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- PDB-5j8l: Crystal structure of D-tagatose 3-epimerase C66S from Pseudomonas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j8l
タイトルCrystal structure of D-tagatose 3-epimerase C66S from Pseudomonas cichorii in complex with 1-deoxy L-tagatose, using a crystal grown in microgravity
要素D-tagatose 3-epimerase
キーワードISOMERASE / Epimerase
機能・相同性
機能・相同性情報


D-tagatose 3-epimerase / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 1-deoxy-L-tagatose / 1-deoxy-beta-L-tagatopyranose / D-tagatose 3-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas cichorii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Izumori, K. / Kamitori, S.
引用
ジャーナル: Appl. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2016
タイトル: X-ray structures of the Pseudomonas cichorii D-tagatose 3-epimerase mutant form C66S recognizing deoxy sugars as substrates
著者: Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Ishii, T. / Izumori, K. / Kamitori, S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of D-tagatose 3-epimerase from Pseudomonas cichorii and its complexes with D-tagatose and D-fructose.
著者: Yoshida, H. / Yamada, M. / Nishitani, T. / Takada, G. / Izumori, K. / Kamitori, S.
履歴
登録2016年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2016年4月27日ID: 4YVL
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_dist_value ..._chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-tagatose 3-epimerase
B: D-tagatose 3-epimerase
C: D-tagatose 3-epimerase
D: D-tagatose 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,29618
ポリマ－135,4344
非ポリマー1,86114
水16,592921
1
A: D-tagatose 3-epimerase
B: D-tagatose 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,81210
ポリマ－67,7172
非ポリマー1,0958
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area21650 Å2
手法PISA
2
C: D-tagatose 3-epimerase
D: D-tagatose 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4848
ポリマ－67,7172
非ポリマー7676
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area22300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.580, 126.535, 98.903
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
D-tagatose 3-epimerase


分子量: 33858.613 Da / 分子数: 4 / 変異: C66S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas cichorii (バクテリア)
プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: O50580, D-tagatose 3-epimerase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-TGJ / 1-deoxy-L-tagatose / 1-デオキシ-L-タガト-ス


分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
#4: 糖
ChemComp-TGK / 1-deoxy-beta-L-tagatopyranose / 1-deoxy-beta-L-tagatose / 1-deoxy-L-tagatose / 1-deoxy-tagatose


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
b-L-1-deoxy-TagpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 4.6 / 詳細: 15 % PEG4000, 0.1 M Sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→100 Å / Num. obs: 121443 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/av σ(I): 15.773 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.73-1.761.90.4672.2193.3
1.76-1.791.90.438193.7
1.79-1.831.90.369193.3
1.83-1.861.90.329193.3
1.86-1.91.90.282193
1.9-1.951.90.252193.5
1.95-21.90.207193.5
2-2.051.90.185192.9
2.05-2.111.90.163192.7
2.11-2.181.90.141192.8
2.18-2.2620.118191.6
2.26-2.3520.106191.3
2.35-2.4520.089190.4
2.45-2.5820.081188.9
2.58-2.7520.072187.8
2.75-2.9620.061188.2
2.96-3.2620.055189.4
3.26-3.7320.05192.8
3.73-4.720.049194
4.7-1002.20.05194.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
CNS1.3精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QUL

2qul


解像度: 1.73→38.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2553680 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 12139 10 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.197 121336 92 %-
溶媒の処理Bsol: 56.4709 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 70.79 Å2 / Biso mean: 19.9 Å2 / Biso min: 6.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.88 Å20 Å2-3.52 Å2
2---4.09 Å20 Å2
3---5.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.73→38.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9246 0 114 921 10281
Biso mean--38.92 28.26 -
残基数----1173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.582
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.592.5
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 1223 9.9 %
Rwork0.279 11071 -
all-12294 -
obs--93.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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