[日本語] English
万見
- PDB-5iu0: Rubisco from Arabidopsis thaliana -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iu0
タイトルRubisco from Arabidopsis thaliana
要素(Ribulose bisphosphate carboxylase ...) x 2
キーワードLYASE / Ribulose-Bisphosphate-Carboxylase / Arabidopsis thaliana
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type cell wall / photorespiration / response to abscisic acid / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / apoplast / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast envelope / thylakoid / chloroplast stroma ...plant-type cell wall / photorespiration / response to abscisic acid / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / apoplast / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast envelope / thylakoid / chloroplast stroma / plastid / chloroplast thylakoid membrane / response to cadmium ion / cytosolic ribosome / chloroplast / monooxygenase activity / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain ...Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit 1B, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.499 Å
データ登録者Valegaard, K. / Hasse, D. / Gunn, L. / Andersson, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Structure of Rubisco from Arabidopsis thaliana in complex with 2-carboxyarabinitol-1,5-bisphosphate.
著者: Valegard, K. / Hasse, D. / Andersson, I. / Gunn, L.H.
履歴
登録2016年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell / Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_CC_half
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
J: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1B, chloroplastic
I: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1B, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,31221
ポリマ－146,7444
非ポリマー1,56817
水18,3211017
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21300 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area37470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.860, 111.860, 197.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-974-

HOH

21J-325-

HOH

31I-444-

HOH

-
要素

-
Ribulose bisphosphate carboxylase ... , 2種, 4分子 ABJI

#1: タンパク質 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / RuBisCO large subunit


分子量: 53063.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O03042, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質 Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1B, chloroplastic / RuBisCO small subunit 1B


分子量: 20308.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P10796, ribulose-bisphosphate carboxylase

-
糖 , 1種, 2分子

#4: 糖 ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O13P2

-
非ポリマー , 3種, 1032分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1017 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M HEPEs pH 8, 0.1M NaCl, 20% PEG4000, 0.01M NaHCO3, 0.01M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,k,-l / Fraction: 0.48
反射解像度: 1.499→49.43 Å / Num. obs: 192721 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.82 / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 8.94
反射 シェル解像度: 1.499→1.54 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / CC1/2: 0.439 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8RUC

8ruc


解像度: 1.499→49.428 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.01 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1524 9659 5.01 %
Rwork0.1358 --
obs0.1448 192721 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.499→49.428 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9294 0 96 1017 10407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84213047
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7093505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061681
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4995-1.52530.30194820.28129146X-RAY DIFFRACTION94
1.5253-1.55310.29134780.26569076X-RAY DIFFRACTION95
1.5531-1.5830.25544850.24899225X-RAY DIFFRACTION95
1.583-1.61530.2414790.24099095X-RAY DIFFRACTION95
1.6153-1.65040.24564820.2289168X-RAY DIFFRACTION95
1.6504-1.68880.23854820.21899143X-RAY DIFFRACTION95
1.6888-1.7310.21934770.20999080X-RAY DIFFRACTION95
1.731-1.77780.21424810.20359128X-RAY DIFFRACTION94
1.7778-1.83010.19194810.18769141X-RAY DIFFRACTION95
1.8301-1.88920.18154810.17759147X-RAY DIFFRACTION95
1.8892-1.95670.18644810.17399138X-RAY DIFFRACTION95
1.9567-2.03510.17854810.16949143X-RAY DIFFRACTION95
2.0351-2.12770.17974820.16559141X-RAY DIFFRACTION95
2.1277-2.23990.17934820.16259174X-RAY DIFFRACTION95
2.2399-2.38020.16224850.14849201X-RAY DIFFRACTION95
2.3802-2.5640.15714810.14159144X-RAY DIFFRACTION95
2.564-2.8220.1554830.13219184X-RAY DIFFRACTION95
2.822-3.23030.13474830.11589164X-RAY DIFFRACTION95
3.2303-4.06950.12414840.09499202X-RAY DIFFRACTION95
4.0695-48.70450.11054860.09029225X-RAY DIFFRACTION94

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る