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- PDB-5isy: Crystal structure of Nudix family protein with NAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5isy
タイトルCrystal structure of Nudix family protein with NAD
要素NADH pyrophosphatase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Nudix family / complex / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


NADP+ catabolic process / NAD+ diphosphatase / NAD+ diphosphatase activity / NADH pyrophosphatase activity / RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / NAD-cap decapping / NAD+ catabolic process / : / mRNA stabilization / mRNA catabolic process ...NADP+ catabolic process / NAD+ diphosphatase / NAD+ diphosphatase activity / NADH pyrophosphatase activity / RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / NAD-cap decapping / NAD+ catabolic process / : / mRNA stabilization / mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / manganese ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase - #20 / NAD-capped RNA hydrolase NudC / Zinc ribbon, NADH pyrophosphatase / : / NADH pyrophosphatase zinc ribbon domain / : / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase ...Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase - #20 / NAD-capped RNA hydrolase NudC / Zinc ribbon, NADH pyrophosphatase / : / NADH pyrophosphatase zinc ribbon domain / : / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD-capped RNA hydrolase NudC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.354 Å
データ登録者Zhang, D. / Guan, Z. / Zou, T. / Yin, P.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2016
タイトル: Structural basis of prokaryotic NAD-RNA decapping by NudC
著者: Zhang, D. / Liu, Y. / Wang, Q. / Guan, Z. / Wang, J. / Liu, J. / Zou, T. / Yin, P.
履歴
登録2016年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH pyrophosphatase
C: NADH pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3246
ポリマ－59,8662
非ポリマー1,4584
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area23210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.411, 98.702, 113.739
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NADH pyrophosphatase / N6-adenosine-methyltransferase 70 kDa subunit / N6-adenosine-methyltransferase subunit METTL14


分子量: 29933.176 Da / 分子数: 2 / 変異: E178Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: nudC, yjaD, b3996, JW5548 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32664, NAD+ diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, Sodium Malonate, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→45 Å / Num. obs: 25141 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 25.69
反射 シェル解像度: 2.35→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rsym value: 0.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000data processing
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GB5

2gb5


解像度: 2.354→45 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 1241 4.95 %
Rwork0.1822 --
obs0.1852 25085 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.354→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4034 0 90 208 4332
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0095790
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7672488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056614
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006741
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3544-2.44870.32341460.21882547X-RAY DIFFRACTION98
2.4487-2.56010.28251530.22012598X-RAY DIFFRACTION100
2.5601-2.69510.27751590.21252605X-RAY DIFFRACTION100
2.6951-2.86390.29561180.20022633X-RAY DIFFRACTION100
2.8639-3.0850.28121250.20742656X-RAY DIFFRACTION100
3.085-3.39540.25061180.19492654X-RAY DIFFRACTION100
3.3954-3.88650.23071280.16892666X-RAY DIFFRACTION100
3.8865-4.89570.2031540.14662672X-RAY DIFFRACTION100
4.8957-46.29870.21521400.17122813X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.2804 Å / Origin y: 9.4402 Å / Origin z: -34.7879 Å
111213212223313233
T0.1838 Å20.036 Å2-0.0535 Å2-0.2053 Å20.032 Å2--0.1937 Å2
L0.8755 °2-0.0646 °2-0.263 °2-1.0836 °20.0208 °2--0.9349 °2
S-0.1097 Å °0.0086 Å °0.0979 Å °-0.0402 Å °0.0889 Å °-0.0114 Å °-0.0359 Å °-0.0539 Å °0.0333 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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