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Yorodumi- PDB-5j7m: Crystal structure of Cupin 2 conserved barrel domain protein from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5j7m | ||||||
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Title | Crystal structure of Cupin 2 conserved barrel domain protein from Kribbella flavida DSM 17836 | ||||||
Components | Cupin 2 conserved barrel domain protein | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Cupin 2 conserved barrel domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Kribbella flavida (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.07 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Cuff, M. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Cupin 2 conserved barrel domain protein from Kribbella flavida DSM 17836 Authors: Chang, C. / Cuff, M. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5j7m.cif.gz | 107.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5j7m.ent.gz | 88.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5j7m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5j7m_validation.pdf.gz | 461.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5j7m_full_validation.pdf.gz | 462.4 KB | Display | |
Data in XML | 5j7m_validation.xml.gz | 11.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5j7m_validation.cif.gz | 15.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/5j7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/5j7m | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 13563.562 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 1-120 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-terminal cloning artifact SNA / Source: (gene. exp.) Kribbella flavida (bacteria) / Strain: DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399 / Gene: Kfla_2934 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: D2Q1L0 |
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-Non-polymers , 5 types, 79 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PEG / #5: Chemical | ChemComp-ACT / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: Magnesium chloride, HEPES, ethanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.9791833 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jul 13, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791833 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.07→50 Å / Num. obs: 15720 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 23.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.941 / Net I/av σ(I): 16.252 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 97051 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.07→39.849 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.33
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 93.04 Å2 / Biso mean: 29.7677 Å2 / Biso min: 9.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.07→39.849 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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