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- PDB-5j41: Glutathione S-transferase bound with hydrolyzed Piperlongumine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j41
タイトルGlutathione S-transferase bound with hydrolyzed Piperlongumine
要素Glutathione S-transferase P
キーワードtransferase/transferase inhibitor / GSTP1 / Piperlongumine / glutathione / transferase / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / glutathione derivative biosynthetic process / hepoxilin biosynthetic process ...S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / glutathione derivative biosynthetic process / hepoxilin biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / negative regulation of JUN kinase activity / nitric oxide binding / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / JUN kinase binding / Paracetamol ADME / glutathione peroxidase activity / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of MAPK cascade / regulation of stress-activated MAPK cascade / prostaglandin metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of acute inflammatory response / glutathione transferase / negative regulation of tumor necrosis factor production / glutathione transferase activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of MAP kinase activity / central nervous system development / fatty acid binding / response to reactive oxygen species / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to lipopolysaccharide / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Pi class / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like ...Glutathione S-transferase, Pi class / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)propanoic acid / GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase P
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19035345576 Å
データ登録者Harshbarger, W. / Gondi, S. / Ficarro, S. / Hunter, J. / Udayakumar, D. / Gurbani, D. / Marto, J. / Westover, K.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural and Biochemical Analyses Reveal the Mechanism of Glutathione S-Transferase Pi 1 Inhibition by the Anti-cancer Compound Piperlongumine.
著者: Harshbarger, W. / Gondi, S. / Ficarro, S.B. / Hunter, J. / Udayakumar, D. / Gurbani, D. / Singer, W.D. / Liu, Y. / Li, L. / Marto, J.A. / Westover, K.D.
履歴
登録2016年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22017年1月18日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase P
B: Glutathione S-transferase P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9798
ポリマ－46,4932
非ポリマー1,4866
水13,115728
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.495, 89.458, 69.001
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.235, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-557-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.929928541027, 0.145568034247, 0.337702318601), (0.147084827962, -0.988895778486, 0.0212412964925), (0.337044451024, 0.0299179995768, -0.941013257789)ベクター: -30. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.929928541027, 0.145568034247, 0.337702318601), (0.147084827962, -0.988895778486, 0.0212412964925), (0.337044451024, 0.0299179995768, -0.941013257789)
ベクター: -30.0972316704, 22.2286367967, 162.479144875)

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase P / GST class-pi / GSTP1-1


分子量: 23246.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTP1, FAEES3, GST3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09211, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-3LF / 3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)propanoic acid / 3-(3,4,5-トリメトキシフェニル)プロピオン酸


分子量: 240.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16O5
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 728 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 100mM MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→50 Å / Num. obs: 152714 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 9.69108304655 Å2 / Net I/σ(I): 24.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GUS

3gus


解像度: 1.19035345576→22.4017586458 Å / SU ML: 0.102037305567 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35952612655 / 位相誤差: 16.8028892625
Rfactor反射数%反射
Rfree0.185671458122 1998 1.33953712891 %
Rwork0.16339530549 --
obs0.1636933887 149156 99.2586677314 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 14.8567376399 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.19035345576→22.4017586458 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3269 0 98 728 4095
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008660908448243463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.085435870394699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0795922585336518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00629484025119606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9568539231309
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1904-1.22010.2101221429091300.2233323992129537X-RAY DIFFRACTION90.9321794751
1.2201-1.25310.2401649811951420.20167306369610464X-RAY DIFFRACTION99.0474411655
1.2531-1.290.1891158132121430.18458640825610558X-RAY DIFFRACTION99.962634283
1.29-1.33160.2015601782081440.17472807289810565X-RAY DIFFRACTION100
1.3316-1.37920.1944064649281450.16964950393110622X-RAY DIFFRACTION100
1.3792-1.43440.1836355733211420.1674797480910501X-RAY DIFFRACTION100
1.4344-1.49970.1638336052771440.15660899609410563X-RAY DIFFRACTION100
1.4997-1.57870.155105129371440.15131458206910586X-RAY DIFFRACTION100
1.5787-1.67760.1617163730891420.15185055863310558X-RAY DIFFRACTION99.9719704756
1.6776-1.80710.1729242644171450.15544683173810647X-RAY DIFFRACTION99.9814711877
1.8071-1.98880.1689344781691440.16225229269210605X-RAY DIFFRACTION99.9813970793
1.9888-2.27640.1661258173351440.16145797519110578X-RAY DIFFRACTION99.9906742516
2.2764-2.86710.2025569139321440.17045219581110654X-RAY DIFFRACTION100
2.8671-22.40570.1983493558041450.15376615352210720X-RAY DIFFRACTION99.6697550683

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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