+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ixr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of C139A nostoc H-NOX domain with imidazole | ||||||
![]() | Alr2278 protein | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Soluble guanylyl cyclase / H-NOX domain / Nitric oxide / Heme-Domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() guanylate cyclase complex, soluble / guanylate cyclase activity / response to oxygen levels / cGMP-mediated signaling / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumar, V. / van den Akker, F. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of C139A nostoc H-NOX domain with imidazole 著者: Kumar, V. / van den Akker, F. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 67.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4iamS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 182 / Label seq-ID: 1 - 182
NCS oper:
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20358.799 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-182 / 変異: C139A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr2278 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.8 % / 解説: Red colored crystals |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.9M sodium malonate, pH 7.0, |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月2日 / 詳細: Mirrors | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
| |||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→43.51 Å / Num. obs: 20550 / % possible obs: 99.45 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 59.33 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 24.2 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4IAM 解像度: 2.5→43.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.275 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.313 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.5→43.51 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|