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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5iwb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of design pentatricopeptide repeat complex with MORF protein | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / pentatricopeptide repeat / complex / MORF | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast RNA modification / cytidine to uridine editing / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast / mRNA processing / protein dimerization activity / mRNA binding / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) unidentified (未定義) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.764 Å | ||||||
データ登録者 | Yan, J. / Zhang, Q. / Guan, Z. / Zou, T. / Yin, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structural basis for designer pentatricopeptide repeat proteins interaction with MORF protein 著者: Yan, J. / Zhang, Q. / Guan, Z. / Zou, T. / Yin, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5iwb.cif.gz | 108.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5iwb.ent.gz | 83 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5iwb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5iwb_validation.pdf.gz | 433.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5iwb_full_validation.pdf.gz | 435.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5iwb_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5iwb_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/5iwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/5iwb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15453.313 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 75-196 / 変異: C12S, C114S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: MORF9, RIP9, At1g11430, T23J18.10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LPZ1 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14980.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Sodium cacodylate trihydrate,Magnesium acetate tetrahydrate,PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→45 Å / Num. obs: 28002 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 27.6 % / Net I/σ(I): 40.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.764→42.41 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.764→42.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -18.5021 Å / Origin y: 11.7307 Å / Origin z: 5.1512 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |