PDB-5inx: A C69-family cysteine dipeptidase in complex with Met and Ala fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5inx

タイトル

A C69-family cysteine dipeptidase in complex with Met and Ala from Lactobacillus farciminis

要素

Dipeptidase

キーワード

HYDROLASE / C69 family / cysteine dipeptidase / Ntn hydrolase / Lactobacillus farciminis / Gly-Pro

機能・相同性

ALANINE / METHIONINE / :

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus farciminis KCTC 3681 = DSM 20184 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.681 Å

データ登録者

Kono, R. / Watanabe, K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A C69-family cysteine dipeptidase from Lactobacillus farciminis; substrate recognition mechanism and autoproteolytic mechanism in enzyme maturation
著者: Kono, R. / Watanabe, K.

履歴

登録	2016年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月19日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5inx.cif.gz	517.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5inx.ent.gz	420.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5inx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/5inx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/5inx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5iauSC 5imgC 5imhC 5inrC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5inr-d 5img-1 5img-2 5iau-d 5imh-d 10230 4qht-d 1vg2-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dipeptidase

B: Dipeptidase

C: Dipeptidase

D: Dipeptidase

E: Dipeptidase

ヘテロ分子

266 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.650, 182.415, 98.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.75, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-1036- HOH

#1: タンパク質	Dipeptidase 分子量: 52904.344 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus farciminis KCTC 3681 = DSM 20184 (バクテリア) 株: KCTC 3681 = DSM 20184 / 遺伝子: FC68_GL001211 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0R1IQH8
#2: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S / 詳細: Substrate
#3: 化合物	ChemComp-ALA / ALANINE / アラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂ / 詳細: Substrate
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2960 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 0.8 M 1,6-hexanediol, 10 mM CoCl2, 100 mM acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→39.314 Å / Num. obs: 368718 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 30.29
反射シェル	解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 4.83 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IAU

5iau

解像度: 1.681→39.314 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.55

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1805	15099	4.95 %
R_work	0.1584	-	-
obs	0.1595	304777	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.681→39.314 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18355	0	0	2960	21315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	18759
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.065	25530
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.755	6825
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	2800
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3400

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6807-1.6998	0.232	477	0.1901	9296	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6998-1.7198	0.2293	526	0.1873	9663	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7198-1.7408	0.206	496	0.1749	9589	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7408-1.7628	0.2072	491	0.1736	9583	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7628-1.786	0.2009	504	0.1718	9668	X-RAY DIFFRACTION	99
1.786-1.8105	0.2092	495	0.1781	9629	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8105-1.8364	0.1893	503	0.1703	9621	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8364-1.8638	0.1992	478	0.1712	9686	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8638-1.8929	0.2021	515	0.1667	9564	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8929-1.9239	0.2213	515	0.172	9636	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9239-1.9571	0.1917	522	0.1631	9596	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9571-1.9927	0.1898	538	0.1593	9593	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9927-2.031	0.1826	502	0.1568	9683	X-RAY DIFFRACTION	99
2.031-2.0725	0.2061	492	0.1597	9613	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0725-2.1175	0.1929	497	0.1586	9584	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1175-2.1668	0.1779	463	0.1506	9728	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1668-2.221	0.1898	480	0.1593	9624	X-RAY DIFFRACTION	99
2.221-2.281	0.177	504	0.16	9680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.281-2.3481	0.176	551	0.154	9618	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3481-2.4239	0.1934	500	0.1538	9695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4239-2.5105	0.1905	526	0.1582	9679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5105-2.611	0.1857	481	0.1571	9720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.611-2.7298	0.1835	488	0.1648	9815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7298-2.8737	0.1772	485	0.1599	9711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8737-3.0537	0.1929	464	0.1632	9766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0537-3.2894	0.1774	514	0.1597	9734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2894-3.6202	0.1582	515	0.1527	9750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6202-4.1435	0.1539	533	0.1451	9747	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1435-5.2185	0.1404	533	0.1371	9738	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2185-39.3245	0.1875	511	0.1659	9669	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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