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- PDB-5j5q: AMP-PNP-stabilized ATPase domain of topoisomerase IV from Strepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j5q
タイトルAMP-PNP-stabilized ATPase domain of topoisomerase IV from Streptococcus pneumoniae, complex type II
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*C)-3')
  • DNA topoisomerase 4 subunit B
キーワードISOMERASE/DNA / Streptococcus PNEUMONIAE / TOPOISOMERASE IV / DNA BINDING / ISOMERASE-DNA COMPLEX / ATPase domain / T-segment
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII ...DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 4 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Skamrova, G. / Umrekar, T. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K010069/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Trapping of the transport-segment DNA by the ATPase domains of a type II topoisomerase.
著者: Laponogov, I. / Pan, X.S. / Veselkov, D.A. / Skamrova, G.B. / Umrekar, T.R. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
履歴
登録2016年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit B
B: DNA topoisomerase 4 subunit B
C: DNA topoisomerase 4 subunit B
D: DNA topoisomerase 4 subunit B
E: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,31615
ポリマ－188,6876
非ポリマー2,6289
水00
1
A: DNA topoisomerase 4 subunit B
B: DNA topoisomerase 4 subunit B
E: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1909
ポリマ－98,6234
非ポリマー1,5675
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11080 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area34500 Å2
手法PISA
2
C: DNA topoisomerase 4 subunit B
D: DNA topoisomerase 4 subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1266
ポリマ－90,0652
非ポリマー1,0614
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7250 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area30240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.950, 72.740, 222.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
DNA topoisomerase 4 subunit B / Topoisomerase IV subunit B


分子量: 45032.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: parE, SP_0852 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59961, EC: 5.99.1.3
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*C)-3')


分子量: 4278.815 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 5 mM MgCl2, 50 mM HEPES, 25% PEG MME 550 / PH範囲: 7 / Temp details: Incubator

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→60.759 Å / Num. obs: 48001 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 3.31 % / CC1/2: 0.9745 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 2.5
反射 シェル解像度: 2.83→2.92 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: derived from 1EI1

1ei1


解像度: 2.83→60.759 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.71
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 2338 4.87 %RANDOM
Rwork0.1837 ---
obs0.1876 48001 99.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→60.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11393 568 151 0 12112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02612452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.3317107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1487151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1111993
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0122135
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.83-2.88780.40791190.30552701X-RAY DIFFRACTION100
2.8878-2.95060.37381250.27882629X-RAY DIFFRACTION100
2.9506-3.01920.36521180.25542734X-RAY DIFFRACTION100
3.0192-3.09470.31681390.2482618X-RAY DIFFRACTION100
3.0947-3.17840.36231460.23832674X-RAY DIFFRACTION100
3.1784-3.27190.32811600.23912672X-RAY DIFFRACTION100
3.2719-3.37750.29791190.2272668X-RAY DIFFRACTION100
3.3775-3.49820.30951470.20852682X-RAY DIFFRACTION100
3.4982-3.63830.28691210.19122707X-RAY DIFFRACTION100
3.6383-3.80380.29411470.18232695X-RAY DIFFRACTION100
3.8038-4.00430.23441810.17242621X-RAY DIFFRACTION100
4.0043-4.25510.26011210.14742707X-RAY DIFFRACTION100
4.2551-4.58360.23411280.13862690X-RAY DIFFRACTION100
4.5836-5.04460.18881400.13582681X-RAY DIFFRACTION100
5.0446-5.77410.21371290.16132695X-RAY DIFFRACTION100
5.7741-7.27290.28381330.19132747X-RAY DIFFRACTION99
7.2729-60.77250.2321650.17322742X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.88850.37360.2506-0.0996-0.15250.1640.0404-0.05310.89880.2192-0.0910.2736-0.0229-0.2030.12230.5628-0.11690.08080.3861-0.04770.7102-12.83829.480982.4841
22.15940.6815-0.22033.947-1.0773.6363-0.13780.10970.23430.3772-0.1134-0.533-0.49730.46260.20250.3548-0.1289-0.09790.408-0.02080.50998.93158.109780.0151
32.62731.0839-0.71963.6279-0.70511.6059-0.0293-0.07790.58660.0110.0924-0.3021-0.4030.3396-0.04470.3882-0.1262-0.02510.4085-0.01120.59453.29611.679579.995
46.62390.78510.95957.9923.35757.2467-0.0592-0.9058-0.42460.38-0.4312-0.6649-0.41450.55950.27590.4343-0.1458-0.11780.496-0.01690.59349.4809-3.576392.4595
56.9424-3.0421-0.10127.2985-2.3626.63081.0958-1.28080.02110.7392-0.573-1.71290.78550.3827-0.33140.6901-0.0821-0.24510.54-0.01810.7378.8265-21.083791.3109
62.9278-0.3378-0.70726.0852-1.57731.3407-0.05910.0938-0.50970.22880.12880.05740.3347-0.1204-0.03710.4219-0.0105-0.02720.3419-0.06060.4381-4.274-26.866683.0729
74.662-3.05372.6249.8041-7.84886.89450.3612-0.0863-0.3419-0.04520.24910.68020.2736-0.4795-0.48960.3487-0.0883-0.00910.285-0.03370.3624-5.3149-11.370276.6576
83.70172.73121.11587.3019-6.20429.8456-0.29210.6562-0.9008-2.0825-0.0426-1.43592.09610.34910.16020.6716-0.0182-0.02790.5837-0.07520.2629-0.3017-29.78575.3676
98.3812-1.6938-6.51412.96810.92488.0591-0.6432-0.0419-1.85090.61040.15360.20520.8048-0.84990.40580.7832-0.13140.04020.57250.23280.6428-12.8064-36.856595.6674
108.4762-0.3895-2.72962.8533-0.7386.26241.3835-0.64820.41170.9112-1.2071-1.2101-0.2579-0.2757-0.43090.3838-0.12640.03210.4284-0.05840.42571.12274.312375.4408
116.1267-0.34691.26272.9571.00240.1419-0.07490.14410.3418-0.2348-0.00870.0307-0.1840.25320.05290.3711-0.00730.08520.39230.11680.518-14.76121.269370.1561
122.51852.1618-1.26617.0394-0.0343.150.22810.2651.185-0.00790.09860.4544-0.5148-0.3919-0.34710.36810.0768-0.01990.44180.12480.8002-35.78557.627769.1687
133.1919-0.088-0.76643.03291.20494.31030.10640.27480.6772-0.23270.00120.4828-0.3675-0.2325-0.08770.3299-0.0404-0.00940.33610.14290.5505-29.56677.453566.7194
144.3535-0.953-4.03683.4655-1.60029.7273-0.0626-0.0447-0.32120.2289-0.11570.96270.1934-0.29580.11680.3565-0.12730.02660.38140.03110.6647-40.26-8.202474.8421
158.08552.0957-0.50726.8378-5.23274.11740.1265-0.4191-0.3268-0.56670.19450.31361.0991-0.9123-0.26860.8089-0.19760.27520.646-0.01370.6406-43.4109-12.695891.6214
161.16570.07580.81124.669-4.36785.21530.313-0.9291-0.02930.58330.11990.601-0.02690.0619-0.36670.657-0.06810.28630.8108-0.01980.5122-30.9893-9.6419101.9268
175.0493.1836-3.2726.5697-2.81287.4790.2663-0.58420.1067-0.1824-0.1625-1.3814-1.02470.5782-0.14670.4416-0.09440.08190.4312-0.06520.6507-25.73911.3790.4274
185.18651.4371-2.63414.3305-5.18966.6948-1.1154-1.48860.53871.69110.4475-0.0146-1.8662-0.25870.05250.869-0.09120.27941.0801-0.26630.6376-33.8386-2.6788106.1884
191.263-1.23050.97874.6809-0.2850.6617-0.1209-1.08030.1921-0.06470.2895-0.69210.1049-0.01660.0310.7366-0.1950.09010.84350.03040.4741-25.7437-25.9596108.2236
209.5089-0.9445-6.74742.01541.69725.33140.3247-1.0433-0.15150.22630.89761.6869-0.6478-1.1694-1.21150.30820.04260.05340.61950.0710.6001-28.31078.958975.4999
213.4692-1.3013-0.21363.3562-0.17121.7808-0.16940.31890.4645-0.29570.24970.0606-0.4927-0.2591-0.12840.70880.0474-0.30830.51260.03161.1173-4.7613-3.473625.2272
223.55770.3310.48234.94941.60174.55120.3456-0.7585-1.2344-0.20780.08191.99680.3759-0.8745-0.30020.6057-0.0427-0.17650.68090.27211.7969-14.1289-17.15838.3855
234.8733-0.3890.94362.2049-0.59673.3652-0.2716-0.5407-0.3063-0.06580.31790.9832-0.0688-0.8378-0.0960.56530.124-0.12840.67650.17841.2997-14.194-11.83834.0352
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397.4123-1.78920.8666.66312.45931.2394-0.4450.82320.476-1.86361.2362-1.271.1847-0.2483-0.64431.27230.0510.35131.44630.04490.780131.9487-21.37856.155
406.8551-0.1234-0.44363.9137-3.41434.58471.3260.91220.77852.6708-0.21350.5521-1.78430.0432-1.12521.07030.03860.02660.59160.11261.26132.844812.523322.8538
414.34220.40923.23846.73340.63825.83142.37661.5438-1.7618-1.7463-0.5876-1.05970.4868-1.0949-2.17012.6380.442-0.47362.3319-0.1451.6902-22.8622-25.843782.6756
423.087-0.85524.50484.75440.32716.66131.6655-0.1261-0.5671-0.3721-0.8135-0.67731.1993-0.8125-1.08531.6141-0.0558-0.08612.71790.3322.8219-22.9828-24.188180.9555
434.59-3.45180.87182.5924-0.63961.37620.3810.14140.1758-0.04350.10730.4634-0.1252-0.6775-0.38231.9744-0.031-0.80672.431.62783.337-21.1733-18.433794.7202
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 93 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 94 through 189 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 190 through 222 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 223 through 245 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 246 through 323 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 324 through 349 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 350 through 371 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 372 through 400 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 800 or resid 901)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 5 through 57 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 58 through 93 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 94 through 189 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 190 through 222 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 223 through 245 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 246 through 323 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 324 through 349 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 350 through 371 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 372 through 400 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 800 or resid 901)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 6 through 57 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 58 through 93 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 94 through 189 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 190 through 222 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 223 through 245 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 246 through 323 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 324 through 349 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 350 through 371 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 372 through 399 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and resid 800:901
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 6 through 57 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 58 through 93 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 94 through 189 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 190 through 222 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 223 through 245 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 246 through 323 )
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38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 350 through 371 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'D' and (resid 372 through 399 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'D' and resid 800:901
41X-RAY DIFFRACTION41chain E
42X-RAY DIFFRACTION42chain F
43X-RAY DIFFRACTION43chain A and resid 0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る