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- PDB-5j90: Structure of Fjoh_4558, a chitin-binding SusD homolog from Flavob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j90
タイトルStructure of Fjoh_4558, a chitin-binding SusD homolog from Flavobacterium johnsoniae
要素RagB/SusD domain protein
キーワードChitin-binding protein / Chitin-binding / SusD homolog / Bacteroidetes / Flavobacterium johnsoniae
機能・相同性SusD-like / Susd and RagB outer membrane lipoprotein / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #390 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha / RagB/SusD domain protein
機能・相同性情報
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3932 Å
データ登録者Koropatkin, N.M.
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2016
タイトル: A polysaccharide utilization locus from Flavobacterium johnsoniae enables conversion of recalcitrant chitin.
著者: Larsbrink, J. / Zhu, Y. / Kharade, S.S. / Kwiatkowski, K.J. / Eijsink, V.G. / Koropatkin, N.M. / McBride, M.J. / Pope, P.B.
履歴
登録2016年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RagB/SusD domain protein
B: RagB/SusD domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,84713
ポリマ－113,1642
非ポリマー68311
水27,2751514
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint28 kcal/mol
Surface area32090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.331, 112.137, 121.586
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RagB/SusD domain protein


分子量: 56582.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 遺伝子: Fjoh_4558 / プラスミド: pETite N-his / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A5FB66
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 150 mM Tris-HCl pH 8.5, 27% sokolan CP5. These crystals were briefly soaked in 10mM acetylchitopentaose prior to freezing with a solution of 20% ethylene glycol, 80% crystallization media
Temp details: room temp

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen vapor
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月30日
放射モノクロメーター: 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→50 Å / Num. obs: 215603 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 11.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/av σ(I): 44.733 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.39-1.415.90.364183.6
1.41-1.446.40.327199.7
1.44-1.476.80.272199.8
1.47-1.57.60.2331100
1.5-1.537.80.211100
1.53-1.577.90.181100
1.57-1.67.90.151100
1.6-1.657.90.1361100
1.65-1.780.1171100
1.7-1.7580.1071100
1.75-1.818.10.0991100
1.81-1.898.20.0931100
1.89-1.978.30.0831100
1.97-2.088.30.071100
2.08-2.218.40.0631100
2.21-2.388.40.0651100
2.38-2.628.40.0621100
2.62-2.998.40.0571100
2.99-3.778.30.0341100
3.77-5080.03199.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F7A

4f7a


解像度: 1.3932→36.574 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1673 1996 0.93 %
Rwork0.1503 --
obs0.1504 215458 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 56.9 Å2 / Biso mean: 15.7941 Å2 / Biso min: 5.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3932→36.574 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7534 0 110 1514 9158
Biso mean--26.74 26.36 -
残基数----964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067820
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08410600
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5722816
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3932-1.4280.2331380.1935147981493698
1.428-1.46660.20731350.17871513515270100
1.4666-1.50980.18871570.17041511015267100
1.5098-1.55850.19471370.16191519615333100
1.5585-1.61420.17561400.15421513215272100
1.6142-1.67890.16831440.15271517115315100
1.6789-1.75530.15811410.15161520115342100
1.7553-1.84780.14341300.15541522015350100
1.8478-1.96360.15131580.15791525215410100
1.9636-2.11520.18071370.15191525715394100
2.1152-2.3280.18531430.15071530815451100
2.328-2.66480.17481430.15421535415497100
2.6648-3.3570.17281460.151545215598100
3.357-36.58660.14041470.13031587616023100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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