PDB-5j5p: AMP-PNP-stabilized ATPase domain of topoisomerase IV from Strepto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j5p

タイトル

AMP-PNP-stabilized ATPase domain of topoisomerase IV from Streptococcus pneumoniae, complex type I

要素

DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
DNA topoisomerase 4 subunit B

キーワード

ISOMERASE/DNA / Streptococcus PNEUMONIAE / TOPOISOMERASE IV / DNA BINDING / ISOMERASE / ISOMERASE-DNA COMPLEX / ATPase domain / T-segment

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Skamrova, G. / Umrekar, T. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Trapping of the transport-segment DNA by the ATPase domains of a type II topoisomerase.
著者: Laponogov, I. / Pan, X.S. / Veselkov, D.A. / Skamrova, G.B. / Umrekar, T.R. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.

履歴

登録	2016年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j5p.cif.gz	367 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j5p.ent.gz	294.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j5p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5j5p_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j5p_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5j5p_validation.xml.gz	39.4 KB	表示
CIF形式データ	5j5p_validation.cif.gz	60.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/5j5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/5j5p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5j5qC 1ei1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5j5q-1 3zkb-4 3zkb-3 1s16-d 4pbq-d 3oza-1 3zkb-5 3zkb-8 3zkb-2 4v4d-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (15)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (2)
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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (3)
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Hsp90 (Hsp90)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
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リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
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解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA topoisomerase 4 subunit B

B: DNA topoisomerase 4 subunit B

C: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')

D: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')

E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')

F: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')

ヘテロ分子

98.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.440, 136.460, 136.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	DNA topoisomerase 4 subunit B / Topoisomerase IV subunit B 分子量: 45032.457 Da / 分子数: 2 / 断片: ATPase N-terminal domain, residues 1-402 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: parE, SP_0852 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59961, EC: 5.99.1.3
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(GPCPGPCPGPC)-3') 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 832分子

#3: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 824 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.7 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M KCl, 10 mM MgCl2, 50 mM Tris-Cl, 30% PEG 400. / Temp details: Incubator

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.91915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→45.177 Å / Num. obs: 88222 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 6.68 % / CC_1/2: 0.9904 / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: derived from 1EI1

1ei1

解像度: 1.97→45.177 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.174	4405	4.99 %
R_work	0.1505	-	-
obs	0.1516	88222	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→45.177 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6005	480	68	824	7377

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	6771
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.211	9294
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.361	2470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.415	1059
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1123

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-1.9924	0.2166	152	0.1926	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9924-2.0158	0.1906	154	0.1783	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0158-2.0404	0.1834	152	0.1663	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0404-2.0662	0.2002	161	0.1624	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0662-2.0934	0.2055	161	0.1677	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0934-2.1221	0.1984	158	0.1629	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1221-2.1524	0.187	143	0.1658	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1524-2.1846	0.1845	141	0.1605	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1846-2.2187	0.1651	114	0.159	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2187-2.2551	0.1988	128	0.1509	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2551-2.2939	0.1653	143	0.1509	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2939-2.3357	0.2042	124	0.152	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3357-2.3806	0.1903	156	0.1521	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3806-2.4292	0.1747	150	0.1514	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4292-2.482	0.1891	137	0.1458	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.482-2.5397	0.1944	170	0.1501	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5397-2.6032	0.1725	148	0.151	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6032-2.6736	0.1786	148	0.16	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6736-2.7523	0.1875	142	0.1574	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7523-2.8411	0.1839	147	0.1535	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8411-2.9426	0.1855	168	0.1577	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9426-3.0604	0.1893	153	0.1669	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0604-3.1996	0.1649	146	0.1604	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1996-3.3683	0.1836	144	0.1591	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3683-3.5792	0.1651	121	0.1441	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5792-3.8555	0.1513	167	0.1353	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8555-4.2432	0.1475	126	0.1188	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2432-4.8566	0.1076	138	0.1208	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8566-6.1164	0.1568	139	0.1502	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1164-45.1886	0.2025	174	0.1647	2953	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9751	0.1177	1.1593	0.135	0.5247	2.4576	-0.0183	-0.1098	0.0082	0.0118	0.0225	0.0773	0.0293	-0.3457	0.0022	0.1586	0.0151	0.0268	0.18	0.0353	0.1886	29.6902	28.88	-13.1403
2	2.2511	-0.1528	0.2629	2.6443	-0.4817	1.5292	0.0577	-0.2843	0.563	0.1771	-0.0916	0.4721	-0.3688	-0.0348	0.0377	0.2181	0.07	0.0031	0.1207	-0.047	0.2792	38.2645	41.4453	3.1692
3	1.9632	-0.359	0.1254	1.1763	-0.2798	2.2698	-0.046	-0.166	0.3041	0.1401	0.0451	0.0456	-0.2782	-0.2242	-0.012	0.1586	0.0548	0.0004	0.1404	-0.0212	0.1698	33.2253	39.5395	-0.6356
4	8.3986	4.023	-4.2438	4.6215	-2.111	6.0345	0.0863	-0.087	0.1247	0.013	0.0064	-0.0346	-0.0357	0.3309	-0.0855	0.1211	0.0665	-0.008	0.1214	0.0148	0.1081	48.7498	28.6872	7.3699
5	3.3892	-4.3386	-1.8687	6.6606	1.5011	1.837	-0.3257	-0.5645	0.0361	0.7465	0.351	-0.1165	0.5749	1.0507	-0.0484	0.2724	0.1254	-0.002	0.4358	-0.0025	0.2118	64.963	25.8413	1.5987
6	5.9874	-2.6568	-2.1731	1.5976	1.1492	0.7513	-0.2234	0.0567	-0.1248	0.0182	0.1449	0.0271	0.0247	0.0994	0.0516	0.1455	-0.001	-0.0112	0.2506	-0.0103	0.1558	67.0136	24.6634	-14.5679
7	7.2887	-3.2361	2.5116	4.2062	-1.9516	4.1303	-0.0427	0.3203	-0.0223	-0.1087	-0.0197	0.1173	-0.1333	0.1891	0.059	0.1463	0.0053	0.0435	0.1559	-0.0089	0.112	51.833	33.2402	-14.7839
8	7.1886	-5.1454	4.1401	4.8394	-3.2343	4.0907	0.0326	0.8219	0.5821	0.0071	-0.0714	-0.3615	-0.1953	0.2385	0.0021	0.1697	-0.0367	0.0409	0.3297	0.0335	0.1987	70.9183	32.8267	-16.5336
9	4.7757	5.5959	3.9798	9.6994	6.2944	6.4343	0.0965	-0.1078	-0.5046	0.2803	-0.0868	-0.3385	0.5316	-0.1592	-0.0039	0.171	-0.0291	0.0361	0.2727	-0.0095	0.2436	73.7422	8.5522	-16.161
10	1.6359	1.8497	0.1336	6.8881	4.5661	5.1757	-0.4715	0.052	0.0144	0.4201	0.2685	0.2546	0.1277	0.2316	0.1554	0.1508	0.0403	0.0237	0.1245	0.0359	0.1836	39.3522	41.1369	-6.7566
11	0.7307	0.402	0.8151	1.4253	1.1072	2.3816	-0.0505	0.0332	0.1822	0.0152	0.0082	-0.0178	-0.2905	0.0801	0.0363	0.1722	0.0121	0.0119	0.165	0.0491	0.2014	37.7915	36.6952	-22.6032
12	2.9086	-0.5014	-0.5382	2.0769	0.1038	1.5459	-0.0385	0.1417	0.0653	-0.0087	0.0421	0.0723	-0.0361	-0.2035	-0.0017	0.1207	0.032	-0.0252	0.1826	0.0565	0.125	25.7107	27.6249	-39.018
13	0.9921	-0.1392	0.4678	1.1214	0.1537	2.0103	-0.0729	0.0593	0.0592	-0.0981	0.0603	0.0817	-0.1561	-0.1417	0.0152	0.1271	0.0243	0.0162	0.1436	0.0406	0.1451	27.4621	32.8872	-35.3458
14	5.6915	2.9465	-2.3587	7.7204	-2.5344	6.3343	-0.0555	0.0972	-0.0706	-0.1018	0.0734	0.0802	0.4146	-0.0779	-0.019	0.1183	0.0647	0.0231	0.1334	0.0235	0.1193	38.6	17.1155	-42.6592
15	7.3887	-4.1761	1.0012	3.3015	-1.6212	1.3879	0.3668	0.7454	-0.0773	-0.5519	-0.2564	0.0231	1.3516	0.6974	-0.1271	0.5284	0.1707	0.0251	0.348	0.006	0.2288	41.6174	0.8096	-36.1492
16	1.6362	-2.8032	1.4681	6.0051	-3.1914	1.2326	0.0963	0.0386	-0.0041	-0.0346	-0.1497	-0.1118	0.1495	0.0043	0.0411	0.2559	0.0131	-0.0056	0.1644	-0.0051	0.1657	41.4984	-0.5766	-19.524
17	3.0909	-3.2664	-0.8597	6.8199	1.5981	3.0449	-0.0894	-0.099	0.0143	0.2435	0.0107	-0.1482	0.1918	0.0194	0.0814	0.1676	0.0189	-0.0054	0.152	0.057	0.1169	33.3392	14.6526	-20.346
18	5.5441	-4.9086	-2.9721	4.2798	2.9698	2.7278	-0.067	-0.0916	-0.4313	0.4853	0.1997	0.7577	0.0397	-0.1606	-0.1385	0.3512	0.0021	0.0012	0.182	0.0643	0.2515	33.6066	-4.132	-17.7984
19	9.5967	5.1517	6.4909	4.7012	3.947	7.5485	0.0723	0.0376	-0.2391	-0.0004	0.012	-0.3937	-0.0773	0.3229	-0.1118	0.2354	-0.0083	0.0021	0.152	0.0134	0.2357	57.4331	-7.3838	-17.244
20	3.1696	1.7145	3.2594	1.4165	1.8826	3.5693	0.0953	0.1577	0.0307	0.1668	-0.2498	0.1285	0.1924	-0.0443	0.1357	0.1137	0.0099	0.0307	0.1887	0.0691	0.2105	25.7322	26.8426	-29.0358
21	2.2767	3.2424	-0.9603	5.0832	-3.2118	8.4942	-0.0575	-0.5095	0.6335	-0.5628	-0.3851	0.2545	-0.8231	0.7859	0.5293	0.7745	-0.0733	0.0182	0.3712	-0.0109	0.5701	45.293	7.119	-7.7122
22	3.0214	1.1693	-3.3782	9.7248	2.4685	9.317	-1.0416	-0.2863	0.0442	0.2334	0.1721	0.4261	-0.5676	0.6241	0.837	0.8146	0.0309	-0.0354	0.5285	0.0411	0.5077	44.9936	8.004	-1.0954
23	2.635	1.6149	1.2126	8.6747	1.2333	8.5107	-0.2954	-0.4864	0.9485	-0.3472	-0.381	0.783	0.6614	-0.3554	0.7041	0.3809	-0.0671	-0.0195	0.869	0.0108	0.6978	59.8591	20.7544	-26.6894
24	9.4686	0.9957	1.7984	2.5441	-4.0354	9.147	0.1211	-0.0665	0.6475	0.119	-1.1765	-0.153	0.5877	1.0336	0.9469	0.842	-0.0478	-0.0611	1.1224	0.0496	0.5565	59.1683	20.9328	-33.4301

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 57 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 93 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 94 through 189 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 190 through 222 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 223 through 245 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 246 through 323 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 324 through 349 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 350 through 371 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 372 through 400 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and resid 800
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 5 through 57 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 58 through 93 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 94 through 189 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 190 through 222 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 223 through 245 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 246 through 323 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 324 through 349 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 350 through 371 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 372 through 400 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and resid 800
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C'
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D'
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E'
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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