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万見
- PDB-5iwt: Structure of Transient Receptor Potential (TRP) channel TRPV6 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iwt
タイトルStructure of Transient Receptor Potential (TRP) channel TRPV6 in the presence of gadolinium
要素Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


parathyroid hormone secretion / TRP channels / calcium-activated cation channel activity / calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to calcium ion ...parathyroid hormone secretion / TRP channels / calcium-activated cation channel activity / calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to calcium ion / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / apical plasma membrane / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5/6 / Ankyrin repeats (many copies) / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5/6 / Ankyrin repeats (many copies) / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DTB / GADOLINIUM ATOM / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Saotome, K. / Singh, A.K. / Yelshanskaya, M.V. / Sobolevsky, A.I.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS083660 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008281 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the epithelial calcium channel TRPV6.
著者: Saotome, K. / Singh, A.K. / Yelshanskaya, M.V. / Sobolevsky, A.I.
履歴
登録2016年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22016年7月6日Group: Data collection
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6774
ポリマ－77,1481
非ポリマー5293
水00
1
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
ヘテロ分子

A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
ヘテロ分子

A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
ヘテロ分子

A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,70916
ポリマ－308,5944
非ポリマー2,11512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area20730 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area107270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.350, 144.350, 113.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

GD

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要素

#1: タンパク質 Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / TrpV6 / Calcium transport protein 1 / CaT1 / Epithelial calcium channel 2 / ECaC2


分子量: 77148.469 Da / 分子数: 1 / 変異: I102Y, L132N, M136Q, L535Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Trpv6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9R186
#2: 化合物 ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム


分子量: 157.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#3: 化合物 ChemComp-DTB / 6-(5-METHYL-2-OXO-IMIDAZOLIDIN-4-YL)-HEXANOIC ACID / D-DESTHIOBIOTIN / デスチオビオチン


分子量: 214.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N2O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20-24% PEG 350 MME, 50 mM NaCl, and 50 mM Tris-HCl pH 8.0-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.7101 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7101 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 22443 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 3.8→3.936 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.207 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RFA

2rfa


解像度: 3.8→49.556 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 35.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3074 1124 5.01 %
Rwork0.2751 --
obs0.2766 22435 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→49.556 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4742 0 17 0 4759
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084864
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3846605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1241773
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007836
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8001-3.9730.35091410.35192585X-RAY DIFFRACTION97
3.973-4.18230.35691420.28262695X-RAY DIFFRACTION100
4.1823-4.44420.32741380.25462644X-RAY DIFFRACTION100
4.4442-4.78710.27071400.22672692X-RAY DIFFRACTION100
4.7871-5.26830.25221440.22512685X-RAY DIFFRACTION100
5.2683-6.02950.37091370.26662664X-RAY DIFFRACTION100
6.0295-7.59220.28491420.28252686X-RAY DIFFRACTION100
7.5922-49.56010.3091400.29532660X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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