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- PDB-5ipm: SigmaS-transcription initiation complex with 4-nt nascent RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ipm
タイトルSigmaS-transcription initiation complex with 4-nt nascent RNA
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • RNA polymerase sigma factor RpoS
  • nascent RNA 4-mer
  • synthetic non-template strand DNA (50-MER)
  • synthetic template strand DNA (50-MER)
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA/RNA / Transcription initiation / RNA polymerase / general stress sigma factor / pyrophosphate release / TRANSFERASE-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / response to stress / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / response to stress / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor RpoS / Sigma-70 factors family signature 1. / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 ...RNA polymerase sigma factor RpoS / Sigma-70 factors family signature 1. / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase sigma factor RpoS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Liu, B. / Zuo, Y. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structures of E. coli sigma S-transcription initiation complexes provide new insights into polymerase mechanism.
著者: Liu, B. / Zuo, Y. / Steitz, T.A.
履歴
登録2016年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor RpoS
1: synthetic non-template strand DNA (50-MER)
2: synthetic template strand DNA (50-MER)
3: nascent RNA 4-mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)441,35612
ポリマ－441,2019
非ポリマー1553
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53800 Å2
ΔGint-262 kcal/mol
Surface area151890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.752, 151.967, 228.064
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 232 / Label seq-ID: 13 - 239

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 26899.572 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-235 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 10118.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 12

#6: DNA鎖 synthetic non-template strand DNA (50-MER)


分子量: 15329.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 synthetic template strand DNA (50-MER)


分子量: 15547.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 F3

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor RpoS / Sigma S / Sigma-38


分子量: 38777.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoS, appR, katF, nur, otsX, sigS, b2741, JW5437 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13445
#8: RNA鎖 nascent RNA 4-mer


分子量: 1440.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 3分子

#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: PEG3350, sodium chloride, HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月26日
放射モノクロメーター: single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→126.464 Å / Num. obs: 32692 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Net I/σ(I): 8.44
反射 シェル最高解像度: 4.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.2→126.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 371.28 / SU ML: 1.82 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33005 1651 4.8 %RANDOM
Rwork0.27042 ---
obs0.27337 32692 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 284.432 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.18 Å20 Å20 Å2
2--10.03 Å20 Å2
3----20.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→126.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27572 1452 3 0 29027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01929598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0228286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4241.93240273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.838365096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.55553505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.74124.0641319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.488155172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.86815263
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.24517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0250.02132440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.026440
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.19521.55314053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other10.19421.55314052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it16.85336.35117547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other16.85336.35117548
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.77122.79615545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other10.77222.79515544
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other17.88738.16622727
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined28.70456.398132913
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other28.70456.397132912
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 27606 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 4.2→4.309 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.508 133 -
Rwork0.51 2350 -
obs--99.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.66992.5089-1.84066.334-0.95779.78270.1667-0.1863-1.2989-0.03090.1222-0.43030.41381.3541-0.2890.38330.1975-0.17190.31590.22842.01081.089-18.2884.878
212.07220.644-1.67730.4298-0.19451.8992-0.1481-0.5324-0.9907-0.04340.14660.05471.3856-0.53260.00151.3766-0.3663-0.14290.4940.63291.9177-32.887-32.0968.42
39.58115.9101-2.63586.9006-7.547611.89260.267-0.1141-0.13480.55470.14140.0632-0.83670.4626-0.40840.395-0.1053-0.10351.6073-0.15221.798829.6712.8551.396
48.0319-0.26521.10850.90730.69842.7179-0.3772-0.86510.43110.20950.264-0.0467-0.428-0.19280.11320.20920.1539-0.09030.24330.2071.3226-30.5238.3620.025
53.792-0.79311.20446.4687-2.04554.7165-0.00991.3999-0.1637-0.7039-0.0115-0.4312-0.29071.31250.02130.1445-0.1435-0.0040.8207-0.37631.4271-18.3011.757-41.279
64.63461.80890.78812.482-2.81797.02270.5107-0.7357-1.14780.2250.59330.06860.9545-2.4857-1.1040.9863-0.5702-0.48011.01570.57383.1012-60.898-30.081-3.432
79.49150.8555-3.95636.9223.99824.5264-0.3983-0.37010.7714-0.25350.94560.26480.16020.6181-0.54731.72590.1161-0.24461.145-0.34662.4744-31.728-47.496-51.333
811.816-2.054.66682.6514-1.26823.84710.2931-0.2282-0.7549-0.448-0.12040.5850.2296-1.1267-0.17270.4548-0.13570.04310.78110.14551.1534-77.942-3.646-17.192
99.49852.19792.20548.6961-3.27899.7466-0.1420.2038-1.1984-0.7860.2728-0.1760.75520.0058-0.13080.22740.13690.02750.20090.01251.1285-71.50129.32-29.634
109.55071.78383.75792.49693.49446.4724-0.1637-0.48981.20480.01780.0150.1214-1.3003-0.26230.14871.28060.125-0.08450.21590.15611.2644-74.12762.62-28.889
114.512.3664-1.78093.03450.41421.80441.05361.0283-0.326-0.7587-0.7154-0.7492-1.7153-1.1133-0.33822.50010.2353-0.14521.78720.49882.4061-29.34449.563-52.48
124.685-0.26640.32312.5052-0.45272.57010.29630.3174-0.7877-0.4012-0.18060.9395-0.3072-0.6133-0.11570.6944-0.0075-0.44820.4855-0.67022.1501-64.315-2.928-54.216
131.0478-2.28731.55897.1759-2.8222.7807-0.520.23580.34120.67270.3403-0.0015-0.64380.19920.17972.3207-0.1968-0.17971.58160.12533.0946-28.33852.546-28.321
145.2789-4.63257.038310.6797-0.049215.1781-0.4629-0.806-0.91421.5596-0.22452.83340.2873-1.58330.68740.9002-0.4665-0.12261.3646-0.14681.9482-40.673-2.466-24.288
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 51
2X-RAY DIFFRACTION1A179 - 235
3X-RAY DIFFRACTION1B6 - 51
4X-RAY DIFFRACTION1B179 - 233
5X-RAY DIFFRACTION2A52 - 178
6X-RAY DIFFRACTION3B52 - 178
7X-RAY DIFFRACTION4C3 - 28
8X-RAY DIFFRACTION4C146 - 152
9X-RAY DIFFRACTION4C445 - 455
10X-RAY DIFFRACTION4C517 - 831
11X-RAY DIFFRACTION4C1057 - 1241
12X-RAY DIFFRACTION4D501 - 790
13X-RAY DIFFRACTION5C1242 - 1320
14X-RAY DIFFRACTION5D343 - 500
15X-RAY DIFFRACTION5D791 - 938
16X-RAY DIFFRACTION5D1132 - 1153
17X-RAY DIFFRACTION5D1213 - 1317
18X-RAY DIFFRACTION5D1345 - 1376
19X-RAY DIFFRACTION5D1502 - 1503
20X-RAY DIFFRACTION5E2 - 80
21X-RAY DIFFRACTION5F220 - 244
22X-RAY DIFFRACTION6C832 - 891
23X-RAY DIFFRACTION6C912 - 1056
24X-RAY DIFFRACTION7C892 - 911
25X-RAY DIFFRACTION7F245 - 329
26X-RAY DIFFRACTION8C29 - 145
27X-RAY DIFFRACTION8C456 - 516
28X-RAY DIFFRACTION9C153 - 226
29X-RAY DIFFRACTION9C337 - 444
30X-RAY DIFFRACTION9143 - 50
31X-RAY DIFFRACTION10C227 - 336
32X-RAY DIFFRACTION11D1154 - 1212
33X-RAY DIFFRACTION12C1321 - 1342
34X-RAY DIFFRACTION12D15 - 342
35X-RAY DIFFRACTION12D1318 - 1344
36X-RAY DIFFRACTION12D1501
37X-RAY DIFFRACTION12F53 - 219
38X-RAY DIFFRACTION12127 - 42
39X-RAY DIFFRACTION12222 - 36
40X-RAY DIFFRACTION12151 - 59
41X-RAY DIFFRACTION1224 - 12
42X-RAY DIFFRACTION13D939 - 1131
43X-RAY DIFFRACTION14213 - 21
44X-RAY DIFFRACTION14314 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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