PDB-5iqp: 14-3-3 PROTEIN TAU ISOFORM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iqp

タイトル

14-3-3 PROTEIN TAU ISOFORM

要素

14-3-3 protein theta

キーワード

SIGNALING PROTEIN / MULTIPLE SIGNALLING PATHWAYS / PHOSPHORYLATION / BINDING TO KINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / small GTPase-mediated signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / protein targeting / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / 14-3-3 protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.602 Å

データ登録者

Xiao, B. / Smerdon, S.J. / Gamblin, S.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Structure of a 14-3-3 protein and implications for coordination of multiple signalling pathways
著者: Xiao, B. / Smerdon, S.J. / Jones, D.H. / Dodson, G.G. / Soneji, Y. / Aitken, A. / Gamblin, S.J.

履歴

登録	2016年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iqp.cif.gz	198 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iqp.ent.gz	161 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5iqp_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iqp_full_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示
XML形式データ	5iqp_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	5iqp_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iqp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7d8p-d 6kzh-d 3nkx-d 1yz5-d 6gkf-2 2b05-1 2b05-2 6hep-2 6t80-1 6gkg-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (13) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 14-3-3 protein theta

B: 14-3-3 protein theta

ヘテロ分子

55.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.290, 79.300, 101.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	14-3-3 protein theta / 14-3-3 protein T-cell / 14-3-3 protein tau / Protein HS1 分子量: 27795.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: T-CELL / 遺伝子: YWHAQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27348
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.9 % / 解説: needle-like
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 24% PEG4K, 140 mM LI2SO4, 4 % of SATURATED NACL IN 80 mM MES AT pH 6.4; PROTEIN 7 mg/ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.87 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.602→14.967 Å / Num. obs: 17742 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.602→2.69 Å / R_merge(I) obs: 0.295

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.602→14.967 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2393	938	5.29 %
R_work	0.1863	-	-
obs	0.1891	17742	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.602→14.967 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3625	0	10	169	3804

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3682
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.398	4963
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.994	2259
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	561
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	637

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6016-2.7379	0.2959	144	0.2266	2337	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7379-2.9083	0.3051	140	0.2199	2345	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9083-3.131	0.2637	130	0.2195	2367	X-RAY DIFFRACTION	100
3.131-3.4426	0.2577	120	0.2036	2394	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4426-3.9328	0.211	135	0.1697	2410	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9328-4.9254	0.1979	130	0.1497	2416	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9254-14.9674	0.2278	139	0.1792	2535	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8236	0.5979	-0.444	2.7725	-1.4422	2.6028	0.0754	0.1765	-0.0542	-0.0875	-0.0628	0.0273	0.1644	0.1047	0.0012	0.1884	-0.0002	0.0332	0.2021	-0.0424	0.1488	50.2481	38.144	32.8504
2	4.0028	0.2009	-0.6522	2.2667	0.9731	2.8194	-0.2293	0.3589	-0.1719	-0.1546	-0.0177	0.0609	0.3056	-0.363	0.1308	0.1548	-0.0318	0.023	0.1781	-0.0031	0.2208	34.1612	37.1711	37.637
3	2.8855	0.4497	0.7121	2.3959	0.2055	3.1906	0.0118	-0.1694	0.1698	0.0794	-0.1515	-0.1903	-0.0739	0.1485	0.1353	0.1281	-0.013	0.0071	0.1738	0.0118	0.1542	35.8711	48.5362	49.9165
4	7.1176	-1.3086	-3.4456	4.2116	0.8	3.202	0.1055	0.5659	0.3232	-0.2798	0.1658	0.2887	0.0239	-0.1212	-0.1248	0.2174	-0.0155	0.0256	0.2435	-0.0081	0.179	63.8739	49.7332	19.2458
5	3.0773	1.0346	-0.2729	1.4692	-1.1803	4.0641	0.0777	-0.1233	-0.6004	0.091	-0.006	-0.3877	0.0442	0.1353	-0.0109	0.2124	0.0042	-0.0371	0.1641	-0.0283	0.3489	72.1361	39.241	32.8302
6	4.6057	1.0002	0.253	1.524	1.1349	3.0626	-0.1849	0.2573	-0.5071	-0.0921	0.2464	-0.4448	0.1055	0.3395	-0.0786	0.1561	0.0295	0.0188	0.23	-0.067	0.2539	85.8157	47.0344	28.3157
7	3.4964	0.2744	-0.0754	2.3449	1.347	2.1529	-0.1034	-0.1994	0.1091	-0.2137	0.1049	0.0509	-0.0559	-0.1267	-0.054	0.1498	0.0242	-0.0258	0.2415	0.024	0.1528	87.0334	58.0032	38.5144
8	4.1424	-0.9396	0.5676	7.0897	-2.3468	3.9865	-0.4536	-0.1165	0.1427	0.8435	0.349	0.2588	-0.9789	-0.6045	0.1632	0.2686	0.092	-0.0049	0.2461	-0.059	0.2274	79.0778	61.6317	41.7399
9	0.7297	-0.0468	-0.1782	0.123	-0.079	0.0725	0.0039	0.0853	-0.0695	-0.085	-0.0299	-0.082	0.0447	-0.0546	0.0289	0.2376	-0.0317	0.0271	0.2335	-0.0279	0.1903	60.2418	45.0668	35.7804
10	0.1536	-0.4839	-0.1323	1.5622	0.321	0.4245	0.0196	-0.1851	0.2181	-0.2816	0.2066	-0.5528	0.2198	-0.3249	0.2828	0.278	-0.1035	0.0851	0.7475	-0.0373	0.4685	59.8522	47.7482	38.4654

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:103)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 104:159)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 160:230)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 1:32)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 33:103)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 104:159)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 160:207)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 208:230)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain W and resid 301:469)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain X and resid 601:602)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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