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- PDB-5itz: Crystal structure of the SAC domain of CPAP in a complex with Tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5itz
タイトルCrystal structure of the SAC domain of CPAP in a complex with Tubulin and Darpin
要素
  • Centromere protein J
  • Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Tubulin / CPAP / Centriole
機能・相同性
機能・相同性情報


astral microtubule nucleation / centriole elongation / gamma-tubulin small complex / positive regulation of centriole elongation / positive regulation of establishment of protein localization / positive regulation of non-motile cilium assembly / regulation of centriole replication / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / motile cilium assembly ...astral microtubule nucleation / centriole elongation / gamma-tubulin small complex / positive regulation of centriole elongation / positive regulation of establishment of protein localization / positive regulation of non-motile cilium assembly / regulation of centriole replication / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / motile cilium assembly / positive regulation of spindle assembly / microtubule nucleation / non-motile cilium assembly / gamma-tubulin binding / positive regulation of axon guidance / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / smoothened signaling pathway / microtubule polymerization / centriole replication / cilium assembly / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / centriole / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / regulation of mitotic spindle organization / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / transcription coactivator activity / cilium / ciliary basal body / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / protein kinase binding / GTP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
T-complex protein 10, C-terminal domain / T-complex protein 10 family / T-complex protein 10 C-terminus / : / Helix hairpin bin / Ankyrin repeat-containing domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin ...T-complex protein 10, C-terminal domain / T-complex protein 10 family / T-complex protein 10 C-terminus / : / Helix hairpin bin / Ankyrin repeat-containing domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-LOC / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain / Centrosomal P4.1-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sharma, A. / Steinmetz, M.O.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_138659 スイス
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2016
タイトル: Centriolar CPAP/SAS-4 Imparts Slow Processive Microtubule Growth.
著者: Sharma, A. / Aher, A. / Dynes, N.J. / Frey, D. / Katrukha, E.A. / Jaussi, R. / Grigoriev, I. / Croisier, M. / Kammerer, R.A. / Akhmanova, A. / Gonczy, P. / Steinmetz, M.O.
履歴
登録2016年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn
改定 1.22020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _entity.src_method / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._entity.src_method / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
D: Centromere protein J
F: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8408
ポリマ－128,4494
非ポリマー1,3904
水8,521473
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7240 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area35660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.080, 85.340, 98.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABDF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Centromere protein J / CENP-J / Centrosomal P4.1-associated protein / LAG-3-associated protein / LYST-interacting protein 1


分子量: 14889.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPJ, CPAP, LAP, LIP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HC77
#4: タンパク質 Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1


分子量: 13355.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 477分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-LOC / N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide / COLCHICINE


分子量: 399.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25NO6
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 550 mono methyl ether (MME) and 0.1 M MES, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→64.5 Å / Num. obs: 51519 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07782 / Net I/σ(I): 18.11
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / Rmerge(I) obs: 0.7067

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DRX

4drx


解像度: 2.2→52.644 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2174 2001 3.89 %
Rwork0.1773 --
obs0.1789 51503 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→52.644 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7702 0 90 473 8265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0210838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6592875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051403
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2550.32741390.27573520X-RAY DIFFRACTION100
2.255-2.31590.31531470.25063487X-RAY DIFFRACTION100
2.3159-2.38410.27481490.24073554X-RAY DIFFRACTION100
2.3841-2.4610.2911330.22553509X-RAY DIFFRACTION100
2.461-2.5490.27241440.21853524X-RAY DIFFRACTION100
2.549-2.65110.2571470.20713523X-RAY DIFFRACTION100
2.6511-2.77170.2411380.20783535X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-2.91780.25671460.20233533X-RAY DIFFRACTION100
2.9178-3.10060.27661450.19673519X-RAY DIFFRACTION100
3.1006-3.340.27461410.19173516X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.6760.22951450.16453553X-RAY DIFFRACTION100
3.676-4.20780.16761430.14013561X-RAY DIFFRACTION100
4.2078-5.30050.14061410.13453559X-RAY DIFFRACTION100
5.3005-52.65930.16881430.15473609X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5615-2.2841-1.36894.00132.28971.7869-0.0901-0.27890.11870.31570.22770.0404-0.10130.1132-0.13980.2228-0.0119-0.01980.2033-0.00490.2831-9.371918.88831.8331
29.20891.0915-0.29727.0568-0.58623.1589-0.162-1.16780.71090.96070.0534-0.018-0.01980.37990.10660.45040.0422-0.04770.5022-0.07760.3466-7.820522.644813.6898
33.77-0.7811-1.763.63862.04134.79280.0692-0.43040.49060.15620.0959-0.2982-0.45540.7864-0.21560.2884-0.10090.00820.3790.00360.41422.045722.5138-4.1393
41.7765-0.3045-0.35141.01-0.03512.05920.0022-0.00580.09850.0282-0.02-0.1464-0.04260.17690.02590.2045-0.01570.01370.18070.01210.2411-7.644311.8288-7.6107
52.9108-1.2128-0.35645.14940.89042.3085-0.0307-0.3715-0.02220.64370.0728-0.08310.19280.0937-0.03910.2842-0.01860.0210.2570.02920.2708-19.4233.98830.7034
62.7035-0.4664-2.04312.565-1.21593.4924-0.0570.21740.1676-0.25020.02210.1868-0.1312-0.360.06470.23670.0027-0.01680.2470.02150.2963-32.122517.5749-7.7072
73.0055-1.8871-2.28447.27393.2274.3103-0.27940.0584-0.39110.0019-0.19310.64070.2082-0.42350.42570.25950.00230.04240.2370.0120.2762-34.53999.24622.1026
80.9009-0.4684-1.20631.82991.0652.9268-0.09670.02610.02350.05690.07980.10220.0304-0.02860.01670.2120.0104-0.02810.24440.01150.2986-23.61138.9078-8.1594
96.93512.7086-4.34953.6667-1.85335.1944-0.26290.3557-0.5902-0.17210.1185-0.2720.58130.02730.17440.36980.04580.01860.2521-0.02220.3061-7.2611-1.4184-21.0883
103.7488-1.33970.50315.8662.07983.7290.0719-0.80390.49310.3850.0525-0.0716-1.12050.2592-0.10710.6761-0.21230.16120.6086-0.17450.485312.038937.3318-26.7022
116.1544-1.76241.13387.4507-1.92742.43050.5081-0.20621.28680.4395-0.3084-0.4505-1.43160.8948-0.28350.8212-0.35360.23980.7816-0.14360.738523.667938.2427-35.7591
122.7702-0.3408-0.2192.89030.17952.35110.2028-0.61820.20890.291-0.0166-0.4774-0.3751.0704-0.15360.3731-0.13620.04810.787-0.05210.416924.443823.8617-34.4252
133.6059-1.1878-1.18092.422-0.16112.97490.1948-0.05520.1239-0.2097-0.0580.0277-0.36350.2416-0.13170.3544-0.06560.10010.3052-0.07070.30829.879126.6731-44.8372
142.75652.72050.35395.3998-1.89312.81620.158-0.5530.17360.2074-0.19940.088-0.20910.19990.08890.2776-0.02120.08160.451-0.01260.30292.726620.9732-28.6179
153.88470.66840.03931.605-0.31154.2620.046-0.12970.51940.01580.00350.2486-0.7573-0.5392-0.03910.51020.08410.09110.36070.01840.3932-7.173329.3112-40.263
163.2248-0.4479-0.81296.1509-0.73253.55070.1523-0.00540.24640.6683-0.07730.6964-0.3273-0.7233-0.00480.39210.09650.07130.53240.00850.3991-11.769825.467-33.6355
173.63450.5559-2.52750.1902-0.77523.8436-0.06780.3082-0.1633-0.2361-0.0974-0.06440.0281-0.30680.17720.3470.00180.03270.3267-0.00690.30876.503617.5013-50.5807
187.352-0.9247-1.84282.47570.6684.0699-0.15930.8185-0.4083-0.3485-0.1004-0.12870.41540.02980.34530.47010.07180.0570.3312-0.01680.316314.546810.1477-49.5866
191.71011.7568-0.93347.42950.94456.8895-0.2047-0.1627-0.6716-0.63460.1245-0.10520.04960.7070.08140.71730.15620.16450.67610.08720.85122.54116.5142-42.3503
205.6456-1.4019-6.65465.15850.99288.0776-1.2338-2.7005-0.29320.83830.50110.29110.40880.58040.76730.78660.25360.04271.022-0.05510.731313.6885.724-32.2358
217.19434.21680.94438.0576-0.80713.6278-0.4712-1.1335-0.99380.96780.4091-0.04231.1330.80360.06180.4150.1066-0.03130.46030.09370.375137.454815.7861-72.1198
223.6313-2.2591-5.32055.70022.9488.1609-0.0121-0.82540.4744-0.15450.2597-0.7037-0.82920.8481-0.2630.5138-0.01050.00410.5459-0.07070.588140.452623.8091-76.2651
236.7611-0.8561-2.37644.37520.77144.9191-0.0867-0.41250.04610.3719-0.0382-0.07250.0840.21950.11030.33220.04270.01660.2593-0.0150.192629.807919.2512-75.5517
245.67890.336-4.19261.812-0.06938.2774-0.11120.3193-0.09660.0558-0.16460.30230.1057-0.8070.2660.34710.03410.04940.3928-0.09310.289316.816418.5324-73.041
257.0578-3.08133.02314.20430.01633.98240.01470.79720.4421-0.4183-0.56360.3822-0.7002-1.53860.58680.50520.173-0.06960.7919-0.13240.32678.227426.2087-73.8943
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 28 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 29 through 64 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 102 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 103 through 243 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 244 through 273 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 274 through 311 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 312 through 338 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 339 through 401 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 402 through 438 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 64 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 65 through 88 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 89 through 160 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 161 through 238 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 239 through 268 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 269 through 324 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 325 through 373 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 374 through 401 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 402 through 440 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 373 through 379 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 380 through 385 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 13 through 24 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 25 through 36 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 37 through 69 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 70 through 125 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 126 through 139 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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