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- PDB-5izf: Complex of PKA with the bisubstrate protein kinase inhibitor ARC-1408 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5izf
タイトルComplex of PKA with the bisubstrate protein kinase inhibitor ARC-1408
要素
  • 6J9-ZEU-DAR-ACA-DAR-NH2
  • cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / inhibitor / bisubstrate / oligoarginine / PKA
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / channel activator activity / HDL assembly / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / mitochondrial protein catabolic process / nucleotide-activated protein kinase complex / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / high-density lipoprotein particle assembly ...PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / channel activator activity / HDL assembly / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / mitochondrial protein catabolic process / nucleotide-activated protein kinase complex / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / high-density lipoprotein particle assembly / Rap1 signalling / intracellular potassium ion homeostasis / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / cAMP-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / protein localization to lipid droplet / PKA activation / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of interleukin-2 production / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / Triglyceride catabolism / protein kinase A regulatory subunit binding / mesoderm formation / cAMP/PKA signal transduction / RET signaling / Regulation of MECP2 expression and activity / sperm flagellum / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PKA activation in glucagon signalling / plasma membrane raft / DARPP-32 events / regulation of cardiac conduction / regulation of macroautophagy / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / Hedgehog 'off' state / positive regulation of phagocytosis / Ion homeostasis / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of proteasomal protein catabolic process / cellular response to epinephrine stimulus / sperm midpiece / calcium channel complex / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of gluconeogenesis / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / CD209 (DC-SIGN) signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / positive regulation of calcium-mediated signaling / regulation of heart rate / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / Regulation of insulin secretion / neural tube closure / Degradation of GLI1 by the proteasome / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular response to glucose stimulus / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway / MAPK6/MAPK4 signaling / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / VEGFA-VEGFR2 Pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / GPER1 signaling / peptidyl-serine phosphorylation / manganese ion binding / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / cellular response to heat / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / postsynapse / protein kinase activity / regulation of cell cycle
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
polypeptide(D) / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Pflug, A. / Enkvist, E. / Uri, A. / Engh, R.A.
引用ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 2016
タイトル: Bifunctional Ligands for Inhibition of Tight-Binding Protein-Protein Interactions.
著者: Ivan, T. / Enkvist, E. / Viira, B. / Manoharan, G.B. / Raidaru, G. / Pflug, A. / Alam, K.A. / Zaccolo, M. / Engh, R.A. / Uri, A.
履歴
登録2016年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月10日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
E: 6J9-ZEU-DAR-ACA-DAR-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9926
ポリマ－41,6082
非ポリマー3844
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.150, 129.150, 89.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

SO4

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要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha


分子量: 40808.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKACA, PKACA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17612, cAMP-dependent protein kinase
#2: Polypeptide(D) 6J9-ZEU-DAR-ACA-DAR-NH2


分子量: 799.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M BisTris pH7.0, 0.2M amminium sulfate, 20%-24% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 26024 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 1.688

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CDK

1cdk


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 16.703 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.198 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1311 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.232 24712 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 63.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.18 Å21.09 Å20 Å2
2--2.18 Å20 Å2
3----7.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2851 0 20 44 2915
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192941
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.9843966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0715336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83424.043141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.29615516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6681515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2215.071358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1227.591690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3585.2721583
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.13841.7654197
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 107 -
Rwork0.411 1773 -
obs--97.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.021 Å / Origin y: 45.563 Å / Origin z: -2.962 Å
111213212223313233
T0.0277 Å2-0.0149 Å20.038 Å2-0.081 Å20.0083 Å2--0.1451 Å2
L0.516 °2-0.0805 °2-0.2717 °2-0.1621 °20.2054 °2--1.7955 °2
S-0.0947 Å °-0.0004 Å °-0.0586 Å °0.0191 Å °0.0086 Å °0.0838 Å °-0.0068 Å °0.1431 Å °0.086 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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