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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5j14 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of endoglycoceramidase I from Rhodococ-cus equi in complex with GM3 | |||||||||
![]() | Putative secreted endoglycosylceramidase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() endoglycosylceramidase / endoglycosylceramidase activity / galactosylceramide catabolic process / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chen, L. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into the Broad Substrate Specificity of a Novel Endoglycoceramidase I Belonging to a New Subfamily of GH5 Glycosidases 著者: Han, Y.B. / Chen, L.Q. / Li, Z. / Tan, Y.M. / Feng, Y. / Yang, G.Y. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 202 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 53869.863 Da / 分子数: 2 / 変異: E347S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 103S / 遺伝子: REQ_38260 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: E4W8N9, UniProt: A0A3S5YBC7*PLUS |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose |
-非ポリマー , 3種, 711分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/18C.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/18C.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 800, sodium hydroxide, ammonium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.915→50 Å / Num. obs: 79432 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 11 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5CCU 解像度: 1.915→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.915→50 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9153→1.9838 Å /
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