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- PDB-5j7i: Crystal structure of a Geobacillus thermoglucosidasius Acetylatin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j7i
タイトルCrystal structure of a Geobacillus thermoglucosidasius Acetylating Aldehyde Dehydrogenase in complex with ADP
要素Acetaldehyde dehydrogenase (Acetylating)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Acetylating aldehyde dehydrogenase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acetaldehyde dehydrogenase, acetylating / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase ...Acetaldehyde dehydrogenase, acetylating / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / Acetaldehyde dehydrogenase (Acetylating)
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus thermoglucosidasius (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Crennell, S.J. / Extance, J.P. / Danson, M.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Structure of an acetylating aldehyde dehydrogenase from the thermophilic ethanologen Geobacillus thermoglucosidasius.
著者: Extance, J. / Danson, M.J. / Crennell, S.J.
履歴
登録2016年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetaldehyde dehydrogenase (Acetylating)
B: Acetaldehyde dehydrogenase (Acetylating)
C: Acetaldehyde dehydrogenase (Acetylating)
D: Acetaldehyde dehydrogenase (Acetylating)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,9658
ポリマ－209,1244
非ポリマー1,8414
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16120 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area64940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.054, 109.543, 204.149
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Acetaldehyde dehydrogenase (Acetylating)


分子量: 52280.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermoglucosidasius (strain C56-YS93) (バクテリア)
株: C56-YS93 / 遺伝子: Geoth_3234 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0M1QQ83, acetaldehyde dehydrogenase (acetylating)
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 % / 解説: thin and plate-like
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: protein solution containing 10.7mg/ml protein, 0.5mM acetyl-CoA and 5mM NAD+ was mixed 1:1 with 0.1M MMT buffer pH5.0, 21 to 23% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→50 Å / Num. obs: 14328 / % possible obs: 78 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.267 / Net I/σ(I): 3.87
反射 シェル解像度: 4→4.07 Å / 冗長度: 2.26 % / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / % possible all: 70.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J78

5j78


解像度: 4→42.668 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2825 717 5.03 %random
Rwork0.2295 ---
obs0.2322 14256 78.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→42.668 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13652 0 117 0 13769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23518932
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.325205
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052427
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.0031-4.31190.31141300.23392478X-RAY DIFFRACTION73
4.3119-4.74530.28041540.24682541X-RAY DIFFRACTION75
4.7453-5.43080.29221580.26022654X-RAY DIFFRACTION78
5.4308-6.83770.35311340.29782820X-RAY DIFFRACTION81
6.8377-42.67010.21161410.15263046X-RAY DIFFRACTION84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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