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- PDB-5j7x: Baeyer-Villiger monooxygenase BVMOAFL838 from Aspergillus flavus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j7x
タイトルBaeyer-Villiger monooxygenase BVMOAFL838 from Aspergillus flavus
要素Dimethylaniline monooxygenase, putative
キーワードOXIDOREDUCTASE / Baeyer-Villiger monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / membrane => GO:0016020 / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Dimethylaniline monooxygenase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ferroni, F.M. / Tolmie, C. / Smit, M.S. / Opperman, D.J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structural and Catalytic Characterization of a Fungal Baeyer-Villiger Monooxygenase.
著者: Ferroni, F.M. / Tolmie, C. / Smit, M.S. / Opperman, D.J.
履歴
登録2016年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimethylaniline monooxygenase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2874
ポリマ－62,2421
非ポリマー1,0453
水6,503361
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area21580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.670, 177.510, 76.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: タンパク質 Dimethylaniline monooxygenase, putative


分子量: 62241.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: AFLA_016370 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B8N653
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 9, 1.8 M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9174 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9174 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→32.4 Å / Num. obs: 58733 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/av σ(I): 8.288 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-26.30.6691.1199.6
2-2.126.30.4051.8199.7
2.12-2.275.50.2493199.5
2.27-2.456.60.184.1199.8
2.45-2.696.60.1256199.9
2.69-36.40.0891100
3-3.475.50.0513.7199.1
3.47-4.256.70.03817.21100
4.25-6.0160.03418.5199.5
6.01-32.4196.30.02822.4198

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.54 Å32.42 Å
Translation7.54 Å32.42 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.2.1データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
REFMAC5精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Coot0.8.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W4X

1w4x


解像度: 1.9→32.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.275 / SU ML: 0.08 / SU R Cruickshank DPI: 0.1078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.115
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2045 2981 5.1 %RANDOM
Rwork0.1571 ---
obs0.1594 55752 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.49 Å2 / Biso mean: 28.445 Å2 / Biso min: 12.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→32.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4218 0 69 361 4648
Biso mean--24.05 36.08 -
残基数----527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0194419
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7071.9596015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27839349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4025527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.24424.151212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.97315705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3271524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2030.2634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0214989
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021056
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9561.9172112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9531.9162110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8542.8592637
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 211 -
Rwork0.24 4074 -
all-4285 -
obs--99.33 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 131.243 Å / Origin y: 196.1817 Å / Origin z: 31.3771 Å
111213212223313233
T0.0425 Å2-0.013 Å2-0.0071 Å2-0.0095 Å20.0082 Å2--0.0351 Å2
L0.8679 °2-0.1307 °20.1475 °2-0.2423 °2-0.0934 °2--0.5067 °2
S-0.0243 Å °-0.0158 Å °0.1192 Å °-0.0591 Å °-0.003 Å °-0.0582 Å °-0.0197 Å °0.0186 Å °0.0273 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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