-0.2145-0.40240.67010.17980.2685-0.0137-0.03520.3241-0.03560.198557.429415.654789.5487
161.6202-1.1406-0.29622.57880.13171.3980.0567-0.110.12060.0833-0.0419-0.2043-0.02750.15780.00120.2109-0.012-0.00570.2350.00420.144950.122412.797990.2323
171.6834-0.5953-0.86852.44030.89112.714-0.05640.0963-0.2647-0.0076-0.11380.1470.3231-0.23420.16050.2361-0.01470.00370.19090.01460.140742.4317-3.83780.8149
181.1365-0.78890.7663.24180.24432.7076-0.0241-0.03720.02730.28850.0496-0.4005-0.04690.4439-0.05850.20360.0324-0.0080.33280.04040.221163.72596.923180.5419
191.3654-0.325-0.2661.01420.02681.304-0.0044-0.098-0.07430.1117-0.0613-0.21320.15890.17310.04710.2490.0373-0.01150.20460.04070.195353.956-3.315884.423
205.7897-1.2896-2.8642.91380.48514.53850.07430.3363-0.0579-0.2322-0.2341-0.19830.16180.03580.13490.19090.02930.0130.19470.03760.164650.8738-0.840772.0517
211.0002-0.16420.04291.50650.00451.87790.0417-0.04260.09840.1253-0.07950.017-0.2052-0.02750.03150.2030.01290.0020.21930.00580.138743.165314.877587.7282
223.15430.5203-1.04032.02170.15665.6777-0.0403-0.4524-0.26210.55190.2679-0.25080.21590.3548-0.18250.2645-0.0083-0.09450.35630.00470.218253.78947.168999.9927
231.72640.31890.72082.2168-0.18832.9883-0.03440.43970.107-0.43140.05190.0585-0.18810.083-0.01020.18480.00850.00090.19940.02760.161216.60260.892821.3248
241.28850.1078-0.15141.50160.15541.93970.01220.13770.11-0.105-0.04440.1403-0.2347-0.10890.02960.11860.0048-0.0050.1357-0.00160.20476.48764.374134.8111
256.2541-0.131.31513.2945-0.8923.13940.1113-0.1942-0.70930.1445-0.11410.16170.36490.2129-0.00570.1784-0.01310.00410.16270.01070.17189.4638-12.111449.3585
261.08240.0044-0.37461.15980.00631.18370.052-0.01920.0982-0.0041-0.04020.1946-0.0951-0.0678-0.00280.11740.0001-0.00190.112-0.01180.21175.92590.835941.652
275.94255.18360.1517.84040.7452.5892-0.01940.3320.1031-0.4785-0.0410.5247-0.09870.04420.05840.18730.0439-0.09320.26370.00760.2143.5628-2.542525.1953
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 17 )A1 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 61 )A18 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 62 through 151 )A62 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 152 through 183 )A152 - 183
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 184 through 257 )A184 - 257
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 258 through 275 )A258 - 275
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 276 through 291 )A276 - 291
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 61 )B2 - 61
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 62 through 125 )B62 - 125
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 126 through 275 )B126 - 275
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 276 through 291 )B276 - 291
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 2 through 17 )C2 - 17
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 18 through 39 )C18 - 39
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 40 through 61 )C40 - 61
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 62 through 111 )C62 - 111
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 112 through 140 )C112 - 140
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 141 through 161 )C141 - 161
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 162 through 189 )C162 - 189
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 190 through 222 )C190 - 222
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 223 through 237 )C223 - 237
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 238 through 275 )C238 - 275
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 276 through 290 )C276 - 290
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 2 through 61 )D2 - 61
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 62 through 151 )D62 - 151
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 152 through 169 )D152 - 169
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 170 through 275 )D170 - 275
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 276 through 290 )D276 - 290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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