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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5j67 | |||||||||
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タイトル | Structure of Astrotactin-2, a conserved vertebrate-specific and perforin-like membrane protein involved in neuronal development | |||||||||
![]() | Astrotactin-2 | |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / MACPF / annexin-like / fibronectin / neural guidance | |||||||||
機能・相同性 | ![]() establishment of body hair planar orientation / cell pole / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / neuron cell-cell adhesion / negative regulation of protein localization to cell surface / protein localization to cell surface / clathrin-coated vesicle / neuron migration / protein transport / late endosome ...establishment of body hair planar orientation / cell pole / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / neuron cell-cell adhesion / negative regulation of protein localization to cell surface / protein localization to cell surface / clathrin-coated vesicle / neuron migration / protein transport / late endosome / cell cortex / perikaryon / early endosome / endosome / calcium ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ni, T. / Harlos, K. / Gilbert, R.J.C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of astrotactin-2: a conserved vertebrate-specific and perforin-like membrane protein involved in neuronal development. 著者: Ni, T. / Harlos, K. / Gilbert, R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 904.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 774.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 77.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 102.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65054.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | ChemComp-I3P / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 12% PEG 20000, 150 mM KSCN, 0.1 M Bis-tris propane pH7.5 - 8.5 PH範囲: 7.5-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.16→98.58 Å / Num. obs: 73362 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 最高解像度: 3.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.89 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 136.337 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.16→98.58 Å
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拘束条件 |
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