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- PDB-5ipp: Structure of Bacillus NanoRNase A active site mutant bound to a m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ipp
タイトルStructure of Bacillus NanoRNase A active site mutant bound to a mononucleotide
要素Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA
キーワードHYDROLASE / nanoRNA / RNA degradation / exonuclease / RNase / abortive transcripts / pAp phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase activity / exonuclease activity / nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #30 / : / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 ...inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #30 / : / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Schmier, B.J. / Nelersa, C.M. / Malhotra, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM69972 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Bidirectional Activity of Bacillus nanoRNase NrnA.
著者: Schmier, B.J. / Nelersa, C.M. / Malhotra, A.
履歴
登録2016年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02019年7月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_keywords / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_keywords.text / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22024年3月6日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA
B: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA
C: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA
D: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,3626
ポリマ－149,6674
非ポリマー6942
水13,691760
1
A: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7642
ポリマ－37,4171
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4171
ポリマ－37,4171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7642
ポリマ－37,4171
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4171
ポリマ－37,4171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.031, 125.193, 116.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA / 3'(2') / 5'-bisphosphate nucleotidase / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate phosphatase / PAP ...3'(2') / 5'-bisphosphate nucleotidase / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate phosphatase / PAP phosphatase / nanoRNase


分子量: 37416.793 Da / 分子数: 4 / 変異: H103A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: nrnA, ytqI, BSU29250 / プラスミド: pET28B-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3)
参照: UniProt: O34600, 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 760 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG MME 2000, sodium acetate, ammonium acetate, glycerol
PH範囲: 4.5-5.5 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46.82 Å / Num. obs: 98753 / % possible obs: 97.58 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 16.44
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→46.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.6 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.156 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23761 5247 5 %RANDOM
Rwork0.18552 ---
obs0.18812 98753 97.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.894 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→46.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9919 0 46 760 10725
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.02210019
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8851.96713610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9251257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.4224.364440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.516151635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3031549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.21533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0217587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1711.56247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.957210043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.33733772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1514.53567
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 325 -
Rwork0.262 6218 -
obs--83.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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