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万見
- PDB-5j8w: One minute iron loaded Rana Catesbeiana H' ferritin variant E57A/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j8w
タイトルOne minute iron loaded Rana Catesbeiana H' ferritin variant E57A/E136A/D140A
要素Ferritin, middle subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rana Catesbeiana / ferritin variant / ferroxidase activity / M type / H' type / oxidoreductase activity / iron
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin, middle subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Lithobates catesbeiana (カエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.11 Å
データ登録者Pozzi, C. / Di Pisa, F. / Mangani, S. / Bernacchioni, C. / Turano, P.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2016
タイトル: Ferroxidase Activity in Eukaryotic Ferritin is Controlled by Accessory-Iron-Binding Sites in the Catalytic Cavity.
著者: Bernacchioni, C. / Pozzi, C. / Di Pisa, F. / Mangani, S. / Turano, P.
履歴
登録2016年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin, middle subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,44731
ポリマ－20,4631
非ポリマー98430
水6,702372
1
A: Ferritin, middle subunit
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)514,722744
ポリマ－491,11424
非ポリマー23,608720
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_655-x+1,z,y1
crystal symmetry operation19_655-x+1,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation57_554y+1/2,z,x-1/21
crystal symmetry operation58_555-y+1/2,z,-x+1/21
crystal symmetry operation59_555y+1/2,-z,-x+1/21
crystal symmetry operation60_554-y+1/2,-z,x-1/21
crystal symmetry operation69_555z+1/2,y,-x+1/21
crystal symmetry operation70_554z+1/2,-y,x-1/21
crystal symmetry operation71_554-z+1/2,y,x-1/21
crystal symmetry operation72_555-z+1/2,-y,-x+1/21
crystal symmetry operation77_545z+1/2,x-1/2,y1
crystal symmetry operation78_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation79_555-z+1/2,-x+1/2,y1
crystal symmetry operation80_545-z+1/2,x-1/2,-y1
crystal symmetry operation85_545y+1/2,x-1/2,-z1
crystal symmetry operation86_555-y+1/2,-x+1/2,-z1
crystal symmetry operation87_555y+1/2,-x+1/2,z1
crystal symmetry operation88_545-y+1/2,x-1/2,z1
Buried area92940 Å2
ΔGint-684 kcal/mol
Surface area139150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.340, 184.340, 184.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

CL

21A-209-

CL

31A-223-

MG

41A-225-

MG

51A-226-

MG

61A-230-

MG

71A-511-

HOH

81A-596-

HOH

91A-659-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferritin, middle subunit / Ferritin M / Ferritin H' / Ferritin X


分子量: 20463.100 Da / 分子数: 1 / 変異: E57A, E136A, D140A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lithobates catesbeiana (カエル) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P07798, ferroxidase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.5 % / 解説: Octahedral crystals
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6-2.0 M MgCl2 and 0.1 M bicine pH 9.0 / PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.0039, 1.7220, 1.7587
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月25日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00391
21.7221
31.75871
反射解像度: 1.11→18.81 Å / Num. obs: 106549 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.11→1.16 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J8S

5j8s


解像度: 1.11→18.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / Rfactor Rfree error: 0.022 / SU B: 0.509 / SU ML: 0.012 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.022 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14101 5310 5 %RANDOM
Rwork0.13064 ---
obs0.13117 101125 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 9.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.11→18.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1406 0 30 372 1808
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0191594
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021499
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.251.9472180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.11633486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6055218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.84425.11488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.16415303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.058158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.758754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.88753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.856954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.908955
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.927840
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.927840
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1321205
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.7442336
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.4092000
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.51731232
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.235584
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.68451559
LS精密化 シェル解像度: 1.105→1.134 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.172 407 -
Rwork0.161 7333 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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