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- PDB-5iti: A cynobacterial PP2C (tPphA) structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iti
タイトルA cynobacterial PP2C (tPphA) structure
要素Protein serin-threonin phosphatase
キーワードHYDROLASE / PP2C
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 2C / Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
protein-serine/threonine phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Su, J.Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China under grant31500637 中国
Drug Discovery Found of Jilin Province20150311057YY 中国
Fundamental Research Funds for the Central Universities2412015KJ018 中国
引用ジャーナル: Catalysts / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of a Cyanobacterial PP2C Phosphatase Reveals Insights into Catalytic Mechanism and Substrate Recognition
著者: Si, Y. / Yuan, Y. / Wang, Y. / Gao, J. / Hu, Y. / Feng, S. / Su, J.Y.
履歴
登録2016年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22017年10月4日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein serin-threonin phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1805
ポリマ－27,0191
非ポリマー1604
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.008, 153.823, 82.929
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-424-

HOH

21A-481-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein serin-threonin phosphatase / tPphA


分子量: 27019.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: tlr2243 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DGS1
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7.4 / 詳細: 100mM Tris-HCl, pH 7.4, 200mM CaCl2, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→19.23 Å / Num. obs: 18220 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 15.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155: ???精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.95→19.228 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2701 1819 10 %
Rwork0.2155 16377 -
obs0.221 18196 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 102.92 Å2 / Biso mean: 40.9226 Å2 / Biso min: 16.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→19.228 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1759 0 4 87 1850
Biso mean--42.26 41.09 -
残基数----238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081794
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9422439
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005322
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7861074
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.00270.41771380.327812481386100
2.0027-2.06160.36011350.292912091344100
2.0616-2.1280.3661410.283312701411100
2.128-2.2040.34531360.282112241360100
2.204-2.29210.32431390.269412531392100
2.2921-2.39620.28751410.25212641405100
2.3962-2.52230.35031360.248612321368100
2.5223-2.67990.31521390.238112491388100
2.6799-2.88620.29671390.226812511390100
2.8862-3.17550.29661420.215112761418100
3.1755-3.63230.25641380.201512521390100
3.6323-4.56620.2271440.165812951439100
4.5662-19.22880.21311510.19511354150599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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