PDB-5ix2: Crystal structure of mouse Morc3 ATPase-CW cassette in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ix2

タイトル

Crystal structure of mouse Morc3 ATPase-CW cassette in complex with AMPPNP and unmodified H3 peptide

要素

MORC family CW-type zinc finger protein 3
peptide from Histone H3.1

キーワード

TRANSCRIPTION / Morc3 / ATPase / CW domain / H3

機能・相同性

機能・相同性情報

Chromatin modifying enzymes / Interleukin-7 signaling / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Condensation of Prophase Chromosomes / HDACs deacetylate histones / PRC2 methylates histones and DNA / HATs acetylate histones / PKMTs methylate histone lysines / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Li, S. / Du, J. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Mouse MORC3 is a GHKL ATPase that localizes to H3K4me3 marked chromatin
著者: Li, S. / Yen, L. / Pastor, W.A. / Johnston, J.B. / Du, J. / Shew, C.J. / Liu, W. / Ho, J. / Stender, B. / Clark, A.T. / Burlingame, A.L. / Daxinger, L. / Patel, D.J. / Jacobsen, S.E.

履歴

登録	2016年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ix2.cif.gz	365.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ix2.ent.gz	301.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ix2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ix2_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ix2_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5ix2_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	5ix2_validation.cif.gz	53.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/5ix2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/5ix2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ix1SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ix1-d 6k4l-1 4q4x-d 6uj8-d 6uj7-d 6rjf-d 7c9x-d 2hwf-d 5hvl-2 4yqx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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フォトトロピン (Phototropin)
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#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
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#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
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#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
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リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
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解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
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#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: MORC family CW-type zinc finger protein 3

B: MORC family CW-type zinc finger protein 3

P: peptide from Histone H3.1

Q: peptide from Histone H3.1

ヘテロ分子

112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.202, 147.542, 173.611
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	MORC family CW-type zinc finger protein 3 / Nuclear matrix protein 2 / Zinc finger CW-type coiled-coil domain protein 3 分子量: 51950.477 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-456 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Morc3 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: F7BJB9
#2: タンパク質・ペプチド	peptide from Histone H3.1 分子量: 3347.915 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P68433
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5% ethanol, 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M HEPES-Na

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 32131 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IX1

5ix1

解像度: 2.9→19.754 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2363	1629	5.09 %
R_work	0.2198	-	-
obs	0.2206	32013	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.754 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6983	0	66	0	7049

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.022	7194
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.871	9703
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.712	2719
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	1055
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1221

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.9452	0.44	155	0.3798	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9452-2.9933	0.3998	129	0.3598	2575	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9933-3.0447	0.3334	154	0.3415	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0447-3.0999	0.3627	156	0.3155	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0999-3.1593	0.3793	157	0.3081	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1593-3.2235	0.3742	141	0.2999	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2235-3.2933	0.3285	110	0.2947	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2933-3.3695	0.2562	144	0.2747	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3695-3.4534	0.3343	124	0.2651	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4534-3.5462	0.2465	123	0.2631	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5462-3.6499	0.2719	146	0.2325	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6499-3.767	0.2206	130	0.2291	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
3.767-3.9006	0.2145	149	0.2185	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9006-4.0555	0.2354	140	0.207	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0555-4.2383	0.2449	137	0.1934	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2383-4.4594	0.2082	143	0.1855	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4594-4.7352	0.1715	135	0.1685	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7352-5.095	0.1616	148	0.1779	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
5.095-5.5971	0.2024	140	0.2039	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5971-6.3829	0.1883	151	0.2055	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3829-7.9536	0.1987	156	0.1938	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
7.9536-19.7547	0.2214	146	0.1715	2623	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6733	0.4151	-0.3362	2.5871	0.1521	2.4246	-0.1508	0.3371	0.1471	-0.3584	0.0956	0.0292	-0.3187	-0.123	0.0478	0.8287	0.0111	-0.0227	0.7554	0.2084	0.3633	79.133	64.2541	26.1135
2	2.7036	1.3449	0.991	3.7083	-0.2631	2.4363	0.108	0.1893	-0.0785	0.0574	-0.0482	-0.0163	0.1441	-0.6389	-0.0454	0.6951	-0.0401	0.073	0.8284	0.1544	0.4189	65.5488	42.0158	36.6769
3	5.5006	-0.5929	-0.1256	5.7855	2.0235	4.3077	-0.2819	-0.0475	-1.4143	0.7875	0.1231	0.6838	0.5524	0.044	0.1459	0.8051	-0.087	0.0393	0.9137	0.1558	0.7099	62.7843	32.7133	40.1071
4	2.0104	1.1325	-0.8425	2.4316	-1.2446	2.889	-0.3572	0.8512	-0.0387	-0.9184	0.1669	0.0244	-0.0335	-0.3887	0.1293	1.3922	-0.0573	0.0149	1.1497	0.1654	0.5512	80.6391	60.9235	2.5772
5	1.4603	0.0344	0.2089	2.6371	0.154	2.4918	-0.0418	-0.3288	0.0736	0.3183	-0.0105	0.0654	-0.2019	-0.0698	0.053	0.8202	0.0254	-0.0022	0.7583	0.1446	0.3554	79.632	65.816	59.9631
6	0.2111	-0.0861	-0.2232	0.9902	0.9991	1.2278	-0.415	-0.7407	-0.4509	1.0143	0.3772	-0.7912	0.6071	0.678	0.2413	1.0554	0.2316	-0.0657	0.9387	0.344	0.6457	92.4786	47.0896	66.2097
7	4.8734	0.4206	-0.1365	4.4795	-0.3667	4.9209	-0.3525	-0.6038	-0.01	0.6773	0.3291	0.5745	0.3767	0.1498	0.2775	0.956	0.1763	0.0221	0.9463	0.3253	0.9325	99.1742	38.912	51.5129
8	1.803	-0.6145	-0.7273	1.5975	1.0432	2.9559	0.0188	-0.3934	-0.1774	0.4338	-0.0806	-0.0794	0.169	-0.0957	0.1046	0.7197	-0.0264	0.0017	0.7248	0.218	0.4121	87.4136	48.9002	62.8136
9	4.7167	1.1032	-1.2993	0.5415	0.0219	1.3042	-0.8822	0.5718	-0.1942	-0.9175	-0.0685	0.0644	0.5278	-1.0865	0.652	1.8363	0.0421	-0.0528	0.8825	0.0271	0.5784	77.513	52.3184	0.6751
10	4.791	-0.3726	-2.2462	1.5205	-2.4559	6.6446	-0.6632	-0.6818	-0.711	0.6217	0.2614	-0.0147	0.2947	0.4755	0.3713	1.5008	-0.018	0.0936	1.2718	0.23	0.5827	82.3957	52.1924	86.1759

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 283 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 284 through 364 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 365 through 390 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 391 through 455 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 8 through 257 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 258 through 285 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 286 through 313 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 314 through 454 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'P' and (resid 1 through 10 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'Q' and (resid 1 through 10 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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