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- PDB-5iuc: Crystal structure of the GspB siglec domain with sialyl T antigen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iuc
タイトルCrystal structure of the GspB siglec domain with sialyl T antigen bound
要素Platelet binding protein GspB
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / bacterial adhesin / lectin / immunoglobulin fold / serine-rich repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #4140 / Atypical Rib domain / Atypical Rib domain / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / : / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain ...Immunoglobulin-like - #4140 / Atypical Rib domain / Atypical Rib domain / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / : / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet binding protein GspB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus gordonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.253 Å
データ登録者Loukachevitch, L.V. / Fialkowski, K.P. / Wawrzak, Z. / Iverson, T.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI106987 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2011
タイトル: A structural model for binding of the serine-rich repeat adhesin GspB to host carbohydrate receptors.
著者: Pyburn, T.M. / Bensing, B.A. / Xiong, Y.Q. / Melancon, B.J. / Tomasiak, T.M. / Ward, N.J. / Yankovskaya, V. / Oliver, K.M. / Cecchini, G. / Sulikowski, G.A. / Tyska, M.J. / Sullam, P.M. / Iverson, T.M.
履歴
登録2016年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年4月13日ID: 4I8E
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet binding protein GspB
B: Platelet binding protein GspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3036
ポリマ－27,9052
非ポリマー1,3984
水10,719595
1
A: Platelet binding protein GspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6513
ポリマ－13,9521
非ポリマー6992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Platelet binding protein GspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6513
ポリマ－13,9521
非ポリマー6992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.670, 66.547, 55.854
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-913-

HOH

21A-967-

HOH

31B-906-

HOH

41B-959-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Platelet binding protein GspB / Serine-rich adhesin for platelets / Serine-rich repeat protein GspB


分子量: 13952.391 Da / 分子数: 2 / 断片: binding region, Siglec domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア)
遺伝子: gspB / プラスミド: pBG101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q939N5
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 % / Mosaicity: 0.293 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: PEG 3350, NaCl, Bis-Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→30 Å / Num. obs: 67016 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 12.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.028 / Net I/av σ(I): 35.585 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 997601
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.25-1.2914.30.406191.4
1.29-1.3514.80.32194.1
1.35-1.4114.90.264194.4
1.41-1.4815.10.197195.1
1.48-1.5715.20.145195.7
1.57-1.715.20.111195.9
1.7-1.8715.20.088196.8
1.87-2.1415.10.073197.3
2.14-2.6914.90.065198.2
2.69-3014.20.048198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QC5

3qc5


解像度: 1.253→29.859 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1778 3212 4.8 %
Rwork0.1556 --
obs0.1567 66965 95.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.33 Å2 / Biso mean: 16.4634 Å2 / Biso min: 5.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.253→29.859 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1928 0 178 595 2701
Biso mean--14.63 27.15 -
残基数----246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5072946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.017796
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.253-1.27120.26821200.22762449256986
1.2712-1.29110.27281520.21432658281094
1.2911-1.31220.25641230.20982719284294
1.3122-1.33490.23121330.20092680281393
1.3349-1.35910.19541430.19332697284094
1.3591-1.38530.20681320.18732703283595
1.3853-1.41360.19921350.18962720285594
1.4136-1.44430.22981570.18232710286795
1.4443-1.47790.21971360.18082723285995
1.4779-1.51490.19771420.17292736287895
1.5149-1.55580.19621160.17412772288896
1.5558-1.60160.18531520.16472714286696
1.6016-1.65330.20851350.16962780291596
1.6533-1.71240.17541150.16122807292296
1.7124-1.78090.20251580.16472777293597
1.7809-1.8620.17421520.16412802295497
1.862-1.96010.17731450.15132817296297
1.9601-2.08290.1581630.14762807297097
2.0829-2.24370.16431220.13972878300098
2.2437-2.46930.16151290.14932882301198
2.4693-2.82640.17461510.14942909306098
2.8264-3.56010.16421590.14212933309299
3.5601-29.86760.15581420.13773080322298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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