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万見
- PDB-5j6z: Structure of anastellin bound to beta-strands A and B from the th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j6z
タイトルStructure of anastellin bound to beta-strands A and B from the third type III domain of fibronectin
要素
  • Anastellin
  • Fibronectin
キーワードCELL ADHESION / extracellular matrix protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monocyte activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / Extracellular matrix organization / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / Fibronectin matrix formation / calcium-independent cell-matrix adhesion / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / fibrinogen complex / peptide cross-linking / integrin activation ...negative regulation of monocyte activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / Extracellular matrix organization / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / Fibronectin matrix formation / calcium-independent cell-matrix adhesion / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / fibrinogen complex / peptide cross-linking / integrin activation / ALK mutants bind TKIs / cell-substrate junction assembly / regulation of protein phosphorylation / proteoglycan binding / biological process involved in interaction with symbiont / extracellular matrix structural constituent / Molecules associated with elastic fibres / MET activates PTK2 signaling / peptidase activator activity / Syndecan interactions / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / response to muscle activity / endodermal cell differentiation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / basement membrane / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / endothelial cell migration / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of axon extension / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / Integrin signaling / extracellular matrix / substrate adhesion-dependent cell spreading / platelet alpha granule lumen / cell-matrix adhesion / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / integrin-mediated signaling pathway / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / Post-translational protein phosphorylation / wound healing / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / response to wounding / integrin binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of fibroblast proliferation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / GPER1 signaling / Platelet degranulation / nervous system development / regulation of cell shape / heparin binding / : / heart development / protease binding / blood microparticle / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / apical plasma membrane / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / : / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. ...Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / : / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Stine, J.M. / Briknarova, K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0846132 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103546 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM114657 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: The Interaction between the Third Type III Domain from Fibronectin and Anastellin Involves beta-Strand Exchange.
著者: Stine, J.M. / Ahl, G.J.H. / Schlenker, C. / Rusnac, D.V. / Briknarova, K.
履歴
登録2016年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibronectin
B: Anastellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3862
ポリマ－13,3862
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1900 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8940 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Fibronectin / FN / Cold-insoluble globulin / CIG


分子量: 3210.421 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 806-834 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FN1, FN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: P02751
#2: タンパク質 Anastellin / FN / Cold-insoluble globulin / CIG


分子量: 10175.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FN1, FN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[pREP4] / 参照: UniProt: P02751

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D C(CO)NH
161isotropic13D H(CCO)NH
171isotropic13D HNCO
181isotropic13D HN(CA)CO
191isotropic13D CCH-TOCSY
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1121isotropic13D 13C/15N-filtered, 13C(aliphatic)-edited NOESY
1131isotropic12D 13C/15N-filtered, 13C(aliphatic)-selected NOESY
1141isotropic13D 13C/15N-filtered, 15N-edited NOESY
1151isotropic12D 13C,15N-filtered, 15N-selected NOESY
1162isotropic12D 1H-15N HSQC
1172isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1182isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1192isotropic13D HN(CA)CB
1202isotropic13D CBCA(CO)NH
1212isotropic13D C(CO)NH
1222isotropic13D H(CCO)NH
1232isotropic13D HNCO
1242isotropic13D HN(CA)CO
1252isotropic13D CCH-TOCSY
1262isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1272isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1282isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1292isotropic12D HBCB(CGCD)HD
1302isotropic13D 13C/15N-filtered, 13C(aliphatic)-edited NOESY
1312isotropic12D 13C/15N-filtered, 13C(aliphatic)-selected NOESY
1322isotropic13D 13C/15N-filtered, 13C(aromatic)-edited NOESY
1332isotropic12D 13C/15N-filtered, 13C(aromatic)-selected NOESY
1342isotropic13D 13C/15N-filtered, 15N-edited NOESY
1352isotropic12D 13C/15N-filtered, 15N-selected NOESY
1363isotropic12D 1H-15N HSQC
1373isotropic13D 1H-15N NOESY
1383isotropic13D 1H-15N TOCSY
1393isotropic12D DQF-COSY
1403isotropic12D TOCSY
1414isotropic12D 1H-15N HSQC
1424isotropic13D 1H-15N NOESY
1434isotropic13D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] AB, 0.6 mM anastellin, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 140 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O13C15N AB:anastellin90% H2O/10% D2O
solution20.6 mM AB, 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] anastellin, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 140 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2OAB:13C15N anastellin90% H2O/10% D2O
solution30.6 mM [U-99% 15N] AB, 0.6 mM anastellin, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 140 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O15N AB:anastellin90% H2O/10% D2O
solution40.6 mM AB, 0.6 mM [U-99% 15N] anastellin, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 140 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2OAB:15N anastellin90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMAB[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.6 mManastellinnatural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
1.8 mMpotassium phosphatenatural abundance1
140 mMsodium chloridenatural abundance1
2.7 mMpotassium chloridenatural abundance1
0.6 mMABnatural abundance2
0.6 mManastellin[U-99% 13C; U-99% 15N]2
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
1.8 mMpotassium phosphatenatural abundance2
140 mMsodium chloridenatural abundance2
2.7 mMpotassium chloridenatural abundance2
0.6 mMAB[U-99% 15N]3
0.6 mManastellinnatural abundance3
10 mMsodium phosphatenatural abundance3
1.8 mMpotassium phosphatenatural abundance3
140 mMsodium chloridenatural abundance3
2.7 mMpotassium chloridenatural abundance3
0.6 mMABnatural abundance4
0.6 mManastellin[U-99% 15N]4
10 mMsodium phosphatenatural abundance4
1.8 mMpotassium phosphatenatural abundance4
140 mMsodium chloridenatural abundance4
2.7 mMpotassium chloridenatural abundance4
試料状態イオン強度: 166 mM / Label: standard / pH: 7.5 / 圧: 100000 Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent NMR system / 製造業者: Agilent / モデル: NMR system / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNMRCCPNデータ解析
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 / 詳細: refinement in explicit water
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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