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万見
- PDB-5iyg: Comparison of X-ray crystal structures of a tetradecamer sequence... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iyg
タイトルComparison of X-ray crystal structures of a tetradecamer sequence d(CCCGGGTACCCGGG)2 at 1.7 resolution
要素DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
キーワードDNA / A-DNA duplex / tetragonal space group / co-crystallization with magnesium chloride.
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Karthik, S. / Thirugnanasambandam, A. / Mandal, P.K. / Gautham, N.
引用ジャーナル: Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids / 年: 2017
タイトル: Comparison of X-ray crystal structures of a tetradecamer sequence d(CCCGGGTACCCGGG)2 at 1.7 angstrom resolution.
著者: Karthik, S. / Thirugnanasambandam, A. / Mandal, P.K. / Gautham, N.
履歴
登録2016年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5662
ポリマ－8,5662
非ポリマー00
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.463, 41.463, 88.724
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')


分子量: 4282.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1mM DNA, 50mM sodium cacodylate buffer, 5mM Mgcl2, 5mM spermine, 33% MPD.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月1日 / 詳細: Bent collimating mirror
放射モノクロメーター: Si(III) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→27.838 Å / Num. obs: 9012 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.53 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rrim(I) all: 0.043 / Χ2: 0.967 / Net I/σ(I): 43.04 / Num. measured all: 241845
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.80.31911.4239433144014300.9930.32699.3
1.8-1.930.20418.0237386133213320.9980.208100
1.93-2.080.13525.834754125212510.9990.13899.9
2.08-2.280.08736.4532081115911590.9990.088100
2.28-2.550.05550.58288361055105510.056100
2.55-2.940.0465.642556795895810.041100
2.94-3.590.03285.022068580780610.03399.9
3.59-5.030.03190.941539665864910.03298.6
5.03-27.8380.03378.6577074193720.9990.03488.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.83 Å37.56 Å
Translation4.83 Å37.56 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
MxCuBE2データ収集
XDSGPLv2data processing
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.21データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V9D

3v9d


解像度: 1.701→27.838 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 32.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2508 899 10 %
Rwork0.2138 8094 -
obs0.2175 8993 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 55.08 Å2 / Biso mean: 32.9831 Å2 / Biso min: 20.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.701→27.838 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 568 0 65 633
Biso mean---42.44 -
残基数----28
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.036978
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.131110
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.985272
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.701-1.80760.26241480.21971328147699
1.8076-1.94710.291450.242513051450100
1.9471-2.1430.30721490.256613371486100
2.143-2.4530.29751490.23613491498100
2.453-3.08980.29221510.251513571508100
3.0898-27.84190.20471570.18081418157596
精密化 TLS

T23: 0.0298 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5229-0.788-0.7645-0.21070.49860.37030.1813-0.1135-0.0492-0.4850.04720.1512-0.0471-0.03170.08760.3266-0.0202-0.05290.23750.298249.827829.885286.5199
2-0.0302-0.7834-0.33180.38550.32960.22590.0454-0.2461-0.0367-0.22650.06030.06810.0221-0.0470.01940.31-0.0451-0.04540.28750.291150.412129.364990.99
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 14 )A1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 14 )B1 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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