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万見
- PDB-5j0n: Lambda excision HJ intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j0n
タイトルLambda excision HJ intermediate
要素
  • (Integration host factor subunit ...) x 2
  • Excisionase
  • Integrase
  • attB(-19 to +21)
  • attB(-21) to attP(+117)
  • attP(-117 to +79)
  • attP(-79) to attB(+19)
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE/DNA / bacteriophage lambda / excision / site-specific recombination / Holliday junction / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IHF-DNA complex / provirus excision / integrase activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / structural constituent of chromatin / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの ...IHF-DNA complex / provirus excision / integrase activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / structural constituent of chromatin / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / regulation of translation / chromosome / transferase activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / symbiont entry into host cell / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Excisionase-like / Integrase, lambda-type, N-terminal DNA-binding / Excisionase-like superfamily / Excisionase-like protein / Bacteriophage lambda integrase, Arm DNA-binding domain / Integration host factor, alpha subunit / Integration host factor, beta subunit / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / Core-binding (CB) domain ...Excisionase-like / Integrase, lambda-type, N-terminal DNA-binding / Excisionase-like superfamily / Excisionase-like protein / Bacteriophage lambda integrase, Arm DNA-binding domain / Integration host factor, alpha subunit / Integration host factor, beta subunit / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / Core-binding (CB) domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Core-binding (CB) domain profile. / Phage integrase family / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Integrase, catalytic domain / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Putative DNA-binding domain superfamily / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Integration host factor subunit alpha / Integration host factor subunit beta / Excisionase / Integrase / Integration host factor subunit alpha / Integration host factor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11 Å
データ登録者Van Duyne, G. / Grigorieff, N. / Landy, A.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structure of a Holliday junction complex reveals mechanisms governing a highly regulated DNA transaction.
著者: Gurunathan Laxmikanthan / Chen Xu / Axel F Brilot / David Warren / Lindsay Steele / Nicole Seah / Wenjun Tong / Nikolaus Grigorieff / Arthur Landy / Gregory D Van Duyne /
要旨: The molecular machinery responsible for DNA expression, recombination, and compaction has been difficult to visualize as functionally complete entities due to their combinatorial and structural ...The molecular machinery responsible for DNA expression, recombination, and compaction has been difficult to visualize as functionally complete entities due to their combinatorial and structural complexity. We report here the structure of the intact functional assembly responsible for regulating and executing a site-specific DNA recombination reaction. The assembly is a 240-bp Holliday junction (HJ) bound specifically by 11 protein subunits. This higher-order complex is a key intermediate in the tightly regulated pathway for the excision of bacteriophage λ viral DNA out of the E. coli host chromosome, an extensively studied paradigmatic model system for the regulated rearrangement of DNA. Our results provide a structural basis for pre-existing data describing the excisive and integrative recombination pathways, and they help explain their regulation.
履歴
登録2016年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: em_sample_support / em_software / Item: _em_sample_support.grid_type / _em_software.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3400
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: attP(-117 to +79)
B: attB(-21) to attP(+117)
C: attB(-19 to +21)
D: attP(-79) to attB(+19)
E: Integrase
F: Integrase
G: Integrase
H: Integrase
I: Integration host factor subunit alpha
J: Integration host factor subunit beta
K: Integration host factor subunit alpha
L: Integration host factor subunit beta
M: Excisionase
N: Excisionase
O: Excisionase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)372,04815
ポリマ－372,04815
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area76660 Å2
ΔGint-381 kcal/mol
Surface area166440 Å2

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要素

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DNA鎖 , 4種, 4分子 ABCD

#1: DNA鎖 attP(-117 to +79)


分子量: 60790.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 1
由来: (合成) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
#2: DNA鎖 attB(-21) to attP(+117)


分子量: 42883.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 1
由来: (合成) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
#3: DNA鎖 attB(-19 to +21)


分子量: 12607.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 1 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖 attP(-79) to attB(+19)


分子量: 30552.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 1
由来: (合成) Enterobacteria phage lambda (λファージ)

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タンパク質 , 2種, 7分子 EFGHMNO

#5: タンパク質
Integrase


分子量: 40373.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
遺伝子: int / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03700, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#8: タンパク質 Excisionase


分子量: 6793.799 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
遺伝子: xis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03699

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Integration host factor subunit ... , 2種, 4分子 IKJL

#6: タンパク質 Integration host factor subunit alpha / IHF-alpha


分子量: 10998.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ihfA, himA, ECS88_1763 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MAS3, UniProt: P0A6X7*PLUS
#7: タンパク質 Integration host factor subunit beta / IHF-beta


分子量: 10671.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ihfB, himD, ECS88_0940 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MHM1, UniProt: P0A6Y1*PLUS

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詳細

配列の詳細Chains F, G, and H include 20-residue linkers with essentially arbitrary conformations that were ...Chains F, G, and H include 20-residue linkers with essentially arbitrary conformations that were not determined experimentally. These linkers are retained in the model to aid in visualization of domain connectivity.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Lambda excision HJ intermediate / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110.0 mMTrisC4H11NO31
250.0 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was lightly crosslinked.
試料支持詳細: Glow discharge with EMITECH K100X / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 298 K
詳細: 10 second blot followed by plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II).

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 78000 X / 倍率（補正後）: 100000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4150 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / Calibrated defocus min: 1627 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4793 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
最高温度: 90 K / 最低温度: 90 K
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 35.5 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1359
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1e2boxerEMAN2粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND3CTF補正
9CNS1.3モデル精密化
10e2initialmodelEMAN2初期オイラー角割当
11FREALIGN9.11最終オイラー角割当
12FREALIGN9.11分類
13FREALIGN9.11３次元再構成
CTF補正詳細: Built-in correction in Frealign v9 / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 66033
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10956 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: MLHL / 詳細: Highly restrained DEN refinement in CNS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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