PDB-5isi: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0920...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5isi

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0920 (5'-amino-5'-deoxyadenosine)

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / NUCLEUS / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0920 (5'-amino-5'-deoxyadenosine)
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2016年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDBx/mmCIF形式	5isi.cif.gz	780.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5isi.ent.gz	668.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5isi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5isi_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5isi_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
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CIF形式データ	5isi_validation.cif.gz	62.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5isi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5isi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ih3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ish-d 6s7c-d 2y1w-d 5is7-d 5tbh-d 6s7a-d 5isa-d 6s79-d 5k8x-d 5k8v-d 5lv2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

165 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.736, 98.522, 207.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-5N5 / 5'-amino-5'-deoxyadenosine / 5′-アミノ-5′-デオキシアデノシン分子量: 266.257 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₆O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris-HCl pH 8.0 100 mM PEG 2000 MME 16% NaCl 67 mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→20 Å / Num. obs: 39458 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 56.2 Å² / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2.74→2.9 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1951	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.74→19.709 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.32

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2137	1976	5.01 %	Random selection
R_work	0.1747	-	-	-
obs	0.1767	39412	95.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→19.709 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10997	0	112	15	11124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11389
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.847	15426
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.554	4164
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	1690
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1959

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7351-2.8033	0.2741	80	0.2408	1488	X-RAY DIFFRACTION	55
2.8033-2.8789	0.2986	143	0.2335	2707	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8789-2.9633	0.3145	123	0.2393	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9633-3.0586	0.2763	152	0.2217	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0586-3.1675	0.2718	152	0.2173	2707	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1675-3.2938	0.2405	141	0.2128	2720	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2938-3.4429	0.2435	131	0.1948	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4429-3.6234	0.2396	133	0.193	2752	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6234-3.8489	0.2111	153	0.1731	2743	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8489-4.1435	0.2213	161	0.1591	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1435-4.5558	0.1725	146	0.1442	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5558-5.2044	0.19	130	0.136	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2044-6.5174	0.1989	160	0.1739	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5174-19.7092	0.1602	171	0.1568	2912	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4765	-0.4129	0.0133	0.8157	-0.1957	1.9948	0.0806	-0.0708	0.1608	-0.0194	-0.0905	0.0178	-0.124	0.0387	0.0002	0.4766	-0.0616	0.0304	0.4305	-0.0805	0.4398	55.1083	40.5107	133.342
2	1.1925	-0.0922	0.12	0.0249	0.1122	0.5004	0.1428	-0.0255	-0.0231	0.1504	-0.0405	0.0222	0.053	0.1156	0.0001	0.2796	-0.0187	0.0015	0.2799	0.0067	0.3957	47.8367	11.9569	119.3908
3	1.4208	0.4411	0.2345	2.5664	0.261	1.9675	-0.0256	-0.0298	-0.0943	-0.1714	0.0834	-0.1595	0.094	0.0473	-0.0002	0.273	-0.0391	0.0696	0.3569	0.0051	0.3687	60.3661	19.3342	119.2556
4	1.3908	-0.2761	-0.8301	1.4676	0.6261	2.0838	0.098	0.0728	0.0782	0.0681	0.0765	-0.0011	-0.32	-0.0945	0.0003	0.3863	0.0563	0.0344	0.3488	0.0315	0.3967	18.9411	19.7327	115.1406
5	1.0399	0.5455	0.1337	0.1733	0.0416	-0.038	0.3827	-0.3112	-0.3661	0.4906	-0.1996	-0.0678	-0.0595	0.1413	0.0005	0.5551	-0.0949	0.0337	0.6398	0.0169	0.4752	38.5157	29.3401	148.7394
6	0.3133	0.0437	0.1524	0.9069	1.1459	1.4387	-0.0121	-0.2429	0.1559	0.0583	-0.0421	-0.261	0.028	-0.2387	0.0004	0.4872	-0.0139	0.0992	0.5374	0.0543	0.5564	17.1946	21.8835	138.0894
7	1.4149	0.5028	-0.3747	0.4793	0.4624	1.2417	0.1356	-0.2916	-0.0558	0.0558	0.015	-0.0167	-0.044	-0.0216	0.0002	0.4402	0.0146	0.0275	0.4676	0.0118	0.3932	17.0581	22.6257	140.4198
8	0.4528	0.5008	0.5587	0.9845	0.2915	0.8897	0.1128	-0.0718	0.0361	-0.1075	-0.1099	-0.3296	-0.0397	0.0441	-0.0009	0.5591	-0.0172	0.0948	0.6461	-0.0201	0.5781	24.6498	30.0973	141.8979
9	1.2578	0.1363	-0.0123	1.1141	-0.096	2.1795	0.0317	0.0752	0.2239	0.1639	-0.0214	0.0427	-0.1022	-0.037	-0	0.5194	0.0204	0.0263	0.4917	0.0316	0.4627	23.1336	42.5735	175.418
10	0.5675	-0.4504	0.4465	0.8188	-0.4796	0.2567	0.0808	0.0261	-0.2276	0.0734	0.0419	0.2402	-0.0633	-0.1211	0.0001	0.5044	0.0422	0.0286	0.4184	-0.0014	0.4448	26.0786	21.2983	190.832
11	0.7746	-0.4887	-0.0509	2.0166	-0.5041	1.3469	-0.0787	0.1071	-0.2106	0.162	0.1607	0.3593	0.0588	-0.164	0.0006	0.4701	0.0387	0.0934	0.4455	-0.0268	0.5113	16.2101	20.3187	190.8601
12	1.6272	0.7114	-0.0487	1.2581	-0.2453	1.1144	0.0613	-0.0077	-0.056	-0.02	-0.0346	-0.136	-0.1812	0.0328	0	0.5451	-0.024	-0.0142	0.4254	0.0222	0.4261	57.2726	18.1323	195.6996
13	0.7813	-0.567	0.1439	0.3115	-0.0588	-0.0189	0.2163	0.2542	-0.2986	-0.4652	-0.1067	0.1323	0.0379	0.0115	0.0013	0.5428	0.0658	0.0111	0.6546	-0.0609	0.5138	39.7545	28.3218	163.4534
14	0.673	0.0236	-0.0654	0.5274	-0.5588	0.5844	-0.1286	0.1373	-0.1085	0.2305	0.0023	0.218	0.0206	0.5665	-0.0026	0.62	0.0108	0.027	0.6355	-0.0561	0.6029	63.7193	23.3166	174.9857
15	0.531	0.1376	0.3453	0.7206	-0.4655	0.8189	0.1934	0.2636	-0.2047	-0.1131	-0.0792	-0.0479	0.2066	0.2467	-0	0.5595	0.0374	0.0192	0.5734	-0.0516	0.4969	58.4937	17.5267	169.7651
16	0.7173	-0.0172	0.8205	0.4356	-0.1522	0.9447	0.0217	0.2319	-0.2046	0.0231	-0.222	0.1304	-0.1183	-0.3193	-0.0024	0.5509	0.0366	0.0484	0.639	-0.0594	0.4916	54.1312	29.0715	168.7887

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 136:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:478)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 136:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:478)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)