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- PDB-5iri: Structure of the mouse SAD-B AIS-KA1 fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iri
タイトルStructure of the mouse SAD-B AIS-KA1 fragment
要素Serine/threonine-protein kinase BRSK1
キーワードTRANSFERASE / auto-inhibition / kinase associate-1 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic vesicle cycle / distal axon / microtubule cytoskeleton organization involved in establishment of planar polarity / protein serine/threonine kinase activity => GO:0004674 / neurotransmitter secretion / tau-protein kinase / gamma-tubulin binding / establishment of cell polarity / tau-protein kinase activity / regulation of axonogenesis ...synaptic vesicle cycle / distal axon / microtubule cytoskeleton organization involved in establishment of planar polarity / protein serine/threonine kinase activity => GO:0004674 / neurotransmitter secretion / tau-protein kinase / gamma-tubulin binding / establishment of cell polarity / tau-protein kinase activity / regulation of axonogenesis / regulation of neuron projection development / presynaptic active zone / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / associative learning / centrosome duplication / cellular response to glucose starvation / response to UV / axonogenesis / neuron projection morphogenesis / regulation of synaptic plasticity / neuron differentiation / G2/M transition of mitotic cell cycle / synaptic vesicle / cell junction / peptidyl-serine phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / protein kinase binding / magnesium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase BRSK1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ma, H. / Wu, J.X. / Wang, J. / Wu, J.W.
引用ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2016
タイトル: Structure and inhibition analysis of the mouse SAD-B C-terminal fragment
著者: Ma, H. / Wu, J.X. / Wang, J. / Wang, Z.X. / Wu, J.W.
履歴
登録2016年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase BRSK1
B: Serine/threonine-protein kinase BRSK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6972
ポリマ－30,6972
非ポリマー00
水1267
1
A: Serine/threonine-protein kinase BRSK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3481
ポリマ－15,3481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase BRSK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3481
ポリマ－15,3481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.839, 86.839, 91.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase BRSK1 / Serine/threonine-protein kinase SAD-B


分子量: 15348.308 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 592-719 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Brsk1, Gm1100, Sadb / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(ED3) / 参照: UniProt: Q5RJI5, tau-protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.25 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.51 / 詳細: 0.1 M HEPES, 3M KCl, 0.01 M Urea

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月16日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 9101 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 53.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 23.84
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.655 / Mean I/σ(I) obs: 5.36 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YOM

4yom


解像度: 2.8→26.3 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.53
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2646 434 4.79 %random selection
Rwork0.2214 ---
obs0.2234 9070 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→26.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1636 0 0 7 1643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9812246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.623614
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006280
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.20350.34311550.27122775X-RAY DIFFRACTION100
3.2035-4.03370.26931400.22422852X-RAY DIFFRACTION100
4.0337-26.30.22991390.2053009X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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