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- PDB-5j76: Structure of Lectin from Colocasia esculenta(L.) Schott -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j76
タイトルStructure of Lectin from Colocasia esculenta(L.) Schott
要素(12kD storage protein) x 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Sugar Binding / Lectin / Colocasia agglutinin
機能・相同性
機能・相同性情報


response to other organism / D-mannose binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannose-specific lectin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Colocasia esculenta (サトイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Vajravijayan, S. / Pletnev, S. / Nandhagopal, N. / Gunasekaran, K.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2016
タイトル: Structural analysis of beta-prism lectin from Colocasia esculenta (L.) S chott.
著者: Vajravijayan, S. / Pletnev, S. / Pletnev, V.Z. / Nandhagopal, N. / Gunasekaran, K.
履歴
登録2016年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 12kD storage protein
B: 12kD storage protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5784
ポリマ－24,3942
非ポリマー1842
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area10290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.471, 75.471, 121.177
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-354-

HOH

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要素

#1: タンパク質 12kD storage protein


分子量: 11958.227 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-136 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Colocasia esculenta (サトイモ) / 参照: UniProt: Q39487
#2: タンパク質 12kD storage protein


分子量: 12435.870 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 144-254 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Colocasia esculenta (サトイモ) / 参照: UniProt: Q39487
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4 / 詳細: 2.7M Na Malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→65.3 Å / Num. obs: 23782 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.3 % / % possible all: 99.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MEZ

3mez


解像度: 2.1→28.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.916 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.124
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2044 1200 5 %RANDOM
Rwork0.1645 ---
obs0.1665 22646 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.76 Å2 / Biso mean: 56.505 Å2 / Biso min: 38.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→28.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1718 0 12 92 1822
Biso mean--74.25 62.22 -
残基数----220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191770
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.051.9362397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09133734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0735218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.47725.28787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.45215282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.788156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6515.321878
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6165.316877
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8367.941094
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 85 -
Rwork0.269 1618 -
all-1703 -
obs--98.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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