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- PDB-5j54: The Structure and Mechanism of NOV1, a Resveratrol-Cleaving Dioxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j54
タイトルThe Structure and Mechanism of NOV1, a Resveratrol-Cleaving Dioxygenase
要素Carotenoid oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / Resveratrol / Stilbene / Carotenoid / beta-propeller / metalloprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OXYGEN MOLECULE / RESVERATROL / Dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者McAndrew, R.P. / Pereira, J.H. / Sathitsuksanoh, N. / Sale, K.L. / Simmons, B.A. / Adams, P.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-07ER64495 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Structure and mechanism of NOV1, a resveratrol-cleaving dioxygenase.
著者: McAndrew, R.P. / Sathitsuksanoh, N. / Mbughuni, M.M. / Heins, R.A. / Pereira, J.H. / George, A. / Sale, K.L. / Fox, B.G. / Simmons, B.A. / Adams, P.D.
履歴
登録2016年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carotenoid oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8014
ポリマ－55,4841
非ポリマー3163
水6,269348
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.569, 100.143, 145.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-924-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Carotenoid oxygenase


分子量: 55484.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (strain DSM 12444 / F199) (バクテリア)
株: DSM 12444 / F199 / 遺伝子: Saro_0802 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2GA76
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 化合物 ChemComp-STL / RESVERATROL / レスベラト-ル


分子量: 228.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.16 M MgCl2, 0.08 M Tris pH 8.5, 18% (w/v) PEG 4000, and 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 54816 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 24.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / % possible all: 71.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2276精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J53

5j53


解像度: 1.89→49.84 Å / SU ML: 0.1818 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.338 / 位相誤差: 19.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1802 2004 3.65586690018 %
Rwork0.1485 --
obs0.1496 54816 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→49.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3807 0 20 348 4175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123954
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9975358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.22304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.93730.31250.3053581X-RAY DIFFRACTION96.18
1.9373-1.98960.2511440.223759X-RAY DIFFRACTION99.97
1.9896-2.04820.2871470.23730X-RAY DIFFRACTION99.92
2.0482-2.11430.2391380.183741X-RAY DIFFRACTION100
2.1143-2.18990.2191460.1563748X-RAY DIFFRACTION100
2.1899-2.27760.1861450.1593777X-RAY DIFFRACTION100
2.2776-2.38120.1811380.1423745X-RAY DIFFRACTION99.94
2.3812-2.50670.1641470.1433763X-RAY DIFFRACTION100
2.5067-2.66380.2021480.1443749X-RAY DIFFRACTION100
2.6638-2.86940.1741420.1423796X-RAY DIFFRACTION100
2.8694-3.15820.1671450.1433780X-RAY DIFFRACTION100
3.1582-3.61510.1711440.1323813X-RAY DIFFRACTION100
3.6151-4.55410.1261450.1173854X-RAY DIFFRACTION99.97
4.5541-49.85450.1741500.1463976X-RAY DIFFRACTION99.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16573499339-0.1834341736680.2614899972482.47500812505-0.2743047939112.530695746920.06302311231880.02631417464840.1044808697080.0957392221119-0.01336217326660.326210353175-0.286329751029-0.19704138315-0.01898185513050.1880732324520.03140276317930.01960422623540.264734272772-0.002034724503540.218611714563-26.59910356943.63541904843-7.52095286248
20.786627600442-0.0826516299653-0.2736497917612.24339264308-0.3247716284122.361247633220.03557201940520.03900251180970.0386430852564-0.09306248975190.0169820897576-0.0927687648448-0.09171470265060.0898457517683-0.04884594252070.136518821188-0.00488193690534-0.004191085035970.183589442551-0.002038118830290.176063075013-17.0079488687-1.67606778027-15.253823962
31.14623795267-0.24958629820.3122519742741.856716527760.1003322901372.777171918790.0473639088890.194486005806-0.0590815548493-0.382410003677-0.00588855139134-0.268918948-0.1141509013530.350568710925-0.05480538859310.2364440229530.02983911997870.06483507401180.295979165628-0.01669931621950.256988525529-11.1009818958-8.93726947734-29.3695758596
40.8690290181810.476318747950.1451581711042.240055957470.5873974734272.174624404840.02756929071070.235789654473-0.0589955544374-0.503779574906-0.0269444413952-0.00190194874829-0.1978735645180.09856037451460.007182537951610.3252568919370.07359688603290.00666319730560.259121968156-0.03440380258120.19310436078-20.7747919922-11.9055172026-37.4984945425
51.13137477682-0.2129456800310.06287109802484.44502223522-0.1802088266521.697917547430.09138657133680.1009837559830.100551479774-0.334546288927-0.1096543879150.695816670432-0.30158984615-0.4659853234070.04299191640330.3264943385270.143238124538-0.07786262090160.31936974472-0.07330754220560.334740716266-36.3644778457-8.77538798161-32.1320481046
60.9949330724760.0661568286599-0.1197530591521.521265084230.8159681301674.310226195370.04584983504040.0753108532412-0.0699735322657-0.195627561428-0.1398568249680.1485127023630.272377646524-0.2354211872850.07679263234470.2536180712440.0198375747796-0.04690576676730.195443011874-0.05260168451520.25619779284-29.7636454542-23.209745192-29.7014255875
75.26077330639-2.45024735367-1.734266446895.84482952792.736334612734.881827895390.1174270410730.273696832698-0.140174036426-0.130058864023-0.3813546708170.615399251160.111825454996-0.8525910253740.1591471831270.176822850141-0.0491436260623-0.03558715773090.364829090936-0.07443521546010.333925336952-39.9134631105-19.2434571304-16.7217593889
81.471633816240.248001633630.3259340974643.194989746980.8041905978893.216505954880.120432300342-0.0509694606784-0.2355732838620.253247663817-0.1418484007870.0006003654510810.497894255132-0.2302622967320.0345020322950.201136095436-0.05574808440250.007056137405060.18045940470.006249590346070.216244664954-29.349012734-20.677190058-11.1038086539
91.561791750170.3834400489690.3990083512012.628075648160.4570379469572.97187601760.0770982389471-0.0676577031-0.1904508904330.217960192355-0.1288639794790.1247487040970.180006631785-0.1569057325220.05592885953270.210774783306-0.02347767297690.0124093933920.1907870502470.01031450965190.209745796422-26.2913720464-14.416664943-7.00728675308
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 148 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 149 through 190 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 191 through 293 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 294 through 325 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 326 through 373 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 374 through 404 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 405 through 441 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 442 through 488 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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