PDB-5j1k: Crystal structure of Csd2-Csd2 dimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j1k

タイトル

Crystal structure of Csd2-Csd2 dimer

要素

ToxR-activated gene (TagE)

キーワード

HYDROLASE / M23B family metallopeptidase / Homodimer

機能・相同性

Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / septum digestion after cytokinesis / cell division site / cell outer membrane / metalloendopeptidase activity / ToxR-activated gene (TagE)

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

An, D.R. / Suh, S.W.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of the Heterodimer Formation between Cell Shape-Determining Proteins Csd1 and Csd2 from Helicobacter pylori
著者: An, D.R. / Im, H.N. / Jang, J.Y. / Kim, H.S. / Kim, J. / Yoon, H.J. / Hesek, D. / Lee, M. / Mobashery, S. / Kim, S.J. / Suh, S.W.

履歴

登録	2016年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j1k.cif.gz	53.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j1k.ent.gz	37.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5j1k_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j1k_full_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示
XML形式データ	5j1k_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	5j1k_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/5j1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/5j1k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j1lC 5j1mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ma8-1 3ogo-3 5mad-4 2hy7-d 4br4-d 6ea9-2 2a7w-3 5u7v-d 5mad-2 3aar-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ToxR-activated gene (TagE)

ヘテロ分子

24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ToxR-activated gene (TagE)

ヘテロ分子

A: ToxR-activated gene (TagE)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.772, 140.772, 40.244
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	ToxR-activated gene (TagE) 分子量: 24458.762 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 125-308 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: HP_1544 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O26069
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HEPES, Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50.01 Å / Num. obs: 22028 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 16.4 % / Net I/σ(I): 47.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 17 % / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.81→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 2.114 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21822	1130	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18057	-	-	-
obs	0.18249	20898	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.801 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0.04 Å²	0 Å²
2-	-	0.08 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.81→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1457	0	12	97	1566

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.946	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.928	3	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.577	5	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.417	25.211	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.32	15	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.463	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.48	1.959	727
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.474	1.951	726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.363	2.917	907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.363	2.927	908
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.472	2.475	777
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.469	2.475	777
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.062	3.564	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.825	16.926	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.825	16.928	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.807→1.853 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.213	77	-
R_work	0.2	1485	-
obs	-	-	98.12 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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