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万見
- PDB-5j7n: Crystal structure of a small heat-shock protein from Xylella fast... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j7n
タイトルCrystal structure of a small heat-shock protein from Xylella fastidiosa reveals a distinct high order structure
要素Low molecular weight heat shock protein
キーワードCHAPERONE / Small heat shock protein / Xylella fastidiosa / alpha-crystallin domain / citrus variegated chlorosis
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Low molecular weight heat shock protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xylella fastidiosa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fonseca, E.M.B. / Scorsato, V. / dos Santos, C.A. / Tomazini Jr., A. / Aparicio, R. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a small heat-shock protein from Xylella fastidiosa reveals a distinct high-order structure.
著者: Fonseca, E.M. / Scorsato, V. / Dos Santos, M.L. / Junior, A.T. / Tada, S.F. / Dos Santos, C.A. / de Toledo, M.A. / de Souza, A.P. / Polikarpov, I. / Aparicio, R.
履歴
登録2016年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low molecular weight heat shock protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8811
ポリマ－17,8811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8220 Å2
2
A: Low molecular weight heat shock protein

A: Low molecular weight heat shock protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7622
ポリマ－35,7622
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13530 Å2
手法PISA
3
A: Low molecular weight heat shock protein

A: Low molecular weight heat shock protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7622
ポリマ－35,7622
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_455-x-1,y,-z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.940, 68.940, 72.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Low molecular weight heat shock protein


分子量: 17880.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xylella fastidiosa (strain 9a5c) (バクテリア)
株: 9a5c / 遺伝子: XF_2234 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9PBB0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES sodium salt pH 7.5, 0.3 M sodium citrate, 20% 2-propanol, 15% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→68.94 Å / Num. obs: 4089 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 18.6 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 19.3 % / Rmerge(I) obs: 0.673 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GLA

3gla


解像度: 2.9→40.452 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 183 4.48 %RANDOM
Rwork0.2122 ---
obs0.2131 4085 97.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40.452 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数858 0 0 0 858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2081184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.037536
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009159
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.9795-0.0775-1.78826.3860.49413.22370.047-0.880.00040.5123-0.2772-0.1859-0.1780.20820.33630.4138-0.0091-0.04380.60020.02420.62-12.2202-32.00143.0281
25.5135-0.253-1.4977.57070.58891.2302-0.1621-1.73090.06110.71370.08670.37350.1365-0.10790.0860.69450.0121-0.00171.3255-0.17270.98769.9688-27.010711.0236
36.58520.5931-0.53835.07760.76756.4767-0.2075-1.0555-0.3838-0.22720.11960.52560.22610.33810.20220.45460.0341-0.13270.6180.01810.7037-16.3793-33.93991.6667
42.41412.3619-1.50243.53130.19683.83030.39550.1209-0.60330.2201-0.53280.80590.5881-1.07440.30870.66030.0142-0.10160.8578-0.2931.0181-45.5415-39.923-6.9852
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 85 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 103 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 104 through 135 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 136 through 149 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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