PDB-5j90: Structure of Fjoh_4558, a chitin-binding SusD homolog from Flavob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j90

タイトル

Structure of Fjoh_4558, a chitin-binding SusD homolog from Flavobacterium johnsoniae

要素

RagB/SusD domain protein

キーワード

Chitin-binding protein / Chitin-binding / SusD homolog / Bacteroidetes / Flavobacterium johnsoniae

機能・相同性

SusD-like / Susd and RagB outer membrane lipoprotein / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #390 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha / RagB/SusD domain protein

機能・相同性情報

生物種

Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3932 Å

データ登録者

Koropatkin, N.M.

引用

ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2016
タイトル: A polysaccharide utilization locus from Flavobacterium johnsoniae enables conversion of recalcitrant chitin.
著者: Larsbrink, J. / Zhu, Y. / Kharade, S.S. / Kwiatkowski, K.J. / Eijsink, V.G. / Koropatkin, N.M. / McBride, M.J. / Pope, P.B.

履歴

登録	2016年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j90.cif.gz	238.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j90.ent.gz	185.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j90.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5j90_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j90_full_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示
XML形式データ	5j90_validation.xml.gz	48.5 KB	表示
CIF形式データ	5j90_validation.cif.gz	77.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/5j90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/5j90	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j5uC 4f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4uqr-1 6eo5-d 5g6h-1 4ug7-1 4d3u-1 5g69-1 4d7j-1 5g6i-1 4ugy-1 5g6d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RagB/SusD domain protein

B: RagB/SusD domain protein

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.331, 112.137, 121.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RagB/SusD domain protein 分子量: 56582.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 遺伝子: Fjoh_4558 / プラスミド: pETite N-his / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A5FB66
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 150 mM Tris-HCl pH 8.5, 27% sokolan CP5. These crystals were briefly soaked in 10mM acetylchitopentaose prior to freezing with a solution of 20% ethylene glycol, 80% crystallization media Temp details: room temp

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen vapor

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月30日

放射

モノクロメーター: 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.39→50 Å / Num. obs: 215603 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 11.53 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/av σ(I): 44.733 / Net I/σ(I): 12.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.39-1.41	5.9	0.364	1	83.6
1.41-1.44	6.4	0.327	1	99.7
1.44-1.47	6.8	0.272	1	99.8
1.47-1.5	7.6	0.233	1	100
1.5-1.53	7.8	0.21	1	100
1.53-1.57	7.9	0.18	1	100
1.57-1.6	7.9	0.15	1	100
1.6-1.65	7.9	0.136	1	100
1.65-1.7	8	0.117	1	100
1.7-1.75	8	0.107	1	100
1.75-1.81	8.1	0.099	1	100
1.81-1.89	8.2	0.093	1	100
1.89-1.97	8.3	0.083	1	100
1.97-2.08	8.3	0.07	1	100
2.08-2.21	8.4	0.063	1	100
2.21-2.38	8.4	0.065	1	100
2.38-2.62	8.4	0.062	1	100
2.62-2.99	8.4	0.057	1	100
2.99-3.77	8.3	0.034	1	100
3.77-50	8	0.03	1	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4F7A

4f7a

解像度: 1.3932→36.574 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.04

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1673	1996	0.93 %
R_work	0.1503	-	-
obs	0.1504	215458	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.9 Å² / B_iso mean: 15.7941 Å² / B_iso min: 5.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.3932→36.574 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7534	0	110	1514	9158
B_iso mean	-	-	26.74	26.36	-
残基数	-	-	-	-	964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7820
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.084	10600
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1119
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1378
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.572	2816

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3932-1.428	0.233	138	0.1935	14798	14936	98
1.428-1.4666	0.2073	135	0.1787	15135	15270	100
1.4666-1.5098	0.1887	157	0.1704	15110	15267	100
1.5098-1.5585	0.1947	137	0.1619	15196	15333	100
1.5585-1.6142	0.1756	140	0.1542	15132	15272	100
1.6142-1.6789	0.1683	144	0.1527	15171	15315	100
1.6789-1.7553	0.1581	141	0.1516	15201	15342	100
1.7553-1.8478	0.1434	130	0.1554	15220	15350	100
1.8478-1.9636	0.1513	158	0.1579	15252	15410	100
1.9636-2.1152	0.1807	137	0.1519	15257	15394	100
2.1152-2.328	0.1853	143	0.1507	15308	15451	100
2.328-2.6648	0.1748	143	0.1542	15354	15497	100
2.6648-3.357	0.1728	146	0.15	15452	15598	100
3.357-36.5866	0.1404	147	0.1303	15876	16023	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)