[日本語] English
万見
- PDB-5ium: Crystal structure of phosphorylated DesKC -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ium
タイトルCrystal structure of phosphorylated DesKC
要素Sensor histidine kinase DesK
キーワードTRANSFERASE / four-helix bundle / GHL ATPase domain / Cell membrane / Kinase / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / protein dimerization activity / protein kinase activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / : / Histidine kinase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Sensor histidine kinase DesK
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 3.162 Å
データ登録者Trajtenberg, F. / Buschiazzo, A.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Regulation of signaling directionality revealed by 3D snapshots of a kinase:regulator complex in action.
著者: Trajtenberg, F. / Imelio, J.A. / Machado, M.R. / Larrieux, N. / Marti, M.A. / Obal, G. / Mechaly, A.E. / Buschiazzo, A.
履歴
登録2016年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22017年1月4日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase DesK
B: Sensor histidine kinase DesK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2407
ポリマ－50,0892
非ポリマー1,1515
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6830 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area24030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.443, 94.443, 161.848
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Sensor histidine kinase DesK


分子量: 25044.596 Da / 分子数: 2 / 断片: Fragment: entire cytoplasmic region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: desK, yocF, BSU19190 / プラスミド: pQE32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10F' / 参照: UniProt: O34757, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.43 % / Mosaicity: 0.24 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: PEG3000, MgCl2, CHES, AMP-PCP, pH 9.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: multilayer mirrors (Varimax-HF) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.162→36.499 Å / Num. obs: 14829 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 128.9 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 3.162→3.173 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJun 17, 2015データスケーリング
Aimless0.5.15データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.2精密化
Coot0.8.2モデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3GIG

3gig


解像度: 3.162→36.499 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.118 / SU Rfree Blow DPI: 0.431 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.436
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 791 5.35 %RANDOM
Rwork0.257 ---
obs0.259 14787 99.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 228.49 Å2 / Biso mean: 123.85 Å2 / Biso min: 58.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1239 Å20 Å20 Å2
2---2.1239 Å20 Å2
3---4.2478 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.59 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.162→36.499 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3179 0 70 4 3253
Biso mean--162.01 114.39 -
残基数----404
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1250SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes101HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes474HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3270HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion444SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3676SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3270HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4401HARMONIC21.29
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.34
LS精密化 シェル解像度: 3.16→3.41 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 147 4.98 %
Rwork0.337 2806 -
all-2953 -
obs--98.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5526-3.15091.14266.598-1.53075.4111-0.0750.0129-0.2479-0.34320.34330.2514-0.1052-0.2952-0.26830.0790.3054-0.1014-0.079-0.1104-0.0633-101.860987.185118.5758
23.3946-0.41651.37128.85090.21458.3155-0.07280.18820.4302-0.41880.6163-0.3801-0.5757-0.0913-0.54350.02040.33920.1113-0.0204-0.11120.0174-84.753758.81494.0022
34.291.7018-1.88774.4335-1.500600.2220.31510.1263-0.2923-0.2717-0.5555-0.03370.6090.04970.17230.076-0.00990.4356-0.0855-0.304-77.5289100.675540.4161
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|155 - A|242 B|164 - B|242 }A155 - 242
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|155 - A|242 B|165 - B|242 }B165 - 242
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|245 - A|368 }A245 - 368
4X-RAY DIFFRACTION3{ B|245 - B|368 }B245 - 368

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る