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- PDB-5itg: Crystal structure of D-sorbitol dehydrogenase in substrate-free form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5itg
タイトルCrystal structure of D-sorbitol dehydrogenase in substrate-free form
要素Sorbitol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / Rossmann-fold / L-sorbose / NADPH cofactor
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor
類似検索 - 分子機能
: / Mannitol dehydrogenase / Mannitol dehydrogenase, N-terminal / Mannitol dehydrogenase Rossmann domain / Mannitol dehydrogenase, C-terminal / Mannitol dehydrogenase C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...: / Mannitol dehydrogenase / Mannitol dehydrogenase, N-terminal / Mannitol dehydrogenase Rossmann domain / Mannitol dehydrogenase, C-terminal / Mannitol dehydrogenase C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sorbitol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconobacter oxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Jung, W.S. / Pan, C.H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: A highly efficient sorbitol dehydrogenase from Gluconobacter oxydans G624 and improvement of its stability through immobilization
著者: Kim, T.S. / Patel, S.K. / Selvaraj, C. / Jung, W.S. / Pan, C.H. / Kang, Y.C. / Lee, J.K.
履歴
登録2016年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorbitol dehydrogenase
B: Sorbitol dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,3092
ポリマ－108,3092
非ポリマー00
水5,044280
1
A: Sorbitol dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1551
ポリマ－54,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sorbitol dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1551
ポリマ－54,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.996, 72.996, 97.269
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Sorbitol dehydrogenase / D-sorbitol dehyderogenase


分子量: 54154.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KWR5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, magnesium chloride, HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 75784 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 1052126
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.95-1.98120.37329230.733175
1.98-2.0213.20.31836740.734195.6
2.02-2.0613.80.2837090.76196.3
2.06-2.113.80.2437840.776196.9
2.1-2.1513.80.21437410.799197.3
2.15-2.213.80.1937730.818197.4
2.2-2.2513.80.16837900.858197.7
2.25-2.3113.90.15537870.878197.7
2.31-2.3813.90.13638330.904198
2.38-2.46140.12938080.927198.6
2.46-2.54140.11738500.971198.2
2.54-2.6514.20.10738291.005198.4
2.65-2.7714.20.09838581.048198.9
2.77-2.9114.20.08938791.092198.9
2.91-3.114.30.08138571.134198.9
3.1-3.3314.40.07439121.198199.1
3.33-3.6714.60.06739211.227199
3.67-4.214.40.06139361.277199
4.2-5.2914.10.0639681.348198.7
5.29-5012.70.07439521.837193.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000data processing
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 7281 9.3 %
Rwork0.2165 64747 -
obs-72028 92.3 %
溶媒の処理Bsol: 49.9008 Å2
原子変位パラメータBiso max: 78.04 Å2 / Biso mean: 26.9518 Å2 / Biso min: 2.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.411 Å20 Å20 Å2
2---2.117 Å20 Å2
3----4.294 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7544 0 280 0 7824
Biso mean--25.92 --
残基数----968
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.177
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2931.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1792
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0652.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.020.25535710.2135083565473.6
2.02-2.10.27046420.22396004664686.3
2.1-2.20.26137070.21436194690189.5
2.2-2.310.26797400.21316411715192.3
2.31-2.460.27587420.22056539728194.5
2.46-2.650.26437670.22666659742695.5
2.65-2.910.28587270.23816885761297.5
2.91-3.330.26147830.23046902768598.4
3.33-4.20.23377950.20747006780198.8
4.2-500.22998070.20127064787196.2
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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