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- PDB-5iyv: Crystal structure of the Arabidopsis receptor kinase HAESA LRR ec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iyv
タイトルCrystal structure of the Arabidopsis receptor kinase HAESA LRR ectdomain in complex with the peptide hormone IDL1.
要素
  • Protein IDA-LIKE 1
  • Receptor-like protein kinase 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / membrane receptor kinase / peptide hormone receptor / signaling complex / plant development / organ shedding
機能・相同性
機能・相同性情報


lateral root morphogenesis / leaf abscission / floral organ abscission / pectin catabolic process / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / regulation of gene expression / defense response to Gram-negative bacterium / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase ...lateral root morphogenesis / leaf abscission / floral organ abscission / pectin catabolic process / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / regulation of gene expression / defense response to Gram-negative bacterium / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily ...: / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-like protein kinase 5 / Protein IDA-LIKE 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Santiago, J. / Hothorn, M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Mechanistic insight into a peptide hormone signaling complex mediating floral organ abscission.
著者: Santiago, J. / Brandt, B. / Wildhagen, M. / Hohmann, U. / Hothorn, L.A. / Butenko, M.A. / Hothorn, M.
履歴
登録2016年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-like protein kinase 5
B: Protein IDA-LIKE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,27310
ポリマ－68,5262
非ポリマー2,7488
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint30 kcal/mol
Surface area26070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.181, 150.181, 60.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Receptor-like protein kinase 5 / Protein HAESA


分子量: 67216.195 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain, residues 20-620 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組織: abscission zone / 遺伝子: RLK5, HAE, At4g28490, F21O9.180 / 器官: flowers / 細胞株 (発現宿主): BTI38 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P47735, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Protein IDA-LIKE 1


分子量: 1309.495 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 67-78 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q29PV4

-
糖 , 3種, 7分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 10分子

#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 22% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M citric acid pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→50 Å / Num. obs: 25124 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 25.97
反射 シェル解像度: 2.56→2.72 Å / 冗長度: 14.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5IXO

5ixo


解像度: 2.56→49.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 29.911 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.502 / ESU R Free: 0.27 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23107 1288 5.1 %RANDOM
Rwork0.19091 ---
obs0.19294 23835 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 89.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4 Å2-2 Å2-0 Å2
2---4 Å20 Å2
3---12.99 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.56→49.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4555 0 180 9 4744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4792.0396666
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.047310799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3065613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg45.18925.989187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60315804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.621515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2810
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02996
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2166.4932413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2166.4922412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3689.743015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3679.7413016
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3177.2532465
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3157.2542465
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.20910.773642
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.16463.74519683
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.16463.74619684
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.564→2.63 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 107 -
Rwork0.396 1685 -
obs--97.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7425-0.07211.06385.70931.57215.8724-0.2234-0.1680.835-0.0490.31110.7453-0.806-0.2356-0.08770.18510.12850.01490.14490.03310.2425-12.747686.4811-15.5683
22.1665-2.35780.89393.7723-0.84971.24570.19440.36810.0453-0.265-0.251-0.304-0.05820.10550.05660.05280.0198-0.01870.10880.00910.11737.506669.0545-13.6705
33.11020.3569-1.56922.4244-0.7844.91770.0419-0.598-0.21690.367-0.1126-0.4765-0.01160.20860.07060.1510.0161-0.15690.15910.09140.333717.137352.088411.9488
44.52932.59240.36211.92280.43111.58850.3495-1.10970.00540.6489-0.5427-0.04640.2694-0.48490.19320.5467-0.0941-0.08570.72120.15950.2895-1.522143.791926.2935
54.51562.32232.18074.75570.57152.24930.4777-0.9177-0.50660.5438-0.6090.09190.2769-0.32110.13120.4799-0.27390.17390.7950.24440.3933-22.828424.486320.8507
63.6687-3.7508-1.14543.85131.16390.36240.14010.288-0.3445-0.082-0.22960.3389-0.0681-0.12190.08950.42890.0033-0.11790.5860.00850.39142.944758.5023-0.4199
70.202-0.23530.6091.0557-3.860714.56960.0364-0.2664-0.10380.11980.08750.101-0.55060.061-0.12390.3658-0.0560.02650.48630.07750.58951.940747.14339.6086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2A57 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3A245 - 355
4X-RAY DIFFRACTION4A356 - 461
5X-RAY DIFFRACTION5A462 - 608
6X-RAY DIFFRACTION6B67 - 73
7X-RAY DIFFRACTION7B74 - 78

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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