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万見
- PDB-5iv0: Crystal structure of Eis from Mycobacterium tuberculosis in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iv0
タイトルCrystal structure of Eis from Mycobacterium tuberculosis in complex with sulfonamide inhibitor 39 and coenzyme A
要素Enhanced intracellular survival protein
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE / Acetyltransferase / Inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


effector-mediated defense to host-produced reactive oxygen species / symbiont-mediated perturbation of host inflammatory response / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / Suppression of autophagy / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / bacterial extracellular vesicle / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / N-acetyltransferase activity / biological process involved in interaction with host ...effector-mediated defense to host-produced reactive oxygen species / symbiont-mediated perturbation of host inflammatory response / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / Suppression of autophagy / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / bacterial extracellular vesicle / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / N-acetyltransferase activity / biological process involved in interaction with host / host cell cytoplasmic vesicle / protein-lysine-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / host extracellular space / response to antibiotic / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase Eis / Enhanced intracellular survival protein domain / Eis-like, acetyltransferase domain / : / Sterol carrier protein domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / SCP2 sterol-binding domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily ...N-acetyltransferase Eis / Enhanced intracellular survival protein domain / Eis-like, acetyltransferase domain / : / Sterol carrier protein domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / SCP2 sterol-binding domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6E9 / COENZYME A / N-acetyltransferase Eis / N-acetyltransferase Eis
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gajadeera, C.S. / Hou, C. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI090048 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Sulfonamide-Based Inhibitors of Aminoglycoside Acetyltransferase Eis Abolish Resistance to Kanamycin in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Garzan, A. / Willby, M.J. / Green, K.D. / Gajadeera, C.S. / Hou, C. / Tsodikov, O.V. / Posey, J.E. / Garneau-Tsodikova, S.
履歴
登録2016年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhanced intracellular survival protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8966
ポリマ－46,6611
非ポリマー1,2355
水4,270237
1
A: Enhanced intracellular survival protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,37736
ポリマ－279,9656
非ポリマー7,41230
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area29630 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area86240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.800, 174.800, 121.985
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-797-

HOH

21A-837-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Enhanced intracellular survival protein


分子量: 46660.840 Da / 分子数: 1 / 変異: Cys204Ala / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: eis, MT2489 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WFK6, UniProt: P9WFK7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-6E9 / N-(3-methoxyphenyl)-N-methyl-2,3-dioxo-1,2,3,4-tetrahydroquinoxaline-6-sulfonamide / N-メチル-N-(3-メトキシフェニル)-2,3-ジオキソ-1,2,3,4-テトラヒドロキノキサリン-6-スルホンアミド


分子量: 361.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N3O5S
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The sequence of the construct derives from Pubmed/NCBI entry NP_216932.2, where Cys204 was mutated ...The sequence of the construct derives from Pubmed/NCBI entry NP_216932.2, where Cys204 was mutated to an Ala. This is Eis from M. tuberculosis H37Rv, hence differences from P9WFK6, an Eis homolog from a different M. tuberculosis strain.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Tris-HCl pH 8.5 adjusted at room temperature (100 mM), PEG 8,000 (10-15% w/v), and (NH4)2SO4 (0.4 M)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 37907 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.902 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.141 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21924 2002 5 %RANDOM
Rwork0.19198 ---
obs0.19333 37907 95.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.039 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6 Å2-0.8 Å20 Å2
2---1.6 Å20 Å2
3---5.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3047 0 50 237 3334
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3361.9784305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75436832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8245394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.00321.348141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.59415481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2341540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02755
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4953.3851583
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4963.3851581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5975.0641974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5965.0641975
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.833.6441579
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.833.6441575
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0585.3632323
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.05327.7363634
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.90427.5123578
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 152 -
Rwork0.276 2795 -
obs--97.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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