PDB-5j7m: Crystal structure of Cupin 2 conserved barrel domain protein from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j7m

タイトル

Crystal structure of Cupin 2 conserved barrel domain protein from Kribbella flavida DSM 17836

要素

Cupin 2 conserved barrel domain protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Cupin 2 conserved barrel domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Kribbella flavida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Chang, C. / Cuff, M. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Cupin 2 conserved barrel domain protein from Kribbella flavida DSM 17836
著者: Chang, C. / Cuff, M. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2016年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月17日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j7m.cif.gz	107.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j7m.ent.gz	88.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j7m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5j7m_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j7m_full_validation.pdf.gz	462.4 KB	表示
XML形式データ	5j7m_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	5j7m_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/5j7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/5j7m	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3cb8-d 1a8l-d 6kcq-d 4lkr-d 5jdz-3 1ly0-d 2wje-d 2oqw-d 1ny1-1 2j65-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cupin 2 conserved barrel domain protein

B: Cupin 2 conserved barrel domain protein

ヘテロ分子

27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.162, 61.162, 120.973
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cupin 2 conserved barrel domain protein 分子量: 13563.562 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal cloning artifact SNA / 由来: (組換発現) Kribbella flavida (バクテリア) / 株: DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399 / 遺伝子: Kfla_2934 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: D2Q1L0

#1: タンパク質

Cupin 2 conserved barrel domain protein

分子量: 13563.562 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal cloning artifact SNA / 由来: (組換発現)

Kribbella flavida (バクテリア) / 株: DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399 / 遺伝子: Kfla_2934
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: D2Q1L0

-
非ポリマー , 5種, 79分子

#2: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.41 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Magnesium chloride, HEPES, ethanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791833 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791833 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 15720 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 23.87 Å² / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.11 / Χ²: 0.941 / Net I/av σ(I): 16.252 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 97051

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.07-2.11	4.9	0.722	1	100
2.11-2.14	5.1	0.666	1	100
2.14-2.19	5.5	0.536	1	100
2.19-2.23	5.8	0.526	1	100
2.23-2.28	6	0.455	1	100
2.28-2.33	6	0.443	1	100
2.33-2.39	6	0.385	1	100
2.39-2.45	6.1	0.332	1	100
2.45-2.53	6.1	0.294	1	100
2.53-2.61	6.1	0.241	1	99.9
2.61-2.7	6.2	0.2	1	99.7
2.7-2.81	6.3	0.17	1	99.7
2.81-2.94	6.3	0.139	1	99.8
2.94-3.09	6.5	0.106	1	99.7
3.09-3.29	6.7	0.076	1	99.7
3.29-3.54	6.7	0.066	1	99.6
3.54-3.9	6.9	0.057	1	99.5
3.9-4.46	6.9	0.047	1	98.5
4.46-5.62	6.9	0.042	1	97.1
5.62-50	6.7	0.051	1	95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	(dev_2328)	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.07→39.849 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.33

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	1441	5.34 %
R_work	0.1796	-	-
obs	0.1822	15017	86.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.04 Å² / B_iso mean: 29.7677 Å² / B_iso min: 9.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.07→39.849 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1869	0	40	70	1979
B_iso mean	-	-	41.66	31.51	-
残基数	-	-	-	-	244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1952
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.945	2664
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	302
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	345
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.749	1125

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0613-2.135	0.2755	77	0.2251	1411	1488	48
2.135-2.2205	0.2863	100	0.2215	1959	2059	66
2.2205-2.3215	0.2809	112	0.2224	2542	2654	85
2.3215-2.4439	0.2713	143	0.2284	2792	2935	93
2.4439-2.597	0.3542	143	0.2148	2806	2949	95
2.597-2.7975	0.2591	112	0.221	2872	2984	95
2.7975-3.0789	0.248	163	0.2039	2791	2954	95
3.0789-3.5242	0.2342	200	0.1663	2762	2962	95
3.5242-4.4392	0.2017	197	0.1453	2801	2998	96
4.4392-39.856	0.164	194	0.1446	2788	2982	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1201	-0.1549	-0.0304	0.2086	0.054	0.0178	0.0959	-0.0404	0.043	-0.0172	0.0746	-0.0239	0.1251	-0.0253	0	0.1457	0.0032	-0.0084	0.196	0.0244	0.1851	2.6943	26.9642	0.591
2	0.1041	-0.1058	0.0431	0.1289	-0.1138	0.1274	0.0081	0.1511	0.2238	0.0051	0.0416	-0.0885	-0.1363	-0.0936	-0	0.1731	-0.0076	-0.0156	0.1417	-0.0096	0.1988	8.8173	31.5628	-0.8844
3	0.1232	-0.0623	-0.1086	0.0267	0.0544	0.0934	0.0142	0.2433	0.1479	-0.0359	-0.0618	0.0562	0.1098	0.0375	-0	0.1743	-0.0098	-0.0225	0.1633	0.043	0.1763	9.5282	24.3697	-14.2193
4	0.1088	0.1058	0.0255	0.104	0.0263	0.0469	-0.0281	0.1836	0.3418	-0.0673	-0.1341	-0.1079	-0.1504	0.0077	-0.0161	0.2516	0.0807	0.0399	0.18	0.0873	0.2121	14.7487	18.7684	-21.2362
5	0.1917	-0.2341	-0.0928	0.2675	0.0975	0.0381	0.1694	0.1188	0.1676	-0.1276	-0.1353	-0.4375	0.1691	0.2635	0.0103	0.1791	0.0519	-0.0136	0.1409	0.054	0.1697	14.4794	24.0136	-14.7158
6	0.0106	0.0088	0.0228	0.0204	-0.0017	0.0905	-0.0849	0.0071	-0.3845	0.0826	0.0551	0.0924	0.1631	0.0264	0.001	0.2217	-0.0089	-0.0034	0.1045	0.0078	0.3383	2.7601	12.2829	-13.187
7	0.0317	-0.0248	-0.0314	0.0206	0.0063	0.0618	0.0004	0.1495	0.0734	0.0235	-0.0822	-0.0076	0.0321	-0.1139	0	0.1857	-0.017	-0.0092	0.1351	0.0317	0.1603	12.6053	28.7865	-7.1051
8	0.0799	-0.05	0.041	0.3159	0.2698	0.314	0.1059	-0.0644	0.017	0.0124	-0.0462	-0.1053	-0.2262	0.1651	0.105	0.3156	-0.2787	-0.0124	0.4858	-0.0845	0.2236	27.2849	40.2102	-4.844
9	0.0591	0.0408	-0.042	0.0248	-0.0258	0.0234	0.0544	0.2427	0.1093	-0.024	-0.0631	-0.2334	0.0693	0.1344	0.0001	0.2485	0.0599	0.0195	0.241	0.0356	0.2341	23.796	17.5833	-10.8787
10	0.0415	-0.003	0.1097	0.1586	0.003	0.5137	0.1417	-0.0672	0.1435	0.0475	-0.0714	0.0109	0.1789	0.036	0.0031	0.0506	-0.0007	-0.0354	0.167	0.0574	0.1891	27.5714	20.0309	-1.509
11	0.0173	-0.0109	0.0167	0.0066	-0.0103	0.0151	0.0463	-0.047	0.2293	-0.163	-0.0546	0.0053	0.0448	0.1387	0.0001	0.1677	0.0269	-0.0373	0.1701	0.046	0.2375	23.0354	18.5414	2.0581
12	0.0302	-0.0122	-0.0275	0.0309	0.0392	0.0621	-0.0335	-0.3174	0.0264	-0.0898	0.0365	-0.1403	-0.0456	-0.1242	0.0001	0.1506	-0.0032	-0.0658	0.1491	-0.0044	0.1953	21.2472	20.0049	9.6012
13	0.089	-0.0494	0.0649	0.0384	-0.036	0.0553	-0.0408	-0.2079	-0.1833	0.1869	-0.0718	0.0171	0.1016	-0.1573	-0.0156	0.1835	0.005	-0.0332	0.3394	-0.0087	0.1371	12.2693	18.673	14.6335
14	0.3292	-0.0964	0.1608	0.0961	0.0257	0.189	-0.155	-0.4377	0.0748	0.0377	0.2874	0.0247	0.1105	0.0021	0.1395	0.1262	-0.0277	-0.1182	0.2896	-0.0615	-0.0584	16.9442	23.578	11.1094
15	0.013	0.0038	-0.018	0.009	-0.0049	0.0176	0.095	0.2007	-0.1317	-0.1153	0.0756	0.1686	0.155	-0.1072	0.0001	0.21	-0.0063	-0.0236	0.228	0.035	0.2065	13.512	6.8559	9.7121
16	0.6318	0.0703	-0.1352	0.2129	-0.0011	0.0387	-0.0075	-0.0348	0.2127	-0.1079	0.0059	-0.0738	0.0464	0.1275	0.0308	0.1383	0.0005	-0.0332	0.1214	0.0244	0.1018	21.3585	24.2726	3.2608
17	0.0369	0.0513	-0.0266	0.0747	-0.0374	0.015	0.0459	-0.0589	-0.0183	0.0998	-0.0599	-0.1168	-0.0564	0.0107	0.0393	0.5889	-0.062	0.0567	0.1586	-0.069	0.4018	21.6809	42.7151	0.6421

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 19 )	A	-1 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 40 )	A	20 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 41 through 68 )	A	41 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 75 )	A	69 - 75
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 76 through 92 )	A	76 - 92
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 93 through 99 )	A	93 - 99
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 100 through 108 )	A	100 - 108
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 109 through 120 )	A	109 - 120
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid -1 through 11 )	B	-1 - 11
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 12 through 33 )	B	12 - 33
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 34 through 40 )	B	34 - 40
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 41 through 61 )	B	41 - 61
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 62 through 76 )	B	62 - 76
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 77 through 92 )	B	77 - 92
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 93 through 99 )	B	93 - 99
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 100 through 108 )	B	100 - 108
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 109 through 120 )	B	109 - 120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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