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万見
- PDB-5j8r: Crystal Structure of the Catalytic Domain of Human Protein Tyrosi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j8r
タイトルCrystal Structure of the Catalytic Domain of Human Protein Tyrosine Phosphatase non-receptor Type 12 - K61R mutant
要素Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 12
キーワードHYDROLASE / cancer / tyrosine phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of ERBB signaling pathway / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / tissue regeneration / Signaling by PDGF / Interleukin-37 signaling / podosome / phosphoprotein phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation ...negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of ERBB signaling pathway / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / tissue regeneration / Signaling by PDGF / Interleukin-37 signaling / podosome / phosphoprotein phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / SHC1 events in ERBB2 signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cell projection / EGFR downregulation / Downregulation of ERBB2 signaling / SH3 domain binding / focal adhesion / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-12 / : / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-12 / : / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.043 Å
データ登録者Li, H. / Yang, F. / Xu, Y.F. / Wang, W.J. / Xiao, P. / Yu, X. / Sun, J.P.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
the National Key Basic Research Program of China2013CB967700 中国
the National Key Basic Research Program of China2012CB910402 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal structure and substrate specificity of PTPN12.
著者: Li, H. / Yang, F. / Liu, C. / Xiao, P. / Xu, Y.F. / Liang, Z.L. / Liu, C. / Wang, H.M. / Wang, W.J. / Zheng, W.S. / Zhang, W. / Ma, X.Y. / He, D.F. / Song, X.Y. / Cui, F.A. / Xu, Z.G. / Yi, F. ...著者: Li, H. / Yang, F. / Liu, C. / Xiao, P. / Xu, Y.F. / Liang, Z.L. / Liu, C. / Wang, H.M. / Wang, W.J. / Zheng, W.S. / Zhang, W. / Ma, X.Y. / He, D.F. / Song, X.Y. / Cui, F.A. / Xu, Z.G. / Yi, F. / Sun, J.P. / Yu, X.
履歴
登録2016年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 12
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 12
C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 12
D: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,1854
ポリマ－148,1854
非ポリマー00
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.938, 129.938, 278.757
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 12 / PTP-PEST / Protein-tyrosine phosphatase G1 / PTPG1


分子量: 37046.250 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 1-305 / 変異: K61R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN12 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q05209, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.75 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5M Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: SYNTEX / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月23日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→37.8 Å / Num. obs: 100516 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 55.4
反射 シェル解像度: 2.043→2.116 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.2_432精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QCJ

2qcj


解像度: 2.043→37.791 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2752 5009 4.98 %
Rwork0.2388 --
obs0.2406 100516 90.34 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.249 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7161 Å2-0 Å20 Å2
2---0.7161 Å2-0 Å2
3---1.4321 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.043→37.791 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9683 0 0 377 10060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1313401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5043765
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051732
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.043-2.1160.45894270.45988355X-RAY DIFFRACTION79
2.116-2.20070.42224680.39678781X-RAY DIFFRACTION83
2.2007-2.30080.37784280.35129028X-RAY DIFFRACTION85
2.3008-2.42210.35835050.3139316X-RAY DIFFRACTION88
2.4221-2.57390.31965010.28549603X-RAY DIFFRACTION91
2.5739-2.77250.31325020.27229947X-RAY DIFFRACTION93
2.7725-3.05140.30265830.251810031X-RAY DIFFRACTION96
3.0514-3.49270.25215490.211510267X-RAY DIFFRACTION97
3.4927-4.39940.21845460.173410205X-RAY DIFFRACTION97
4.3994-37.79750.21715000.18829974X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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