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- PDB-5inz: Racemic structure of baboon theta defensin-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5inz
タイトルRacemic structure of baboon theta defensin-2
要素
  • Theta defensin-2, D-peptide
  • Theta defensin-2, L-peptide
キーワードANTIBIOTIC / cyclic peptide / mirror image beta sheet
機能・相同性polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10)
機能・相同性情報
生物種Papio anubis (アヌビスヒヒ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.447 Å
データ登録者Wang, C.K. / King, G.J. / Conibear, A.C. / Ramos, M.C. / Craik, D.J.
資金援助 オーストラリア, 5件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP150100443 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)APP1026501 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1084965 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)546578 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DE120103152 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Mirror Images of Antimicrobial Peptides Provide Reflections on Their Functions and Amyloidogenic Properties.
著者: Wang, C.K. / King, G.J. / Conibear, A.C. / Ramos, M.C. / Chaousis, S. / Henriques, S.T. / Craik, D.J.
履歴
登録2016年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Theta defensin-2, L-peptide
B: Theta defensin-2, L-peptide
C: Theta defensin-2, L-peptide
D: Theta defensin-2, D-peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,37417
ポリマ－8,3634
非ポリマー1,01113
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.248, 31.303, 37.926
Angle α, β, γ (deg.)100.67, 93.60, 115.15
Int Tables number2
Space group name H-MP-1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Theta defensin-2, L-peptide


分子量: 2090.662 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Papio anubis (アヌビスヒヒ)
#2: Polypeptide(D) Theta defensin-2, D-peptide


分子量: 2090.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1 M ammonium sulfate, 15% PEG 3350, 0.1 M Bis-tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.447→36.796 Å / Num. obs: 18567 / % possible obs: 94.43 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 8.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2142)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2LYE

2lye


解像度: 1.447→36.796 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2596 947 5.1 %
Rwork0.2215 --
obs0.2235 18567 94.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.447→36.796 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数552 0 58 33 643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.052641
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.387843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.049290
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07889
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00599
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4466-1.52290.32611370.26672406X-RAY DIFFRACTION90
1.5229-1.61830.30931340.25582523X-RAY DIFFRACTION95
1.6183-1.74320.31681020.2232581X-RAY DIFFRACTION95
1.7432-1.91870.23961450.2012526X-RAY DIFFRACTION96
1.9187-2.19630.21811380.19542556X-RAY DIFFRACTION96
2.1963-2.76690.28541570.22972543X-RAY DIFFRACTION96
2.7669-36.80790.24111340.22142485X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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