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- PDB-5ito: Structure of the periplasmic binding protein M117N-NocT from A. t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ito
タイトルStructure of the periplasmic binding protein M117N-NocT from A. tumefaciens in complex with octopine
要素Nopaline-binding periplasmic protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Periplasmic binding protein / opine / octopine
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated monoatomic ion channel activity / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Specific amino acids and opine-binding periplasmic protein, ABC transporter / Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 ...Specific amino acids and opine-binding periplasmic protein, ABC transporter / Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
octopine / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / Nopaline-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Vigouroux, A. / Morera, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: ISME J / 年: 2017
タイトル: Fitness costs restrict niche expansion by generalist niche-constructing pathogens.
著者: Lang, J. / Vigouroux, A. / El Sahili, A. / Kwasiborski, A. / Aumont-Nicaise, M. / Dessaux, Y. / Shykoff, J.A. / Morera, S. / Faure, D.
履歴
登録2016年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nopaline-binding periplasmic protein
B: Nopaline-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,83711
ポリマ－58,4852
非ポリマー1,3529
水1,71195
1
A: Nopaline-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2247
ポリマ－29,2431
非ポリマー9816
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nopaline-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6134
ポリマ－29,2431
非ポリマー3703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.590, 113.590, 37.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nopaline-binding periplasmic protein


分子量: 29242.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
遺伝子: nocT, Atu6027, AGR_pTi_67 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35120

-
非ポリマー , 6種, 104分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-6DB / octopine / オクトピン


分子量: 246.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18N4O4
#6: 化合物 ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 164.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.36 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 4K, 0.1 M Tris pH8, 0.1 M LiSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→49 Å / Num. obs: 22829 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 56.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.49 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4POX

4pox
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.35→25.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9558 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9397 / SU R Cruickshank DPI: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.302 / SU Rfree Blow DPI: 0.198 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.206
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2072 1136 5 %RANDOM
Rwork0.1751 ---
obs0.1767 22711 99.97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5132 Å20 Å20 Å2
2---0.5132 Å20 Å2
3---1.0264 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.305 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→25.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3915 0 91 95 4101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014073HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.095473HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1434SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes101HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes576HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4073HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.09
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion538SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4650SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.46 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2203 150 5.02 %
Rwork0.2024 2837 -
all0.2033 2987 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16280.1840.00711.7650.53581.19570.03610.0567-0.12870.0379-0.03-0.10960.06130.0274-0.0062-0.1830.01630.0084-0.10170.0331-0.117520.4636-7.0926-3.179
22.98850.0136-0.31522.4783-0.08041.6808-0.0960.0261-0.3866-0.25120.0699-0.2853-0.21640.07770.0261-0.232-0.02360.1525-0.1060.0494-0.121554.9207-0.3128-14.3217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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