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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5j54 | |||||||||
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タイトル | The Structure and Mechanism of NOV1, a Resveratrol-Cleaving Dioxygenase | |||||||||
要素 | Carotenoid oxygenase | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / Resveratrol / Stilbene / Carotenoid / beta-propeller / metalloprotein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å | |||||||||
データ登録者 | McAndrew, R.P. / Pereira, J.H. / Sathitsuksanoh, N. / Sale, K.L. / Simmons, B.A. / Adams, P.D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016 タイトル: Structure and mechanism of NOV1, a resveratrol-cleaving dioxygenase. 著者: McAndrew, R.P. / Sathitsuksanoh, N. / Mbughuni, M.M. / Heins, R.A. / Pereira, J.H. / George, A. / Sale, K.L. / Fox, B.G. / Simmons, B.A. / Adams, P.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5j54.cif.gz | 350.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5j54.ent.gz | 238.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5j54.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/5j54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/5j54 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55484.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (strain DSM 12444 / F199) (バクテリア) 株: DSM 12444 / F199 / 遺伝子: Saro_0802 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2GA76 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-OXY / |
#4: 化合物 | ChemComp-STL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.99 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.16 M MgCl2, 0.08 M Tris pH 8.5, 18% (w/v) PEG 4000, and 20% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 54816 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 24.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.94 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / % possible all: 71.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5J53 解像度: 1.89→49.84 Å / SU ML: 0.1818 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.338 / 位相誤差: 19.48
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→49.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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