PDB-5j6r: Crystal structure of Human Papillomavirus Type 59 L1 pentamer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j6r

タイトル

Crystal structure of Human Papillomavirus Type 59 L1 pentamer

要素

Major capsid protein L1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Major structural protein / Pentamer

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Human papillomavirus type 59 (パピローマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.011 Å

データ登録者

Li, Z.H. / Yan, X.D. / Yu, H. / Gu, Y. / Li, S.W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: The C-Terminal Arm of the Human Papillomavirus Major Capsid Protein Is Immunogenic and Involved in Virus-Host Interaction.
著者: Zhihai Li / Xiaodong Yan / Hai Yu / Daning Wang / Shuo Song / Yunbing Li / Maozhou He / Qiyang Hong / Qingbing Zheng / Qinjian Zhao / Ying Gu / Jun Zhang / Mandy E W Janssen / Giovanni ...
要旨: Cervical cancer is the second most prevalent malignant tumor among women worldwide. High-risk human papillomaviruses (HPVs) are believed to be the major causative pathogens of mucosal epithelial ...

履歴

登録	2016年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j6r.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j6r.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j6r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5j6r_validation.pdf.gz	527 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j6r_full_validation.pdf.gz	587.3 KB	表示
XML形式データ	5j6r_validation.xml.gz	143 KB	表示
CIF形式データ	5j6r_validation.cif.gz	188 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/5j6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/5j6r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8147C 5jb1C 2r5iS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2r5i-2 2r5i-3 2r5i-1 5w1x-3 6igd-1 5w1o-d 2r5j-3 2r5h-3 2r5h-2 2r5k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (5) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Major capsid protein L1

B: Major capsid protein L1

C: Major capsid protein L1

D: Major capsid protein L1

E: Major capsid protein L1

F: Major capsid protein L1

G: Major capsid protein L1

H: Major capsid protein L1

I: Major capsid protein L1

J: Major capsid protein L1

560 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Major capsid protein L1

B: Major capsid protein L1

C: Major capsid protein L1

D: Major capsid protein L1

H: Major capsid protein L1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
280 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Major capsid protein L1

F: Major capsid protein L1

G: Major capsid protein L1

I: Major capsid protein L1

J: Major capsid protein L1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
280 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.242, 161.743, 154.729
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1
9	1
10	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 17:401 or resseq 436:470 )
2	1	1	chain 'B' and (resseq 17:171 or resseq 176:401 or resseq 436:470 )
3	1	1	chain 'C' and (resseq 17:401 or resseq 436:470 )
4	1	1	chain 'D' and (resseq 17:401 or resseq 436:470 )
5	1	1	chain 'E' and (resseq 17:401 or resseq 436:470 )
6	1	1	chain 'F' and (resseq 17:401 or resseq 436:470 )
7	1	1	chain 'G' and (resseq 17:401 or resseq 436:470 )
8	1	1	chain 'H' and (resseq 17:169 or resseq 176:401 or resseq 436:470 )
9	1	1	chain 'I' and (resseq 17:401 or resseq 436:470 )
10	1	1	chain 'J' and (resseq 17:401 or resseq 436:470 )

#1: タンパク質	Major capsid protein L1 分子量: 55962.355 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP RESIDUES 10-508 / 変異: C175S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human papillomavirus type 59 (パピローマウイルス) 遺伝子: ORF putative L1, L1 / プラスミド: pTO-T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q81971

#1: タンパク質

Major capsid protein L1

分子量: 55962.355 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP RESIDUES 10-508 / 変異: C175S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human papillomavirus type 59 (パピローマウイルス)
遺伝子: ORF putative L1, L1 / プラスミド: pTO-T7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q81971

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 10% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4→50 Å / Num. obs: 44094 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 85.6 Å² / R_sym value: 0.283 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 4→4.07 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.854 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2R5I

2r5i

解像度: 4.011→49.697 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2671	2232	5.07 %
R_work	0.2428	-	-
obs	0.244	44025	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / B_sol: 71.912 Å² / k_sol: 0.316 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1382 Å²	-0 Å²	-1.346 Å²
2-	-	43.2817 Å²	0 Å²
3-	-	-	-44.4199 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.011→49.697 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33270	0	0	0	33270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	34136
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.695	46455
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.927	12459
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	5087
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	6026

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3305	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3305	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
1	3	C	3334	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
1	4	D	3334	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03
1	5	E	3334	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021
1	6	F	3334	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
1	7	G	3334	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
1	8	H	3293	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
1	9	I	3334	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
1	10	J	3334	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.0114-4.0985	0.3038	123	0.3095	2437	X-RAY DIFFRACTION	92
4.0985-4.1938	0.3287	150	0.2991	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1938-4.2987	0.3218	136	0.2914	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2987-4.4148	0.2994	142	0.2691	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4148-4.5446	0.2954	138	0.2498	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5446-4.6912	0.2654	135	0.2351	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6912-4.8587	0.2934	138	0.2239	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8587-5.0531	0.2626	145	0.2128	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0531-5.2828	0.2798	149	0.2336	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2828-5.561	0.2036	159	0.2236	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
5.561-5.9089	0.2814	163	0.2445	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9089-6.3643	0.2656	132	0.2433	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3643-7.0032	0.2242	121	0.2204	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0032-8.0129	0.2195	156	0.206	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
8.0129-10.0815	0.2081	111	0.1851	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
10.0815-49.7006	0.284	134	0.2837	2666	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3559	0.4191	-0.1622	0.4833	-0.2984	1.4086	-0.0233	0.3066	0.1985	-0.2861	0.2046	0.1099	-0.2489	-0.0449	-0.177	0.6458	0.0159	0.0068	0.2724	0.0215	0.4433	-18.1058	14.2546	65.7137
2	0.9618	-0.02	-0.0509	0.6251	0.1952	1.5633	-0.0154	0.2268	0.3878	-0.0678	-0.0067	-0.2178	-0.2474	0.3627	-0.0319	0.4392	-0.1855	0.0702	0.2183	-0.0829	0.4922	9.4273	25.4876	78.4743
3	0.8558	0.3627	-0.3556	0.7648	-0.439	2.0721	-0.0111	0.3617	-0.2436	-0.3731	0.1179	-0.1619	0.0638	0.0797	-0.0806	0.5691	0.0179	-0.0283	0.4255	-0.2042	0.4691	-16.3169	-18.28	64.6856
4	0.6235	0.0782	0.136	0.2292	-0.0369	1.9466	0.0286	0.2444	-0.2364	-0.2655	0.0563	-0.4244	-0.0477	0.3638	-0.0715	0.4736	0.0542	0.2015	0.6525	-0.1857	0.5713	28.7144	-0.1901	85.4258
5	1.3056	0.3112	-0.2583	0.8409	-0.0597	1.7692	0.0658	-0.6037	-0.1136	0.342	-0.0698	0.0121	-0.0013	-0.3972	0.0473	0.5406	-0.044	-0.168	0.6791	0.1193	0.3121	-1.3207	-6.5864	153.9504
6	1.0205	0.4888	-0.4001	0.4986	-0.2046	1.6969	0.0603	-0.7452	0.0365	0.262	-0.068	0.2272	0.0267	-0.5349	0.1354	0.5538	0.2129	-0.0495	0.6546	-0.593	0.164	-18.1221	20.7844	148.2196
7	0.8928	0.2337	0.0632	0.4648	-0.0892	1.7708	0.0714	-0.6791	-0.223	0.2866	-0.0744	0.235	0.3634	-0.5731	0.0047	0.4516	-0.1941	0.0338	0.8485	0.0754	0.5163	-47.8101	-20.0933	133.0963
8	0.485	-0.0472	0.1752	0.9536	0.1931	1.8964	-0.0058	0.4038	-0.4293	-0.154	0.1065	-0.3371	0.2687	0.4381	-0.1231	0.6458	0.0715	0.1068	0.6718	-0.2888	0.9213	12.799	-26.9898	77.1765
9	0.6093	0.0737	0.0634	0.253	0.0623	0.9576	0.2627	-0.6757	-0.2083	0.2423	-0.1555	0.0943	0.29	-0.1837	-0.0256	0.4307	-0.1357	-0.2479	0.5052	0.555	0.1924	-19.6885	-31.8748	144.5553
10	0.6223	0.1181	0.174	0.7145	-0.0537	1.5634	0.0948	-0.6366	0.1889	0.2695	-0.2574	0.4253	-0.0294	-0.5339	0.1295	0.4723	0.2704	0.0955	1.0691	-0.3638	0.6918	-46.8298	12.4618	135.3298

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B'
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D'
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E'
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F'
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G'
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H'
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'I'
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'J'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)